More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3024 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3024  inner-membrane translocator  100 
 
 		 307 aa  592  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0851  inner-membrane translocator  62.95 
 
 		 310 aa  373  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4476  inner-membrane translocator  61.04 
 
 		 308 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6455  inner-membrane translocator  60.71 
 
 		 308 aa  359  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0310554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4622  ABC transporter permease  60.91 
 
 		 308 aa  348  6e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0459008 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2022  inner-membrane translocator  61.18 
 
 		 306 aa  331  8e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5656  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  62.34 
 
 		 308 aa  329  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423786  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1703  inner-membrane translocator  61.18 
 
 		 306 aa  329  4e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.209292 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1358  ABC transporter, permease protein  59.87 
 
 		 306 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1115  inner-membrane translocator  62.17 
 
 		 306 aa  323  2e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.250731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0272  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 307 aa  302  4.0000000000000003e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1167  inner-membrane translocator  60.82 
 
 		 306 aa  301  9e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.54838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0767  inner-membrane translocator  61.02 
 
 		 305 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0432903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1370  ABC transporter, inner membrane subunit  60.47 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.164625  normal  0.0722651 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0838  inner-membrane translocator  59.06 
 
 		 307 aa  276  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5241  inner-membrane translocator  59.8 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  40.61 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 310 aa  179  7e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 310 aa  175  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  41.36 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  40.71 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.2 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  36.12 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  37.24 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  39.26 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  39.26 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  36.58 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  40.07 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  40.85 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  40.49 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  39.78 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  39.78 
 
 		 326 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  37.29 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1903  inner-membrane translocator  40.5 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0838624  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  38.63 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  36.33 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  40.15 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  36.5 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 306 aa  126  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 306 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  36.05 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 308 aa  125  7e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0019  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 447 aa  123  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 425 aa  123  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 314 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 308 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 440 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>