121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0309 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  100 
 
 		 470 aa  935    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  71.06 
 
 		 469 aa  662    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  70 
 
 		 469 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  66.03 
 
 		 470 aa  627  1e-178  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  66.17 
 
 		 474 aa  627  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  66.03 
 
 		 470 aa  627  1e-178  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  69.36 
 
 		 469 aa  625  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  65.18 
 
 		 483 aa  618  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 480 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  43.22 
 
 		 480 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  42.58 
 
 		 480 aa  348  9e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 481 aa  348  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 482 aa  342  9e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 483 aa  339  5.9999999999999996e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 483 aa  331  1e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.74 
 
 		 481 aa  326  5e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 488 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 476 aa  295  1e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  39.23 
 
 		 476 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 464 aa  291  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 477 aa  290  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  39.16 
 
 		 477 aa  286  5.999999999999999e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  36.52 
 
 		 474 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  37.98 
 
 		 477 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 490 aa  282  7.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 477 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 471 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 491 aa  280  5e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  37.55 
 
 		 477 aa  279  9e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 470 aa  276  8e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  36.67 
 
 		 472 aa  276  8e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  35.74 
 
 		 472 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 483 aa  273  5.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  34.96 
 
 		 468 aa  272  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  35.03 
 
 		 470 aa  270  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  37.42 
 
 		 467 aa  269  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  36.88 
 
 		 464 aa  268  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 474 aa  266  5e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 469 aa  266  5e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 474 aa  264  3e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  39.45 
 
 		 472 aa  263  4e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  34.98 
 
 		 466 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 474 aa  259  5.0000000000000005e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  39.07 
 
 		 469 aa  259  7e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  36.03 
 
 		 466 aa  257  2e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 470 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  34.97 
 
 		 475 aa  258  2e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  35.52 
 
 		 475 aa  257  3e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 475 aa  256  4e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  35.52 
 
 		 475 aa  256  4e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 461 aa  256  5e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  37.31 
 
 		 461 aa  256  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  36.92 
 
 		 461 aa  256  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 477 aa  256  6e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  34.46 
 
 		 475 aa  254  3e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  38.62 
 
 		 479 aa  254  3e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  36.44 
 
 		 490 aa  253  6e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.5 
 
 		 475 aa  252  8.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 491 aa  251  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  35.96 
 
 		 474 aa  249  8e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 506 aa  247  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 490 aa  246  6e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  34.81 
 
 		 524 aa  246  6e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  38.01 
 
 		 461 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  34.17 
 
 		 482 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  37.34 
 
 		 464 aa  243  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 473 aa  242  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  38.06 
 
 		 484 aa  238  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 463 aa  237  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 462 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  32.35 
 
 		 475 aa  224  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 495 aa  223  4e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  33.62 
 
 		 474 aa  220  5e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 486 aa  219  8.999999999999998e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 471 aa  215  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 461 aa  210  4e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  35.16 
 
 		 455 aa  194  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  40 
 
 		 149 aa  97.8  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 443 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 440 aa  70.1  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  26.46 
 
 		 428 aa  64.7  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  26.06 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  25.3 
 
 		 503 aa  56.6  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 490 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  43.24 
 
 		 431 aa  55.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.77 
 
 		 481 aa  53.9  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 493 aa  53.9  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 197 aa  53.9  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  25.12 
 
 		 488 aa  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  26.56 
 
 		 478 aa  51.6  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  26.55 
 
 		 504 aa  51.2  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 191 aa  49.7  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  30.66 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 194 aa  48.9  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  40.28 
 
 		 201 aa  49.3  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 194 aa  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  24.71 
 
 		 504 aa  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0387  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 		 486 aa  47.8  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.612976  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 397 aa  47.4  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 397 aa  47.4  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>