More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06390 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_06390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 		 552 aa  1123    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.963018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0171  extracellular solute-binding protein family 5  43.05 
 
 		 540 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3400  extracellular solute-binding protein family 5  33.98 
 
 		 567 aa  306  4.0000000000000004e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.110204  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  35.5 
 
 		 562 aa  281  3e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 		 531 aa  278  2e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 548 aa  270  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  32.95 
 
 		 548 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 559 aa  268  2.9999999999999995e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  32.91 
 
 		 557 aa  267  4e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 597 aa  258  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  35.55 
 
 		 556 aa  257  4e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  33.21 
 
 		 557 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2624  extracellular solute-binding protein family 5  31.45 
 
 		 547 aa  250  4e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  32.67 
 
 		 627 aa  250  5e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  33.84 
 
 		 560 aa  249  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 		 551 aa  248  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  33.9 
 
 		 560 aa  247  4e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0933  extracellular solute-binding protein family 5  31.08 
 
 		 561 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  31.33 
 
 		 567 aa  231  3e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1178  extracellular solute-binding protein family 5  30.49 
 
 		 576 aa  224  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0403  extracellular solute-binding protein family 5  29.7 
 
 		 565 aa  224  3e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.189174  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1678  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 553 aa  224  3e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.495361  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2510  extracellular solute-binding protein family 5  28.5 
 
 		 554 aa  219  1e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1900  extracellular solute-binding protein family 5  29.29 
 
 		 569 aa  217  5e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147571  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20180  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.24 
 
 		 551 aa  216  5.9999999999999996e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1485  extracellular solute-binding protein family 5  28.92 
 
 		 579 aa  211  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  28.31 
 
 		 545 aa  205  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2512  extracellular solute-binding protein family 5  28.68 
 
 		 565 aa  204  3e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.012201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1545  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 557 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.2137  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2728  extracellular solute-binding protein family 5  31.58 
 
 		 568 aa  196  7e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal  0.998981 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1595  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0133917  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  28.32 
 
 		 572 aa  191  4e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1592  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 560 aa  177  4e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.382923  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34930  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.31 
 
 		 563 aa  172  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.953561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0038  extracellular solute-binding protein family 5  28.08 
 
 		 568 aa  166  6.9999999999999995e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7456  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.02 
 
 		 563 aa  166  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.388989 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1553  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 559 aa  166  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.208561  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01310  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.1 
 
 		 564 aa  162  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.860675  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17760  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.26 
 
 		 609 aa  162  2e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321388  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6188  extracellular solute-binding protein family 5  27.64 
 
 		 560 aa  156  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215725  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0214  extracellular solute-binding protein family 5  25.44 
 
 		 609 aa  154  5e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000434403  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3512  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 580 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0262  extracellular solute-binding protein family 5  27.33 
 
 		 587 aa  152  1e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.578222  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1676  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 636 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.24706  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0488  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 576 aa  133  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.52 
 
 		 533 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0892  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 		 604 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  25.69 
 
 		 562 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0914  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 604 aa  126  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 		 510 aa  124  4e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 		 534 aa  123  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 526 aa  120  6e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.3 
 
 		 546 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2053  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 579 aa  116  8.999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0131056  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  25.29 
 
 		 540 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3011  ABC transporter related  26.18 
 
 		 577 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.631119  normal  0.383065 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  23.91 
 
 		 540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 		 527 aa  112  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0906  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 659 aa  110  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0876  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 625 aa  110  9.000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0197038  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2377  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 552 aa  110  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000449683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0853  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 625 aa  109  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.157029  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0273  extracellular solute-binding protein family 5  24.69 
 
 		 630 aa  110  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000142627  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.11 
 
 		 524 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  27.32 
 
 		 527 aa  108  2e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.45 
 
 		 572 aa  108  3e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.74 
 
 		 510 aa  107  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.18 
 
 		 589 aa  107  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 516 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0631  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 611 aa  107  8e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.833854  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0343  extracellular solute-binding protein family 5  23.4 
 
 		 537 aa  106  9e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3951  extracellular solute-binding protein family 5  23.89 
 
 		 633 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  26.17 
 
 		 576 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6804  extracellular solute-binding protein family 5  23.23 
 
 		 634 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.910845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1038  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 		 524 aa  104  5e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.74 
 
 		 542 aa  103  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1724  extracellular solute-binding protein family 5  23.5 
 
 		 625 aa  102  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000147125  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0162  extracellular solute-binding protein family 5  23.04 
 
 		 620 aa  102  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000359667  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 510 aa  102  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5891  extracellular solute-binding protein family 5  24.12 
 
 		 634 aa  101  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  27.65 
 
 		 523 aa  100  6e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 539 aa  100  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 508 aa  100  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 517 aa  100  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.4 
 
 		 525 aa  99.8  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  24.14 
 
 		 519 aa  99.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 		 539 aa  99.4  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0734  extracellular solute-binding protein family 5  25.32 
 
 		 594 aa  99  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.780369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 536 aa  98.6  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 534 aa  98.2  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5701  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  24.8 
 
 		 607 aa  98.2  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.167771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2629  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  24 
 
 		 517 aa  97.8  5e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000968343  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  21.79 
 
 		 645 aa  97.4  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  24.71 
 
 		 520 aa  97.1  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 565 aa  97.1  7e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.7 
 
 		 538 aa  96.3  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0485  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 619 aa  96.7  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 541 aa  96.7  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3658  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 366 aa  95.9  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.720757  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>