More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1678 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1678  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 553 aa  1134    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.495361  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1485  extracellular solute-binding protein family 5  52.03 
 
 		 579 aa  596  1e-169  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2512  extracellular solute-binding protein family 5  50.67 
 
 		 565 aa  533  1e-150  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.012201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2624  extracellular solute-binding protein family 5  47.07 
 
 		 547 aa  518  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0933  extracellular solute-binding protein family 5  42.26 
 
 		 561 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  35.08 
 
 		 597 aa  274  3e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  31.4 
 
 		 627 aa  263  4e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20180  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.63 
 
 		 551 aa  263  4.999999999999999e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 		 559 aa  263  8e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  31.15 
 
 		 557 aa  255  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  28.73 
 
 		 531 aa  249  1e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  30.57 
 
 		 562 aa  238  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  29.41 
 
 		 567 aa  235  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0171  extracellular solute-binding protein family 5  31.71 
 
 		 540 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3400  extracellular solute-binding protein family 5  30.68 
 
 		 567 aa  234  4.0000000000000004e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.110204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  30.59 
 
 		 548 aa  227  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  30.39 
 
 		 548 aa  226  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1178  extracellular solute-binding protein family 5  31.04 
 
 		 576 aa  223  6e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0038  extracellular solute-binding protein family 5  31.75 
 
 		 568 aa  223  9.999999999999999e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 551 aa  216  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.45 
 
 		 552 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.963018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0403  extracellular solute-binding protein family 5  28.87 
 
 		 565 aa  205  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.189174  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1900  extracellular solute-binding protein family 5  28.3 
 
 		 569 aa  197  5.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147571  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 		 557 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2510  extracellular solute-binding protein family 5  27.4 
 
 		 554 aa  196  8.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6188  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 		 560 aa  196  9e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215725  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2728  extracellular solute-binding protein family 5  29.15 
 
 		 568 aa  188  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal  0.998981 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01310  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.43 
 
 		 564 aa  185  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.860675  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  25.05 
 
 		 545 aa  180  7e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  27.78 
 
 		 560 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7456  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.29 
 
 		 563 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.388989 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34930  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.95 
 
 		 563 aa  172  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.953561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1676  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 		 636 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.24706  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  27.2 
 
 		 560 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.74 
 
 		 556 aa  163  8.000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1545  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 557 aa  160  6e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.2137  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1595  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 557 aa  159  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0133917  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0214  extracellular solute-binding protein family 5  27.11 
 
 		 609 aa  152  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000434403  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1592  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 560 aa  148  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.382923  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3512  extracellular solute-binding protein family 5  27.1 
 
 		 580 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17760  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.99 
 
 		 609 aa  143  7e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321388  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2053  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 579 aa  140  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0131056  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1553  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 559 aa  140  6e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.208561  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  26.19 
 
 		 572 aa  140  7.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0262  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 587 aa  136  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.578222  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0892  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 604 aa  134  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0914  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 604 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0488  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 576 aa  130  5.0000000000000004e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.7 
 
 		 572 aa  127  7e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3011  ABC transporter related  24.63 
 
 		 577 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.631119  normal  0.383065 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.62 
 
 		 540 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_002936  DET1494  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.03 
 
 		 543 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0931394  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0162  extracellular solute-binding protein family 5  22.05 
 
 		 620 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000359667  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1284  extracellular solute-binding protein  23.03 
 
 		 543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1270  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  23.44 
 
 		 542 aa  113  8.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.593504  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  25.64 
 
 		 596 aa  111  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2629  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  22.59 
 
 		 517 aa  110  5e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000968343  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  23.8 
 
 		 505 aa  109  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.39 
 
 		 542 aa  107  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0239  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 527 aa  106  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0886528  normal  0.618082 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3951  extracellular solute-binding protein family 5  23.48 
 
 		 633 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5701  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  23.79 
 
 		 607 aa  102  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.167771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 529 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2501  extracellular solute-binding protein family 5  23.51 
 
 		 608 aa  100  7e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0906  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 659 aa  100  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.8 
 
 		 531 aa  100  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 532 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  24.28 
 
 		 533 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  24.09 
 
 		 503 aa  98.2  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 565 aa  98.2  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  23.92 
 
 		 563 aa  98.2  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  24.24 
 
 		 540 aa  97.4  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 530 aa  97.4  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0273  extracellular solute-binding protein family 5  24.58 
 
 		 630 aa  97.4  6e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000142627  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 517 aa  97.1  8e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  24.07 
 
 		 529 aa  96.3  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  22.95 
 
 		 645 aa  96.3  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  24.42 
 
 		 512 aa  96.7  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0050  extracellular solute-binding protein family 5  27.36 
 
 		 628 aa  96.3  1e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.600017  normal  0.630489 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.71 
 
 		 539 aa  95.9  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 510 aa  95.9  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.9 
 
 		 527 aa  94.7  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  23.45 
 
 		 522 aa  95.1  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.59 
 
 		 589 aa  94.7  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  24.34 
 
 		 529 aa  94.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 551 aa  94.4  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  22.43 
 
 		 522 aa  94.4  5e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.5 
 
 		 534 aa  94.4  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  24.71 
 
 		 576 aa  94  7e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  23.66 
 
 		 521 aa  93.6  9e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.66 
 
 		 521 aa  93.6  9e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  23.66 
 
 		 521 aa  93.6  9e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 521 aa  93.6  9e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  21.65 
 
 		 514 aa  92.8  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3167  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.54 
 
 		 542 aa  92.8  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  24.15 
 
 		 629 aa  92.8  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 516 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 		 522 aa  92.4  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 508 aa  92.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0337  extracellular solute-binding protein family 5  23.62 
 
 		 521 aa  92  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>