More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2629 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE2629  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  100 
 
 
517 aa  1073    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000968343  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  41.07 
 
 
540 aa  418  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  37.3 
 
 
562 aa  375  1e-102  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0343  extracellular solute-binding protein family 5  32.1 
 
 
537 aa  263  4e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 
510 aa  263  8e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 
512 aa  249  6e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.1 
 
 
588 aa  206  6e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1270  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.72 
 
 
542 aa  182  2e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.593504  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1494  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.8 
 
 
543 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0931394  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1284  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
543 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
532 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 
557 aa  149  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.96 
 
 
529 aa  139  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
516 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  28.7 
 
 
516 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.85 
 
 
529 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  29.3 
 
 
533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.83 
 
 
528 aa  135  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 
510 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.59 
 
 
528 aa  134  5e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.59 
 
 
528 aa  134  5e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1038  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 
524 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1608  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
516 aa  133  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.161051  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.34 
 
 
528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.34 
 
 
528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  29.16 
 
 
534 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 
529 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  27.52 
 
 
515 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.27 
 
 
528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 
544 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  24.71 
 
 
512 aa  130  7.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  25.48 
 
 
627 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.28 
 
 
527 aa  127  7e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.79 
 
 
510 aa  126  9e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4796  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 
532 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.478428  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  28.44 
 
 
503 aa  125  2e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  27.89 
 
 
546 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0041  hypothetical protein  26.53 
 
 
529 aa  125  3e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.561625  normal  0.893455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 
522 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0239  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 
527 aa  124  5e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0886528  normal  0.618082 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2377  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 
552 aa  124  5e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000449683  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  25.17 
 
 
523 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
517 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
540 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.24 
 
 
532 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4682  extracellular solute-binding protein family 5  25.99 
 
 
532 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  23.71 
 
 
540 aa  121  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.21 
 
 
538 aa  120  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.23 
 
 
505 aa  120  7.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
511 aa  119  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
539 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  24.83 
 
 
531 aa  118  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1855  twin-arginine translocation pathway signal  27.37 
 
 
540 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.686889  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 
539 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  27.66 
 
 
576 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
522 aa  117  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
534 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.08 
 
 
526 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.08 
 
 
526 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.08 
 
 
540 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.08 
 
 
526 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.21 
 
 
529 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  25.8 
 
 
526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.08 
 
 
526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1615  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.9 
 
 
587 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 
559 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  25.86 
 
 
526 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.76 
 
 
539 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 
536 aa  115  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
555 aa  114  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.89 
 
 
542 aa  115  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  23.08 
 
 
541 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
597 aa  114  4.0000000000000004e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.17 
 
 
516 aa  114  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.56 
 
 
531 aa  114  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  24.35 
 
 
535 aa  113  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 
531 aa  113  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  24.72 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  24.72 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.72 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2945  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 
565 aa  113  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.472455  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.72 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  24.72 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.72 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  24.72 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.76 
 
 
529 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 
559 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.5 
 
 
532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.5 
 
 
535 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
538 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 
492 aa  111  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0484  extracellular solute-binding protein  23.06 
 
 
523 aa  111  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.036637  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.79 
 
 
531 aa  111  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  26.43 
 
 
535 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.09 
 
 
529 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  26.07 
 
 
596 aa  111  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  25.11 
 
 
516 aa  110  5e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  25.23 
 
 
537 aa  110  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 
505 aa  110  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>