More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2745 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 551 aa  1140    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  52.27 
 
 		 548 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  51.89 
 
 		 548 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  48.5 
 
 		 557 aa  538  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  47.21 
 
 		 560 aa  527  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  47.12 
 
 		 560 aa  523  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  47.73 
 
 		 556 aa  518  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  38.04 
 
 		 545 aa  363  4e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  37.74 
 
 		 627 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 		 597 aa  313  6.999999999999999e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  34.74 
 
 		 531 aa  307  4.0000000000000004e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  31.99 
 
 		 557 aa  271  2.9999999999999997e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  32.42 
 
 		 567 aa  265  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3400  extracellular solute-binding protein family 5  33.08 
 
 		 567 aa  261  3e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.110204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 559 aa  261  3e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0171  extracellular solute-binding protein family 5  31.59 
 
 		 540 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2624  extracellular solute-binding protein family 5  32.83 
 
 		 547 aa  249  7e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0933  extracellular solute-binding protein family 5  32.41 
 
 		 561 aa  237  3e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.33 
 
 		 552 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.963018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  30.04 
 
 		 562 aa  233  7.000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20180  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.11 
 
 		 551 aa  233  7.000000000000001e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0403  extracellular solute-binding protein family 5  31 
 
 		 565 aa  231  3e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.189174  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1900  extracellular solute-binding protein family 5  28.79 
 
 		 569 aa  219  1e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147571  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1678  extracellular solute-binding protein family 5  29.44 
 
 		 553 aa  216  7e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.495361  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1178  extracellular solute-binding protein family 5  30.06 
 
 		 576 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2510  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 		 554 aa  209  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1545  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 557 aa  206  1e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.2137  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1595  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 557 aa  205  2e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0133917  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1485  extracellular solute-binding protein family 5  29.53 
 
 		 579 aa  201  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1676  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 636 aa  194  5e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.24706  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  31.45 
 
 		 572 aa  190  5.999999999999999e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1553  extracellular solute-binding protein  28.13 
 
 		 559 aa  188  2e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.208561  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0262  extracellular solute-binding protein family 5  32.49 
 
 		 587 aa  188  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.578222  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0038  extracellular solute-binding protein family 5  28.63 
 
 		 568 aa  188  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1592  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 560 aa  177  4e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.382923  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2512  extracellular solute-binding protein family 5  28.74 
 
 		 565 aa  171  3e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.012201  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3512  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 		 580 aa  170  8e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6188  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 560 aa  160  6e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215725  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2728  extracellular solute-binding protein family 5  28.73 
 
 		 568 aa  157  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal  0.998981 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34930  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.27 
 
 		 563 aa  156  1e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.953561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01310  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.86 
 
 		 564 aa  153  7e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.860675  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7456  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25 
 
 		 563 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.388989 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  27.35 
 
 		 562 aa  144  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0214  extracellular solute-binding protein family 5  26.95 
 
 		 609 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000434403  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3011  ABC transporter related  25.45 
 
 		 577 aa  139  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.631119  normal  0.383065 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2053  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 579 aa  137  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0131056  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0914  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 604 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0892  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 604 aa  131  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 522 aa  130  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0488  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 576 aa  129  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 559 aa  128  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 		 522 aa  127  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17760  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.14 
 
 		 609 aa  126  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321388  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  24.84 
 
 		 540 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0239  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 527 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0886528  normal  0.618082 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3196  extracellular solute-binding protein family 5  23.72 
 
 		 600 aa  114  6e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000171923  unclonable  0.0000000000413572 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3167  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  23.99 
 
 		 542 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 544 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.92 
 
 		 589 aa  111  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  26.39 
 
 		 631 aa  110  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1038  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 		 524 aa  110  6e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0734  extracellular solute-binding protein family 5  25.92 
 
 		 594 aa  108  4e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.780369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0343  extracellular solute-binding protein family 5  24.84 
 
 		 537 aa  107  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1270  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.85 
 
 		 542 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.593504  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 591 aa  106  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.1 
 
 		 588 aa  105  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.06 
 
 		 524 aa  105  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 510 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.51 
 
 		 542 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 500 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5701  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  24.31 
 
 		 607 aa  105  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.167771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  26.41 
 
 		 533 aa  105  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  23.94 
 
 		 505 aa  105  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1142  extracellular solute-binding protein family 5  23.95 
 
 		 616 aa  104  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163498  normal  0.236826 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.27 
 
 		 512 aa  103  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1414  extracellular solute-binding protein family 5  28.42 
 
 		 636 aa  103  5e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2377  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 552 aa  104  5e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000449683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1284  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 543 aa  104  5e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1494  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.57 
 
 		 543 aa  103  6e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0931394  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  25.62 
 
 		 629 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  23.78 
 
 		 696 aa  102  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.5 
 
 		 516 aa  102  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 494 aa  101  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  24.85 
 
 		 584 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 512 aa  100  6e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 512 aa  100  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  30.49 
 
 		 596 aa  100  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 512 aa  100  6e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  24.7 
 
 		 645 aa  100  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  24.56 
 
 		 626 aa  100  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 520 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  26.8 
 
 		 517 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  24.69 
 
 		 523 aa  99.8  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  25.39 
 
 		 619 aa  99  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  25.09 
 
 		 607 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  25.52 
 
 		 607 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 		 565 aa  98.6  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 520 aa  97.8  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>