More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0612 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0612  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  100 
 
 		 590 aa  1191    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  58.01 
 
 		 590 aa  669    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  25.05 
 
 		 1005 aa  103  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  24.1 
 
 		 1090 aa  92.4  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  25.48 
 
 		 717 aa  84.7  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  29.74 
 
 		 437 aa  80.5  0.00000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  29.74 
 
 		 440 aa  80.9  0.00000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  25.88 
 
 		 1042 aa  80.5  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.81 
 
 		 1059 aa  80.5  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  24.43 
 
 		 1040 aa  79  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  28.8 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  24.43 
 
 		 1042 aa  78.2  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.4 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  28.35 
 
 		 446 aa  75.1  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  25.56 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  26.87 
 
 		 443 aa  74.3  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  24.82 
 
 		 432 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1253  TolB periplasmic receptor  26.59 
 
 		 430 aa  73.6  0.000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0142198  normal  0.831456 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  32.56 
 
 		 1028 aa  73.6  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  27.71 
 
 		 432 aa  73.2  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  26.52 
 
 		 430 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  25.83 
 
 		 430 aa  72.4  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  26.19 
 
 		 292 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  25.23 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2365  translocation protein TolB  26.67 
 
 		 441 aa  72  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  26.52 
 
 		 430 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  30.32 
 
 		 442 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  30.32 
 
 		 442 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  30.32 
 
 		 442 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 431 aa  71.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 431 aa  71.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 431 aa  71.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 431 aa  71.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 431 aa  71.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  23.91 
 
 		 1010 aa  71.6  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  26.32 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  27.43 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  26.7 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  26.32 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  26.01 
 
 		 457 aa  71.2  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00700  translocation protein TolB precursor  28.49 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000197077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.49 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000023315  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 431 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000112892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000968933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000591343  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  28.49 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000219845  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000243248  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  28.49 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673794  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  26.52 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  26.01 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.84 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  30.23 
 
 		 442 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  30.32 
 
 		 441 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  22.34 
 
 		 1082 aa  69.7  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  27.15 
 
 		 426 aa  69.7  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1133  TolB-like  25.79 
 
 		 430 aa  70.1  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  27.22 
 
 		 567 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.01 
 
 		 428 aa  69.3  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  27.6 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  27.92 
 
 		 430 aa  69.3  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  24.64 
 
 		 429 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  29.28 
 
 		 428 aa  68.9  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  24.78 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  27.92 
 
 		 430 aa  69.3  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000187657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  28.36 
 
 		 316 aa  69.3  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  31.31 
 
 		 572 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  25.37 
 
 		 454 aa  68.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  25.56 
 
 		 439 aa  68.9  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  24.78 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  27.92 
 
 		 430 aa  69.3  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1238  translocation protein TolB  27.42 
 
 		 430 aa  68.6  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00586154  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  29.41 
 
 		 442 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  28.84 
 
 		 450 aa  68.2  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  26.39 
 
 		 461 aa  68.2  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  30.19 
 
 		 445 aa  68.2  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2750  peptidase S41  25.8 
 
 		 1076 aa  68.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.956539  normal  0.394913 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  24.63 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  30.58 
 
 		 446 aa  67.4  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2007  peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  30.24 
 
 		 720 aa  67.8  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565221 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  29.44 
 
 		 432 aa  67.4  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.09 
 
 		 435 aa  67  0.0000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  29.48 
 
 		 450 aa  67  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  29.02 
 
 		 419 aa  66.2  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  25.22 
 
 		 423 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  26.4 
 
 		 444 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  26.24 
 
 		 441 aa  66.6  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  28.94 
 
 		 432 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2902  translocation protein TolB  24.63 
 
 		 428 aa  66.6  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000513444  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  27.52 
 
 		 437 aa  66.6  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  27.07 
 
 		 442 aa  66.6  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  26.4 
 
 		 444 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  31.74 
 
 		 437 aa  66.6  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  27.98 
 
 		 436 aa  66.6  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  25.22 
 
 		 433 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  25.22 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  26.7 
 
 		 421 aa  65.9  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  25.22 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1249  translocation protein TolB  26.56 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000163249  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  23.53 
 
 		 1097 aa  65.9  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  26.42 
 
 		 444 aa  65.1  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>