193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1623 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3094  TPR domain-containing protein  49.71 
 
 		 679 aa  648    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3032  TPR repeat-containing protein  64.38 
 
 		 650 aa  785    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.198571  normal  0.0885065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1623  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 644 aa  1305    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000210321 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2604  TPR repeat-containing protein  55.72 
 
 		 653 aa  627  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2465  TPR repeat-containing protein  52.62 
 
 		 663 aa  622  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2682  TPR repeat-containing protein  46.97 
 
 		 701 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2766  TPR repeat-containing protein  49.15 
 
 		 690 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1592  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  49.13 
 
 		 692 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000228279 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2861  TPR repeat-containing protein  48.46 
 
 		 692 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0393834 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2786  TPR repeat-containing protein  49.57 
 
 		 693 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2431  TPR repeat-containing protein  49.07 
 
 		 693 aa  578  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0167557 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1524  TPR repeat-containing protein  48.99 
 
 		 691 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1402  TPR repeat-containing protein  62.81 
 
 		 681 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103328 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1467  TPR repeat-containing protein  62.81 
 
 		 687 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.510289  hitchhiker  0.00291188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1455  TPR repeat-containing protein  63.25 
 
 		 690 aa  554  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000112359 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2173  TPR domain-containing protein  41.95 
 
 		 701 aa  485  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.081888 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1658  TPR repeat-containing protein  39.43 
 
 		 647 aa  388  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.95456  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2816  TPR repeat-containing protein  37.31 
 
 		 657 aa  373  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1743  TPR domain-containing protein  33.89 
 
 		 658 aa  335  2e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02706  TPR domain protein  33.63 
 
 		 667 aa  322  9.999999999999999e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3163  TPR domain-containing protein  31.73 
 
 		 690 aa  306  8.000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.185864  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0072  TPR repeat-containing protein  30.5 
 
 		 664 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1107  hypothetical protein  33.64 
 
 		 646 aa  303  6.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0523  hypothetical protein  39.33 
 
 		 619 aa  296  6e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05143  hypothetical protein  37.22 
 
 		 601 aa  296  6e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001268  TPR domain protein in aerotolerance operon  37.39 
 
 		 599 aa  292  1e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1949  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 612 aa  239  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.931925  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02344  tetratricopeptide repeat domain protein  30.28 
 
 		 607 aa  234  4.0000000000000004e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3086  TPR domain-containing protein  29.55 
 
 		 579 aa  231  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.503806  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1732  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 		 587 aa  231  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.966886  normal  0.26357 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3802  TPR repeat-containing protein  33.54 
 
 		 522 aa  225  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5137  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.62 
 
 		 517 aa  209  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.398593  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0853  TPR repeat-containing protein  29.35 
 
 		 680 aa  206  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1717  TPR repeat-containing von Willebrand factor, type A  28.93 
 
 		 572 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3763  TPR domain protein  27.92 
 
 		 572 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3714  TPR repeat-containing protein  28.73 
 
 		 572 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2028  TPR domain-containing protein  28.73 
 
 		 572 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1560  TPR repeat-containing protein  28.97 
 
 		 571 aa  193  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2933  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 588 aa  192  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2887  tetratricopeptide TPR_4  28.17 
 
 		 544 aa  189  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0337019  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2139  hypothetical protein  30.85 
 
 		 530 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.488109  decreased coverage  0.00345429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3054  TPR repeat-containing protein  28.02 
 
 		 533 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.350986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3212  hypothetical protein  30.25 
 
 		 578 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190926 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000305  TPR domain protein in aerotolerance operon  27.29 
 
 		 576 aa  177  5e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3231  TPR repeat-containing protein  28.2 
 
 		 612 aa  176  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18790  tetratricopeptide (TPR) repeat and VWA domain-containing protein  33.48 
 
 		 577 aa  173  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00254687  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4531  hypothetical protein  29.18 
 
 		 531 aa  173  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536979  normal  0.0526442 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24390  TPR domain-containing protein  31.93 
 
 		 586 aa  171  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00557521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1588  TPR repeat-containing protein  29.42 
 
