More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_19910 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 
589 aa  1205    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  50.08 
 
 
596 aa  549  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  45.63 
 
 
631 aa  492  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  46.1 
 
 
629 aa  475  1e-133  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  42.45 
 
 
605 aa  441  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3196  extracellular solute-binding protein family 5  40.24 
 
 
600 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000171923  unclonable  0.0000000000413572 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  40.31 
 
 
626 aa  399  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  32.51 
 
 
588 aa  216  8e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
536 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  27.25 
 
 
562 aa  162  1e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  30.43 
 
 
524 aa  160  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 
544 aa  158  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 
510 aa  157  7e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0038  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 
568 aa  156  8e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.93 
 
 
542 aa  155  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.7 
 
 
520 aa  154  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 
526 aa  154  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  29.89 
 
 
512 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 
522 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  26.04 
 
 
525 aa  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.54 
 
 
540 aa  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  27.72 
 
 
546 aa  150  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.57 
 
 
510 aa  150  6e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.71 
 
 
534 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  26.72 
 
 
580 aa  147  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  26.72 
 
 
580 aa  147  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.54 
 
 
534 aa  146  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
549 aa  145  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
544 aa  145  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  29.77 
 
 
537 aa  144  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 
537 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.62 
 
 
520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 
530 aa  142  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  29.18 
 
 
551 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 
639 aa  142  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
544 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 
534 aa  141  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  29.77 
 
 
549 aa  140  7e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.41 
 
 
524 aa  140  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  28.26 
 
 
514 aa  139  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
559 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  27.73 
 
 
622 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 
510 aa  139  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.49 
 
 
525 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
588 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 
533 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1284  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
543 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 
536 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25.71 
 
 
512 aa  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 
584 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  28.18 
 
 
589 aa  137  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.92 
 
 
532 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  26.57 
 
 
532 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  25.05 
 
 
579 aa  137  7.000000000000001e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1270  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.19 
 
 
542 aa  136  8e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.593504  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  25.05 
 
 
580 aa  137  8e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 
575 aa  136  9e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  27.78 
 
 
518 aa  136  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  25.16 
 
 
575 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 
506 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_002936  DET1494  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.41 
 
 
543 aa  135  3e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0931394  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.51 
 
 
521 aa  135  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2974  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
530 aa  135  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  25.09 
 
 
545 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  25.96 
 
 
581 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  28.46 
 
 
545 aa  134  5e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  26.34 
 
 
531 aa  134  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3630  extracellular solute-binding protein family 5  25.61 
 
 
514 aa  134  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
534 aa  133  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 
511 aa  133  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  25.25 
 
 
515 aa  134  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
534 aa  133  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
522 aa  133  7.999999999999999e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
597 aa  133  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 
575 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
638 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  27.7 
 
 
533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 
593 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
573 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 
589 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 
535 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.36 
 
 
575 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  25.87 
 
 
540 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 
555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  27.41 
 
 
573 aa  131  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 
521 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0973  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 
532 aa  132  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2758  extracellular solute-binding protein family 5  24.76 
 
 
524 aa  131  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.67 
 
 
529 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3126  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 
510 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0343  extracellular solute-binding protein family 5  24.85 
 
 
537 aa  130  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 
516 aa  130  6e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3653  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 
513 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0310608  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.16 
 
 
555 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
617 aa  130  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  24.26 
 
 
566 aa  130  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  24.26 
 
 
567 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  27.04 
 
 
539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  25.15 
 
 
559 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>