More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_34930 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_34930  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 
563 aa  1145    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.953561  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0038  extracellular solute-binding protein family 5  44.08 
 
 
568 aa  416  9.999999999999999e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01310  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  41.13 
 
 
564 aa  382  1e-104  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.860675  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6188  extracellular solute-binding protein family 5  40.72 
 
 
560 aa  353  4e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215725  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1397  extracellular solute-binding protein family 5  32.26 
 
 
567 aa  232  1e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.75572 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0933  extracellular solute-binding protein family 5  33.21 
 
 
561 aa  229  1e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2624  extracellular solute-binding protein family 5  30.02 
 
 
547 aa  218  2e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276954  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2510  extracellular solute-binding protein family 5  30.61 
 
 
554 aa  213  7e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1178  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 
576 aa  212  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412652  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  28.49 
 
 
562 aa  209  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0403  extracellular solute-binding protein family 5  28.94 
 
 
565 aa  209  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.189174  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 
531 aa  206  7e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  30.82 
 
 
572 aa  204  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  30.96 
 
 
627 aa  204  3e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  31.04 
 
 
597 aa  201  3.9999999999999996e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1485  extracellular solute-binding protein family 5  30.16 
 
 
579 aa  199  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1900  extracellular solute-binding protein family 5  29.03 
 
 
569 aa  197  3e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147571  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  31.28 
 
 
557 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 
548 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5780  extracellular solute-binding protein family 5  28.76 
 
 
548 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222518  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 
559 aa  188  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1553  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 
559 aa  186  8e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.208561  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1678  extracellular solute-binding protein family 5  28.73 
 
 
553 aa  186  8e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.495361  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  28.36 
 
 
557 aa  183  6e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20180  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.14 
 
 
551 aa  178  2e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.99 
 
 
556 aa  176  9e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.27 
 
 
552 aa  176  9.999999999999999e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.963018  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0171  extracellular solute-binding protein family 5  28.2 
 
 
540 aa  170  5e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3400  extracellular solute-binding protein family 5  30.17 
 
 
567 aa  170  8e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.110204  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03423  hypothetical protein  26.32 
 
 
560 aa  168  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  26.95 
 
 
545 aa  166  8e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2728  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 
568 aa  166  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.768674  normal  0.998981 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1595  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
557 aa  164  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0133917  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2512  extracellular solute-binding protein family 5  27.09 
 
 
565 aa  164  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.012201  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1545  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
557 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.2137  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002586  (GlcNAc)2 ABC transporter: substrate-binding protein  26.88 
 
 
560 aa  164  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2745  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
551 aa  162  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0262  extracellular solute-binding protein family 5  28.89 
 
 
587 aa  156  8e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.578222  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7456  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.74 
 
 
563 aa  156  9e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.388989 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3512  extracellular solute-binding protein family 5  27.42 
 
 
580 aa  155  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290938  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1676  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
636 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.24706  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17760  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.18 
 
 
609 aa  144  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321388  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0892  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 
604 aa  144  4e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1592  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 
560 aa  144  6e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.382923  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  27.1 
 
 
562 aa  143  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0214  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 
609 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000434403  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0914  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 
604 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.31 
 
 
527 aa  135  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3011  ABC transporter related  27.7 
 
 
577 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.631119  normal  0.383065 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  27.12 
 
 
534 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.18 
 
 
516 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 
533 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.35 
 
 
542 aa  131  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  27.26 
 
 
551 aa  128  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
544 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
544 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25 
 
 
546 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.49 
 
 
572 aa  124  4e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.81 
 
 
524 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.62 
 
 
524 aa  124  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0488  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
576 aa  123  9e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  28.07 
 
 
537 aa  123  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 
631 aa  122  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  29.18 
 
 
605 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  24.01 
 
 
645 aa  121  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.34 
 
 
520 aa  122  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.76 
 
 
589 aa  121  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.51 
 
 
545 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.31 
 
 
556 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
539 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.56 
 
 
540 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.9 
 
 
568 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
534 aa  118  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 
549 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
512 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 
528 aa  116  8.999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  25.31 
 
 
581 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2053  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 
579 aa  115  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0131056  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.79 
 
 
520 aa  114  5e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  27.67 
 
 
597 aa  114  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.68 
 
 
532 aa  114  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 
538 aa  114  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 
526 aa  114  6e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.38 
 
 
585 aa  113  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2501  extracellular solute-binding protein family 5  26.14 
 
 
608 aa  113  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  28.77 
 
 
509 aa  113  9e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 
549 aa  112  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  24.89 
 
 
619 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 
518 aa  111  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  27.21 
 
 
560 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
544 aa  111  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 
596 aa  111  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.45 
 
 
531 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  26.5 
 
 
534 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.83 
 
 
538 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 
565 aa  110  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.36 
 
 
519 aa  110  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  25.54 
 
 
510 aa  110  9.000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  26.94 
 
 
532 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0320  extracellular solute-binding protein  24.95 
 
 
556 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.144423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>