More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0906 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_0876  extracellular solute-binding protein  53.4 
 
 
625 aa  674    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0197038  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0906  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
659 aa  1359    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0853  extracellular solute-binding protein  53.9 
 
 
625 aa  675    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.157029  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0273  extracellular solute-binding protein family 5  50.66 
 
 
630 aa  649    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000142627  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0238  extracellular solute-binding protein  48.78 
 
 
654 aa  632  1e-180  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.236322  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1724  extracellular solute-binding protein family 5  49.09 
 
 
625 aa  613  9.999999999999999e-175  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000147125  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0485  extracellular solute-binding protein  43.14 
 
 
619 aa  521  1e-146  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0631  extracellular solute-binding protein  44.73 
 
 
611 aa  514  1e-144  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.833854  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0082  extracellular solute-binding protein family 5  42.81 
 
 
636 aa  496  1e-139  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.5866  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1619  extracellular solute-binding protein  42.93 
 
 
633 aa  485  1e-135  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00276535  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0162  extracellular solute-binding protein family 5  40.26 
 
 
620 aa  443  1e-123  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000359667  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3951  extracellular solute-binding protein family 5  38.75 
 
 
633 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6804  extracellular solute-binding protein family 5  39.12 
 
 
634 aa  392  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.910845  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5891  extracellular solute-binding protein family 5  38.56 
 
 
634 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0531  extracellular solute-binding protein  36.46 
 
 
626 aa  376  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.716167  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2053  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 
579 aa  203  9e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0131056  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3011  ABC transporter related  29.17 
 
 
577 aa  182  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.631119  normal  0.383065 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2749  extracellular solute-binding protein family 5  25.46 
 
 
645 aa  150  8e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.655087  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2501  extracellular solute-binding protein family 5  26.11 
 
 
608 aa  132  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1676  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
636 aa  130  7.000000000000001e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.24706  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1592  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 
560 aa  122  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.382923  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0910  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, periplasmic components  26 
 
 
572 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.293935  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3512  extracellular solute-binding protein family 5  25.74 
 
 
580 aa  115  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290938  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
559 aa  115  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 
597 aa  113  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1553  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
559 aa  110  6e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.208561  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  25.88 
 
 
557 aa  108  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0488  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 
576 aa  105  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1678  extracellular solute-binding protein family 5  25.77 
 
 
553 aa  100  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.495361  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1595  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 
557 aa  100  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0133917  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1545  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 
557 aa  98.2  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.2137  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  22.52 
 
 
531 aa  97.4  8e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0892  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 
604 aa  95.9  2e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0214  extracellular solute-binding protein family 5  23.47 
 
 
609 aa  95.9  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000434403  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1900  extracellular solute-binding protein family 5  24.69 
 
 
569 aa  94.7  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147571  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0343  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
537 aa  93.2  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2510  extracellular solute-binding protein family 5  24.42 
 
 
554 aa  93.6  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20180  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.02 
 
 
551 aa  93.2  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.52 
 
 
527 aa  93.2  1e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2377  extracellular solute-binding protein  25.06 
 
 
552 aa  92.8  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000449683  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1414  extracellular solute-binding protein family 5  28.2 
 
 
636 aa  92  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0914  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
604 aa  92.4  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2624  extracellular solute-binding protein family 5  24.13 
 
 
547 aa  90.1  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.276954  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0262  extracellular solute-binding protein family 5  25.39 
 
 
587 aa  89.7  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.578222  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.25 
 
 
520 aa  88.2  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  33.33 
 
 
518 aa  87.8  5e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  27.46 
 
 
631 aa  87.4  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7456  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.17 
 
 
563 aa  87.4  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.388989 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01310  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.5 
 
 
564 aa  86.7  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.860675  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1485  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 
579 aa  86.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.522952 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0403  extracellular solute-binding protein family 5  22.28 
 
 
565 aa  86.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.189174  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 
516 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17760  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.6 
 
 
609 aa  86.3  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.321388  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2512  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 
565 aa  84.7  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.012201  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
517 aa  84.3  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
535 aa  84.3  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  25.63 
 
 
629 aa  84  0.000000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1615  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.65 
 
 
587 aa  84  0.000000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0149  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.69 
 
 
556 aa  83.6  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  28.97 
 
 
529 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
564 aa  83.2  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  33.69 
 
 
515 aa  83.2  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6188  extracellular solute-binding protein family 5  31.58 
 
 
560 aa  83.2  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215725  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  32.85 
 
 
588 aa  81.6  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
529 aa  81.6  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.61 
 
 
552 aa  81.3  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.963018  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 
535 aa  81.3  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.83 
 
 
524 aa  81.3  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  23.92 
 
 
557 aa  80.9  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0608  extracellular solute-binding protein family 5  26.37 
 
 
549 aa  80.9  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.995783  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  22.46 
 
 
545 aa  81.3  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1946  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
611 aa  80.9  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185407  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
544 aa  79.7  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3355  extracellular solute-binding protein  34.9 
 
 
551 aa  80.1  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.188345  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.9 
 
 
525 aa  79.7  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.9 
 
 
542 aa  79.3  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
534 aa  79.7  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0171  extracellular solute-binding protein family 5  23.31 
 
 
540 aa  78.6  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0535  putative peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.09 
 
 
611 aa  78.6  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1438  extracellular solute-binding protein family 5  26.03 
 
 
554 aa  79  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.3177  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  26.69 
 
 
627 aa  79  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 
510 aa  78.6  0.0000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.4 
 
 
527 aa  78.6  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 
505 aa  78.2  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2711  ABC transporter, periplamic substrate-binding protein  26.89 
 
 
602 aa  78.2  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
512 aa  78.6  0.0000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2786  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
602 aa  78.2  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.426757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1497  ABC transporter periplamic substrate-binding protein  26.89 
 
 
602 aa  78.2  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.7 
 
 
556 aa  78.2  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 
509 aa  78.2  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
511 aa  77.8  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05920  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.87 
 
 
507 aa  77.4  0.0000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0728022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  29.87 
 
 
535 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.94 
 
 
589 aa  77.4  0.0000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  27.92 
 
 
501 aa  77.4  0.0000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.63 
 
 
524 aa  77.4  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 
554 aa  77  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  38.26 
 
 
588 aa  77  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0933  extracellular solute-binding protein family 5  30.26 
 
 
561 aa  76.6  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11431  ABC transporter substrate-binding protein  27.97 
 
 
534 aa  77  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.88428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>