More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1270 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET1494  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  94.48 
 
 
543 aa  1058    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0931394  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1284  extracellular solute-binding protein  94.48 
 
 
543 aa  1056    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1270  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 
542 aa  1108    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.593504  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1038  extracellular solute-binding protein  40.77 
 
 
524 aa  401  9.999999999999999e-111  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0239  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 
527 aa  370  1e-101  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0886528  normal  0.618082 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1615  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  37.75 
 
 
587 aa  367  1e-100  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0041  hypothetical protein  34.08 
 
 
529 aa  279  9e-74  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.561625  normal  0.893455 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0930  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  30.49 
 
 
588 aa  193  6e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.476779  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2629  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  29.72 
 
 
517 aa  182  2e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000968343  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  27.67 
 
 
562 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0328  extracellular solute-binding protein family 5  27.37 
 
 
540 aa  171  5e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.81 
 
 
540 aa  163  6e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0785  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
512 aa  159  1e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0600833  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
510 aa  157  3e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 
533 aa  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 
512 aa  153  8.999999999999999e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  29.18 
 
 
524 aa  148  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 
532 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  31.23 
 
 
534 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0343  extracellular solute-binding protein family 5  24.1 
 
 
537 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3196  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 
600 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000171923  unclonable  0.0000000000413572 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 
565 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  28.26 
 
 
516 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.23 
 
 
534 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 
539 aa  140  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 
530 aa  140  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  27.84 
 
 
529 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  28.02 
 
 
546 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 
529 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 
534 aa  137  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
536 aa  137  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
538 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.19 
 
 
589 aa  136  8e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2377  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
552 aa  136  9e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.000449683  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
534 aa  134  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  28.57 
 
 
510 aa  135  3e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.1 
 
 
532 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
516 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  25.87 
 
 
631 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1608  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
516 aa  131  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.161051  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
530 aa  131  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.98 
 
 
538 aa  130  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.44 
 
 
510 aa  130  6e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 
529 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  27.34 
 
 
557 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.59 
 
 
520 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 
544 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.93 
 
 
539 aa  128  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 
517 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1860  extracellular solute-binding protein family 5  30.54 
 
 
544 aa  127  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.44883  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 
539 aa  127  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  26.83 
 
 
534 aa  127  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.89 
 
 
524 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  29.47 
 
 
558 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  24.95 
 
 
555 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3167  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.11 
 
 
542 aa  125  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0482  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 
531 aa  124  6e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0312851  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.53 
 
 
531 aa  123  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.38 
 
 
540 aa  123  7e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3400  extracellular solute-binding protein family 5  30.02 
 
 
567 aa  123  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.110204  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  27.35 
 
 
629 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 
540 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.88 
 
 
545 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  26.56 
 
 
576 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  28.02 
 
 
551 aa  121  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 
627 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  24.72 
 
 
519 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 
527 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  24.79 
 
 
524 aa  120  6e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
551 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  27.53 
 
 
527 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
597 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1273  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, peptide-binding protein  26.82 
 
 
531 aa  119  1.9999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0104885  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.77 
 
 
541 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 
559 aa  119  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1897  extracellular solute-binding protein family 5  26.7 
 
 
554 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 
528 aa  118  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  27.26 
 
 
596 aa  118  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27 
 
 
516 aa  118  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1273  extracellular solute-binding protein family 5  28.32 
 
 
593 aa  118  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  25.47 
 
 
533 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.93 
 
 
511 aa  117  6e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.23 
 
 
531 aa  117  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  26.29 
 
 
557 aa  117  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  26.68 
 
 
549 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 
563 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
544 aa  116  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  28.95 
 
 
520 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28 
 
 
511 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3066  extracellular solute-binding protein family 5  27.82 
 
 
547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1414  extracellular solute-binding protein family 5  31.13 
 
 
636 aa  115  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.32 
 
 
538 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.57 
 
 
511 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0545  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  25.68 
 
 
545 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000683285  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0567  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.78 
 
 
592 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
535 aa  115  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  27.61 
 
 
549 aa  114  4.0000000000000004e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
544 aa  114  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  28.42 
 
 
511 aa  114  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 
535 aa  114  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>