More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4011 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2925  exoribonuclease II  83.77 
 
 		 492 aa  815    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4011  exoribonuclease II  100 
 
 		 490 aa  972    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1422  exoribonuclease II  53.42 
 
 		 492 aa  484  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2281  ribonuclease II  47.45 
 
 		 489 aa  412  1e-114  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0817  ribonuclease II  43.97 
 
 		 497 aa  386  1e-106  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1145  ribonuclease II  41.92 
 
 		 492 aa  378  1e-103  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.255734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1199  ribonuclease II  43.42 
 
 		 518 aa  374  1e-102  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.548982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  30.36 
 
 		 801 aa  214  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  29.49 
 
 		 857 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  29.49 
 
 		 857 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  31.4 
 
 		 758 aa  209  8e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  29.49 
 
 		 857 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  29.64 
 
 		 859 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  30.19 
 
 		 861 aa  202  8e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  30.95 
 
 		 840 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  29.11 
 
 		 828 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  29.03 
 
 		 876 aa  200  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  30.77 
 
 		 937 aa  199  6e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  31.05 
 
 		 810 aa  199  7e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  29.87 
 
 		 906 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  31.47 
 
 		 735 aa  196  6e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  29.29 
 
 		 907 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  30.3 
 
 		 815 aa  195  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  33.26 
 
 		 842 aa  194  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  28.65 
 
 		 877 aa  193  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  29.25 
 
 		 824 aa  193  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  32.77 
 
 		 755 aa  193  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  29.14 
 
 		 805 aa  193  7e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  28.57 
 
 		 877 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  32.53 
 
 		 910 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  31.8 
 
 		 1055 aa  192  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  30.1 
 
 		 834 aa  192  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  30.44 
 
 		 830 aa  190  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  30.99 
 
 		 807 aa  189  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  30.84 
 
 		 826 aa  189  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  30.99 
 
 		 807 aa  189  8e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  30.99 
 
 		 807 aa  189  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  32.16 
 
 		 818 aa  189  9e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  30.18 
 
 		 813 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  29.75 
 
 		 759 aa  189  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  30.18 
 
 		 813 aa  188  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  29.76 
 
 		 812 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.18 
 
 		 813 aa  188  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  31.47 
 
 		 805 aa  188  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  30.24 
 
 		 763 aa  188  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  30.18 
 
 		 813 aa  188  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  30.98 
 
 		 746 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  30.98 
 
 		 746 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  32.67 
 
 		 706 aa  188  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  29.66 
 
 		 758 aa  188  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  30.18 
 
 		 813 aa  187  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  30.18 
 
 		 813 aa  187  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  30.18 
 
 		 813 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  30.18 
 
 		 813 aa  187  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  30.18 
 
 		 813 aa  187  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  29.56 
 
 		 812 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  30.75 
 
 		 807 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  29.87 
 
 		 834 aa  187  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  30.75 
 
 		 807 aa  187  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  31.6 
 
 		 710 aa  187  4e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  31.6 
 
 		 710 aa  187  4e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  29.41 
 
 		 819 aa  187  5e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  29.83 
 
 		 817 aa  187  5e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  29.22 
 
 		 818 aa  187  5e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  28.63 
 
 		 822 aa  186  6e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  29.56 
 
 		 812 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  29.56 
 
 		 812 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  29.56 
 
 		 812 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  28.93 
 
 		 726 aa  184  4.0000000000000006e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  27.89 
 
 		 736 aa  183  6e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  27.89 
 
 		 749 aa  182  8.000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  29.34 
 
 		 829 aa  183  8.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  28.63 
 
 		 818 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  28.57 
 
 		 726 aa  182  9.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  27.13 
 
 		 770 aa  182  9.000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  31.7 
 
 		 842 aa  182  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  30.12 
 
 		 833 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  28.91 
 
 		 844 aa  181  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  28.91 
 
 		 844 aa  181  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  30.89 
 
 		 838 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  28.91 
 
 		 844 aa  181  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  30.89 
 
 		 836 aa  181  4e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  30.52 
 
 		 808 aa  181  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  30.52 
 
 		 808 aa  181  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  31.91 
 
 		 819 aa  181  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  26.13 
 
 		 810 aa  180  4.999999999999999e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  30.59 
 
 		 829 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  30.08 
 
 		 749 aa  179  7e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  31.85 
 
 		 857 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  29.29 
 
 		 828 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  32.79 
 
 		 863 aa  176  6e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  31.22 
 
 		 733 aa  176  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  30.52 
 
 		 809 aa  176  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  27.89 
 
 		 770 aa  176  9e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  32.74 
 
 		 714 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  29.16 
 
 		 720 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  28.67 
 
 		 819 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  28.93 
 
 		 804 aa  175  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  29.49 
 
 		 763 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  31.85 
 
 		 858 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>