More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3011 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3011  ABC transporter related  100 
 
 		 577 aa  1184    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.631119  normal  0.383065 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2053  extracellular solute-binding protein  76.39 
 
 		 579 aa  920    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0131056  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2501  extracellular solute-binding protein family 5  34.82 
 
 		 608 aa  295  2e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0531  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 626 aa  208  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.716167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0485  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 619 aa  193  6e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0876  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 625 aa  192  1e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0197038  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0853  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 625 aa  192  2e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.157029  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0162  extracellular solute-binding protein family 5  27.18 
 
 		 620 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000359667  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0906  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 659 aa  182  1e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0273  extracellular solute-binding protein family 5  28.3 
 
 		 630 aa  182  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000142627  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1676  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 636 aa  179  8e-44  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.24706  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  27.52 
 
 		 645 aa  177  6e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1724  extracellular solute-binding protein family 5  25.08 
 
 		 625 aa  176  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000147125  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6804  extracellular solute-binding protein family 5  26.54 
 
 		 634 aa  173  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.910845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1553  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 559 aa  167  2.9999999999999998e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.208561  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0038  extracellular solute-binding protein family 5  28.39 
 
 		 568 aa  167  5e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0238  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 654 aa  166  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.236322  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0262  extracellular solute-binding protein family 5  28.52 
 
 		 587 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.578222  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0631  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 611 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.833854  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5891  extracellular solute-binding protein family 5  25.86 
 
 		 634 aa  164  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3951  extracellular solute-binding protein family 5  26.79 
 
 		 633 aa  164  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 597 aa  155  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6188  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 		 560 aa  154  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215725  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1545  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 557 aa  153  8.999999999999999e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.2137  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1595  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 557 aa  152  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0133917  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1592  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 560 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.382923  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 531 aa  145  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  29.09 
 
 		 572 aa  144  5e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  26.44 
 
 		 557 aa  143  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  26.83 
 
 		 627 aa  141  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  27.26 
 
 		 567 aa  141  3e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01310  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.48 
 
 		 564 aa  138  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.860675  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 551 aa  139  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  26.99 
 
 		 545 aa  139  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 559 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2624  extracellular solute-binding protein family 5  24.81 
 
 		 547 aa  134  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0082  extracellular solute-binding protein family 5  24.14 
 
 		 636 aa  133  9e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.5866  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.38 
 
 		 556 aa  131  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  24.86 
 
 		 560 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3400  extracellular solute-binding protein family 5  26.54 
 
 		 567 aa  129  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.110204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34930  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.31 
 
 		 563 aa  127  5e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.953561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  24.72 
 
 		 560 aa  127  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2728  extracellular solute-binding protein family 5  26.91 
 
 		 568 aa  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal  0.998981 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  26.36 
 
 		 548 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1678  extracellular solute-binding protein family 5  24.73 
 
 		 553 aa  120  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.495361  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3512  extracellular solute-binding protein family 5  26.47 
 
 		 580 aa  120  9e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1178  extracellular solute-binding protein family 5  24.86 
 
 		 576 aa  119  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  26.54 
 
 		 548 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0933  extracellular solute-binding protein family 5  25.48 
 
 		 561 aa  118  3e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  25.28 
 
 		 562 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1619  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 633 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00276535  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7456  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.2 
 
 		 563 aa  113  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.388989 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1485  extracellular solute-binding protein family 5  26.18 
 
 		 579 aa  111  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  27.17 
 
 		 518 aa  110  7.000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2510  extracellular solute-binding protein family 5  23.4 
 
 		 554 aa  110  7.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3658  extracellular solute-binding protein family 5  31.37 
 
 		 366 aa  108  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.720757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.99 
 
 		 552 aa  107  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.963018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2512  extracellular solute-binding protein family 5  23.2 
 
 		 565 aa  106  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.012201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  24.63 
 
 		 557 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17760  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.09 
 
 		 609 aa  105  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321388  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  26.55 
 
 		 562 aa  105  3e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20180  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.72 
 
 		 551 aa  104  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.72 
 
 		 524 aa  103  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  27.39 
 
 		 526 aa  100  8e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 512 aa  100  8e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.39 
 
 		 526 aa  100  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  25.17 
 
 		 517 aa  100  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 522 aa  99.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0488  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 576 aa  98.6  3e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 554 aa  97.8  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0608  extracellular solute-binding protein family 5  25.18 
 
 		 549 aa  97.8  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.995783  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.93 
 
 		 572 aa  97.8  5e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 508 aa  97.4  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  23.72 
 
 		 527 aa  97.1  8e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.36 
 
 		 544 aa  96.3  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 526 aa  95.9  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 538 aa  95.5  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0914  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 604 aa  95.5  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 584 aa  94.4  5e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0214  extracellular solute-binding protein family 5  22.99 
 
 		 609 aa  94.4  5e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000434403  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  26.27 
 
 		 510 aa  94  6e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.81 
 
 		 524 aa  93.6  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4050  extracellular solute-binding protein family 5  23.53 
 
 		 548 aa  93.2  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.47 
 
 		 526 aa  92.8  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0892  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 604 aa  93.2  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1900  extracellular solute-binding protein family 5  23.11 
 
 		 569 aa  92.8  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147571  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  24.19 
 
 		 544 aa  92.4  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  27.61 
 
 		 510 aa  92.8  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0403  extracellular solute-binding protein family 5  22.04 
 
 		 565 aa  91.7  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.189174  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 537 aa  91.3  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 522 aa  91.3  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  24.31 
 
 		 607 aa  90.9  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  24.31 
 
 		 607 aa  90.9  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.86 
 
 		 538 aa  89.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.31 
 
 		 525 aa  89  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3231  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25 
 
 		 532 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.704667  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3969  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 532 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  25.4 
 
 		 631 aa  89  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 534 aa  88.2  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 596 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>