 		 572 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2066  hypothetical protein  29.76 
 
 		 585 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3117  hypothetical protein  27.31 
 
 		 503 aa  161  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10336  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2767  hypothetical protein  33.77 
 
 		 310 aa  149  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2913  hypothetical protein  33.77 
 
 		 310 aa  148  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0657  von Willebrand factor, type A  26.4 
 
 		 595 aa  139  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.676457  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3555  von Willebrand factor, type A  27.54 
 
 		 573 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3385  von Willebrand factor, type A  27.73 
 
 		 573 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.465184 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0568  von Willebrand factor, type A  27.57 
 
 		 573 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1740  hypothetical protein  25.83 
 
 		 564 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0099  von Willebrand factor, type A  26.83 
 
 		 651 aa  118  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0649  von Willebrand factor, type A  23.98 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1205  hypothetical protein  29.83 
 
 		 304 aa  97.8  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2395  von Willebrand factor type A  29.96 
 
 		 611 aa  94.4  6e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.850853  normal  0.642372 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1122  von Willebrand factor type A  28.37 
 
 		 335 aa  94  8e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.51147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1482  von Willebrand factor type A  27.34 
 
 		 344 aa  89.4  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.428182  normal  0.250576 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2912  hypothetical protein  40.35 
 
 		 293 aa  88.2  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2766  hypothetical protein  41.18 
 
 		 278 aa  87.8  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0243  von Willebrand factor type A  28.47 
 
 		 343 aa  82  0.00000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0131225  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1206  TPR repeat-containing protein  31.67 
 
 		 220 aa  81.6  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2318  von Willebrand factor type A  25.61 
 
 		 339 aa  80.1  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1583  batB protein  28.44 
 
 		 339 aa  79.3  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0906  von Willebrand factor type A  29.18 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.519509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1887  von Willebrand factor, type A  30.73 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.615946  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1538  von Willebrand factor type A  31.22 
 
 		 347 aa  77  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.634535  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0523  von Willebrand factor type A  28.62 
 
 		 344 aa  76.3  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5483  von Willebrand factor type A  25.44 
 
 		 320 aa  75.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0826  von Willebrand factor type A  32.2 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.420191  normal  0.367588 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0720  von Willebrand factor, type A  29.05 
 
 		 344 aa  74.3  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.799777  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0866  von Willebrand factor type A  32.2 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258212  normal  0.0493979 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0460  hypothetical protein  28.31 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0792  von Willebrand factor type A  31.22 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.026316 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0719  von Willebrand factor, type A  31.03 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.887647  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0793  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.15 
 
 		 312 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0444795 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1481  von Willebrand factor type A  27 
 
 		 332 aa  69.7  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587986  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1777  von Willebrand factor type A  26.39 
 
 		 754 aa  68.9  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.264323 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02145  hypothetical protein  25.45 
 
 		 346 aa  68.2  0.0000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4303  TPR repeat-containing protein  25.82 
 
 		 306 aa  67.4  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341118  normal  0.0662026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0867  TPR repeat-containing protein  31.09 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.225271  normal  0.0510852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0827  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.96 
 
 		 312 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.257865  normal  0.362947 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1908  hypothetical protein  26.4 
 
 		 319 aa  67  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.137204 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3026  von Willebrand factor, type A  30.51 
 
 		 316 aa  67  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.443806 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1129  von Willebrand factor, type A  31.64 
 
 		 315 aa  63.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2291  von Willebrand factor type A  27.59 
 
 		 340 aa  63.5  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1388  TPR repeat-containing protein  31.45 
 
 		 298 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0606731  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2467  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  43.21 
 
 		 273 aa  63.2  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.724582 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0441  von Willebrand factor type A  29.65 
 
 		 339 aa  62  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.126065  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1008  von Willebrand factor type A  32.34 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.851254  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2147  hypothetical protein  30.17 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.130278  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2455  von Willebrand factor type A  24.77 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4012  hypothetical protein  30.57 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.523385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1733  von Willebrand factor type A  33.96 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.818001  normal  0.561199 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>