More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5656 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5656  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 		 308 aa  597  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423786  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6455  inner-membrane translocator  83.12 
 
 		 308 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0310554 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4476  inner-membrane translocator  82.14 
 
 		 308 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2022  inner-membrane translocator  75.49 
 
 		 306 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1703  inner-membrane translocator  75.16 
 
 		 306 aa  432  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.209292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1115  inner-membrane translocator  76.47 
 
 		 306 aa  424  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.250731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4622  ABC transporter permease  66.23 
 
 		 308 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0459008 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0851  inner-membrane translocator  63.4 
 
 		 310 aa  379  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3024  inner-membrane translocator  62.34 
 
 		 307 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1358  ABC transporter, permease protein  64.07 
 
 		 306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1167  inner-membrane translocator  64.26 
 
 		 306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.54838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0272  inner-membrane translocator  59.52 
 
 		 307 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1370  ABC transporter, inner membrane subunit  65.2 
 
 		 308 aa  316  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.164625  normal  0.0722651 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5241  inner-membrane translocator  64.86 
 
 		 308 aa  315  9e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0767  inner-membrane translocator  60.68 
 
 		 305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0432903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0838  inner-membrane translocator  59.52 
 
 		 307 aa  285  9e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  40.48 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  38.03 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  38.28 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.05 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  39.32 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  40.48 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  37.13 
 
 		 306 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  38.35 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  35.49 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  35.37 
 
 		 309 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 310 aa  148  9e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  38.91 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  35.49 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  35.35 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  38.93 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  38.59 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  35.37 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  35.96 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1593  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.42882 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  38.43 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  35.98 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1004  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  31.53 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  33.44 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1650  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.84932 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  33.44 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1416  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0189801  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 305 aa  132  9e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 311 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0019  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>