193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1587 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009668  Oant_3509  OmpA/MotB domain-containing protein  57.88 
 
 		 742 aa  697    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1587  OmpA/MotB domain-containing protein  100 
 
 		 720 aa  1407    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.068035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2055  OmpA/MotB domain protein  43.87 
 
 		 742 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.124789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2288  OmpA/MotB domain protein  42.95 
 
 		 739 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.540261 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2068  OmpA family protein  49.16 
 
 		 880 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2069  OmpA/MotB  54.06 
 
 		 703 aa  295  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0149284  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0321  OmpA/MotB  45.98 
 
 		 651 aa  221  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.210637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0476  OmpA/MotB  44.36 
 
 		 697 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.66276  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5216  OmpA/MotB domain protein  44.4 
 
 		 723 aa  211  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.152488 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5291  OmpA/MotB domain protein  44.78 
 
 		 718 aa  211  5e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.550755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4749  OmpA/MotB domain-containing protein  44.03 
 
 		 717 aa  209  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0350948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2802  OmpA/MotB  43.01 
 
 		 663 aa  207  4e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.687378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0065  OmpA/MotB  44.73 
 
 		 617 aa  206  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.656472  normal  0.842902 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0237  OmpA family protein  46.69 
 
 		 727 aa  199  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.95127 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0211  OmpA/MotB domain protein  45.77 
 
 		 306 aa  197  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.542857  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0695  OmpA/MotB domain-containing protein  45.65 
 
 		 624 aa  196  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.430633 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1486  OmpA/MotB domain protein  45.35 
 
 		 666 aa  195  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5566  OmpA/MotB domain-containing protein  44.57 
 
 		 348 aa  193  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0330  OmpA/MotB domain-containing protein  40.14 
 
 		 730 aa  177  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4324  OmpA/MotB domain-containing protein  34.04 
 
 		 711 aa  163  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4088  glycosyl transferase family protein  42.86 
 
 		 1032 aa  77.8  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.127971 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0835  OmpA/MotB domain-containing protein  41.67 
 
 		 213 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.374195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0909  OmpA/MotB domain-containing protein  35.07 
 
 		 227 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5159  OmpA/MotB domain protein  41.44 
 
 		 216 aa  70.1  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.314153  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0843  OmpA/MotB  40 
 
 		 1619 aa  70.5  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.516542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1336  OmpA/MotB domain protein  51.43 
 
 		 222 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.761552  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0896  OmpA/MotB  38.79 
 
 		 212 aa  69.3  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1338  OmpA family protein  42.39 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1403  OmpA/MotB domain protein  40 
 
 		 213 aa  67  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0715247  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2207  putative outer membrane protein of unknown function  35.4 
 
 		 216 aa  67  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1008  OmpA/MotB  37.93 
 
 		 212 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.223165  normal  0.0458619 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2436  outer membrane protein  40 
 
 		 320 aa  65.5  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0555  hypothetical protein  38.53 
 
 		 212 aa  65.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3028  OmpA/MotB  38.18 
 
 		 213 aa  65.1  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.251626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0280  OmpA/MotB domain-containing protein  45.45 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0488759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1152  OmpA family protein  38.38 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000620554  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1638  OmpA/MotB domain protein  39.8 
 
 		 229 aa  62.8  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1671  OmpA/MotB domain-containing protein  36.97 
 
 		 229 aa  62.8  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0815  putative lipoprotein  39.13 
 
 		 223 aa  62.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4198  OmpA/MotB domain protein  35.71 
 
 		 270 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3761  OmpA/MotB domain protein  35.79 
 
 		 584 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1655  OmpA/MotB domain-containing protein  35.71 
 
 		 270 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0175  OmpA/MotB family outer membrane protein  35 
 
 		 584 aa  62  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1537  OmpA/MotB domain protein  35.29 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3770  OmpA/MotB domain-containing protein  34.82 
 
 		 270 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5262  OmpA/MotB  35.65 
 
 		 575 aa  60.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3121  OmpA/MotB domain protein  42.31 
 
 		 192 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3146  OmpA/MotB domain-containing protein  39.77 
 
 		 373 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000812337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0914  OmpA/MotB  35.79 
 
 		 368 aa  60.1  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.412467  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3545  OmpA family protein  39.77 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1782  OmpA/MotB domain-containing protein  35.14 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000133592  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0900  OmpA/MotB  38.53 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0244  outer membrane protein  31.4 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.930623 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  41.12 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1045  OmpA/MotB domain-containing protein  39.77 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000183072  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1012  OmpA/MotB  37.61 
 
