More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1546 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_1546  putative ribonuclease II  100 
 
 		 465 aa  938    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0108155 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2599  ribonuclease II  26.34 
 
 		 615 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4610  ribonuclease II  27.76 
 
 		 635 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.715919 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  27.86 
 
 		 666 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  29.13 
 
 		 781 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0097  3'-5' exoribonuclease  25.15 
 
 		 704 aa  82.4  0.00000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  29.01 
 
 		 783 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  28.23 
 
 		 818 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  27.76 
 
 		 827 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  27.76 
 
 		 827 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  27.76 
 
 		 827 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  27.76 
 
 		 828 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  25.71 
 
 		 709 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  27.09 
 
 		 895 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  29.01 
 
 		 790 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  27.42 
 
 		 864 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  22.88 
 
 		 708 aa  79.3  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0711  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  22.4 
 
 		 619 aa  79.7  0.0000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  25.19 
 
 		 705 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  26.53 
 
 		 790 aa  77.8  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  27.41 
 
 		 937 aa  77.4  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  28.09 
 
 		 805 aa  77.4  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  26.76 
 
 		 833 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  27.06 
 
 		 833 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  27.05 
 
 		 863 aa  77  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  27.84 
 
 		 748 aa  77  0.0000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  26.77 
 
 		 817 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  26.82 
 
 		 812 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  29.01 
 
 		 782 aa  76.6  0.0000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  26.82 
 
 		 886 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  27.33 
 
 		 848 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  26.82 
 
 		 838 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  26.82 
 
 		 896 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  26.82 
 
 		 896 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  26.82 
 
 		 838 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  26.82 
 
 		 838 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  24.69 
 
 		 746 aa  75.9  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  28.4 
 
 		 781 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  26.96 
 
 		 817 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  26.96 
 
 		 817 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  24.69 
 
 		 746 aa  75.9  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1800  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.04 
 
 		 784 aa  74.7  0.000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  25.6 
 
 		 859 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  26.82 
 
 		 758 aa  75.1  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  23.03 
 
 		 695 aa  74.7  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  25.89 
 
 		 857 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  27.11 
 
 		 871 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  29.41 
 
 		 788 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  28.4 
 
 		 791 aa  74.3  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  28.43 
 
 		 659 aa  73.9  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1543  putative ribonuclease II  87.5 
 
 		 41 aa  73.9  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661425 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  27.19 
 
 		 822 aa  73.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  27.68 
 
 		 776 aa  74.3  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  25.89 
 
 		 857 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  25.89 
 
 		 857 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  28.05 
 
 		 635 aa  73.6  0.000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  27.58 
 
 		 818 aa  73.6  0.000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  23.72 
 
 		 710 aa  73.2  0.000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  23.72 
 
 		 710 aa  73.2  0.000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  26.65 
 
 		 818 aa  73.2  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  23.55 
 
 		 792 aa  72.8  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1271  ribonuclease R  23.39 
 
 		 795 aa  72.8  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.142816  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  25.39 
 
 		 758 aa  72.4  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  29.01 
 
 		 745 aa  72.8  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  27.36 
 
 		 671 aa  73.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  25.31 
 
 		 813 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1993  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  25.97 
 
 		 701 aa  72  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.13462  normal  0.124011 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  34.46 
 
 		 617 aa  72  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0682  ribonuclease R  22.79 
 
 		 794 aa  72  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.43674 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  26.63 
 
 		 701 aa  71.6  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  25.06 
 
 		 813 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  26.48 
 
 		 828 aa  72.4  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  24.87 
 
 		 803 aa  71.6  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  25.31 
 
 		 813 aa  72  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  25.31 
 
 		 813 aa  71.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  25.06 
 
 		 813 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  25.31 
 
 		 813 aa  71.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  25.06 
 
 		 813 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  27.91 
 
 		 792 aa  71.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2623  ribonuclease II  24.42 
 
 		 701 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  27.03 
 
 		 671 aa  71.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  25.06 
 
 		 813 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  25.06 
 
 		 813 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  28.7 
 
 		 792 aa  70.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  26.05 
 
 		 646 aa  71.2  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  25.54 
 
 		 763 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  27.58 
 
 		 819 aa  70.9  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  24.54 
 
 		 791 aa  70.9  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  25.19 
 
 		 795 aa  70.9  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  26.38 
 
 		 749 aa  70.5  0.00000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  25.81 
 
 		 812 aa  70.1  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  27.22 
 
 		 781 aa  70.5  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  23.17 
 
 		 701 aa  70.5  0.00000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  26.11 
 
 		 722 aa  70.1  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl209  virulence associated protein, ribonuclease R  23.51 
 
 		 704 aa  70.1  0.00000000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000726605  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  26.25 
 
 		 812 aa  70.1  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  28.79 
 
 		 788 aa  70.1  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  24.13 
 
 		 637 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4011  exoribonuclease II  28.12 
 
 		 490 aa  69.3  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  26.72 
 
 		 842 aa  69.3  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>