More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1727 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
297 aa  582  1.0000000000000001e-165  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  64.53 
 
 
299 aa  375  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  64.81 
 
 
302 aa  365  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  63.76 
 
 
294 aa  343  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  59.23 
 
 
299 aa  322  5e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  58.13 
 
 
298 aa  321  9.000000000000001e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  59.93 
 
 
297 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  59.93 
 
 
297 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  59.93 
 
 
297 aa  321  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  64.08 
 
 
289 aa  319  3e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  58.33 
 
 
295 aa  308  5.9999999999999995e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  59.65 
 
 
289 aa  293  2e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  55.52 
 
 
306 aa  293  2e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  54.36 
 
 
322 aa  291  1e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  54.83 
 
 
299 aa  289  5.0000000000000004e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  54.88 
 
 
310 aa  284  2.0000000000000002e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  55.4 
 
 
293 aa  278  6e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  55.67 
 
 
299 aa  278  9e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  58.31 
 
 
305 aa  277  1e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  54.82 
 
 
325 aa  272  6e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  55.21 
 
 
313 aa  267  1e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  53.07 
 
 
343 aa  267  2e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  55.1 
 
 
327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  57.8 
 
 
336 aa  266  5e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  65.3 
 
 
295 aa  265  5.999999999999999e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  54.7 
 
 
301 aa  263  2e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  53.93 
 
 
298 aa  261  8e-69  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  52.38 
 
 
318 aa  248  7e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  54.13 
 
 
323 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  50.18 
 
 
304 aa  241  7.999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  53.79 
 
 
305 aa  240  2e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  52.79 
 
 
307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  48.5 
 
 
303 aa  223  3e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  51.38 
 
 
327 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.32 
 
 
348 aa  211  9e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  45.64 
 
 
333 aa  208  9e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  50.23 
 
 
302 aa  206  4e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  47.98 
 
 
387 aa  202  7e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 
367 aa  194  1e-48  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  49.06 
 
 
291 aa  193  3e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  51.36 
 
 
313 aa  193  3e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  48.36 
 
 
293 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.33 
 
 
293 aa  191  2e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  43.92 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  47.89 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 
313 aa  183  3e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  44.6 
 
 
313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  41.61 
 
 
310 aa  182  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 
299 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  44.3 
 
 
313 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  47.75 
 
 
304 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  45.41 
 
 
244 aa  181  1e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  50.23 
 
 
300 aa  181  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  46.51 
 
 
302 aa  180  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  39.24 
 
 
291 aa  179  5.999999999999999e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  43.87 
 
 
308 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 
298 aa  177  1e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  47.64 
 
 
292 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  41.5 
 
 
297 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.85 
 
 
344 aa  177  2e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  43.87 
 
 
301 aa  176  5e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  40.76 
 
 
314 aa  175  9e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 
308 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  46.54 
 
 
301 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  46.05 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  45.74 
 
 
301 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 
315 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  39.21 
 
 
309 aa  173  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  41.27 
 
 
302 aa  172  6.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  43.81 
 
 
306 aa  172  9e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  38.65 
 
 
323 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 
241 aa  171  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  47.25 
 
 
371 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  40.28 
 
 
314 aa  170  2e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  46.98 
 
 
354 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  49.02 
 
 
342 aa  169  7e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 
304 aa  168  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  45.77 
 
 
308 aa  167  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  44.95 
 
 
335 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  44.13 
 
 
304 aa  166  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  45.62 
 
 
363 aa  165  9e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 
315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  43.48 
 
 
306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  44.78 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  34.74 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  38.2 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  42.92 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  46.54 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  40.55 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  44.65 
 
 
249 aa  163  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 
293 aa  163  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  44.34 
 
 
293 aa  163  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0676  tRNA pseudouridine synthase B  41.1 
 
 
235 aa  163  3e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000650493 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  42.59 
 
 
279 aa  163  3e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  40.22 
 
 
324 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
314 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  47.26 
 
 
298 aa  162  7e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>