 		 217 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857514 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1146  OmpA/MotB domain-containing protein  39.77 
 
 		 369 aa  57  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262556  normal  0.603197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4113  OmpA/MotB  33.93 
 
 		 270 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.264738 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3244  OmpA/MotB domain protein  34.43 
 
 		 369 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0107614  hitchhiker  0.00411399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4257  OmpA/MotB  33.54 
 
 		 215 aa  56.6  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0845  OmpA/MotB domain-containing protein  37.93 
 
 		 514 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2459  OmpA/MotB domain-containing protein  40.2 
 
 		 197 aa  56.2  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.467218 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1050  OmpA/MotB domain-containing protein  37.5 
 
 		 366 aa  56.6  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0116313  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1112  OmpA/MotB domain-containing protein  34.43 
 
 		 369 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00190106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2322  OmpA/MotB domain-containing protein  40.91 
 
 		 222 aa  56.6  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0351877 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1281  OmpA/MotB domain-containing protein  35.23 
 
 		 367 aa  55.5  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000128179  normal  0.0324976 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0915  OmpA/MotB domain-containing protein  34.26 
 
 		 210 aa  55.8  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.537085  normal  0.931253 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2189  ompA family protein  33.93 
 
 		 271 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  36.94 
 
 		 454 aa  55.5  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000720866  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1999  OmpA/MotB  33.93 
 
 		 271 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.411511  normal  0.0868919 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0366  OmpA/MotB domain-containing protein  40.26 
 
 		 359 aa  55.1  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193162  normal  0.220878 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0620  OmpA/MotB  32.97 
 
 		 572 aa  55.1  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0730827 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2966  OmpA/MotB domain-containing protein  37.5 
 
 		 372 aa  55.5  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00146812  normal  0.498764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3048  OmpA/MotB domain-containing protein  37.5 
 
 		 372 aa  55.5  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00212901  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3522  OmpA/MotB domain-containing protein  33.93 
 
 		 270 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3033  OmpA/MotB domain-containing protein  34.62 
 
 		 269 aa  55.1  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0106321 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0870  OmpA/MotB  35.92 
 
 		 220 aa  54.7  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03195  Thrombospondin type 3 repeat:OmpA/MotB  37.04 
 
 		 478 aa  54.7  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.889374  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2320  OmpA/MotB domain protein  36.28 
 
 		 331 aa  54.3  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1654  OmpA/MotB domain-containing protein  37.27 
 
 		 344 aa  54.3  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000122259  normal  0.141809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1066  OmpA/MotB  31.37 
 
 		 264 aa  54.3  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1411  OmpA/MotB domain-containing protein  35.45 
 
 		 326 aa  54.3  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal  0.902662 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3257  OmpA/MotB domain-containing protein  33.33 
 
 		 576 aa  53.9  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0382  OmpA/MotB domain protein  39.02 
 
 		 459 aa  53.9  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1164  ompA family protein  29.77 
 
 		 229 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.867796  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1489  OmpA/MotB domain protein  47.06 
 
 		 229 aa  53.5  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00664745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  34.23 
 
 		 296 aa  53.9  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0388  OmpA/MotB domain protein  39.02 
 
 		 459 aa  53.9  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134908  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2321  OmpA/MotB domain-containing protein  35.4 
 
 		 727 aa  53.5  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0305  OmpA/MotB domain protein  35.58 
 
 		 169 aa  52.8  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.270512  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3494  OmpA/MotB domain-containing protein  38.24 
 
 		 254 aa  53.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.471457  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0682  OmpA/MotB domain protein  37.08 
 
 		 439 aa  52.8  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3986  OmpA/MotB domain-containing protein  41.56 
 
 		 202 aa  53.1  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1090  OmpA/MotB domain-containing protein  36.78 
 
 		 367 aa  52.8  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000322286  normal  0.0373781 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0122  OmpA/MotB domain protein  36.28 
 
 		 310 aa  53.1  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2862  OmpA/MotB domain-containing protein  36.79 
 
 		 203 aa  52.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3909  OmpA/MotB domain protein  41.56 
 
 		 202 aa  53.1  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1005  OmpA/MotB  29.77 
 
 		 229 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0621  putative outer membrane protein, OmpA family  31.58 
 
 		 185 aa  52  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4062  OmpA/MotB domain-containing protein  34.23 
 
 		 200 aa  52.4  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000158668 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>