138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4241 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 411 aa  850    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.66 
 
 		 428 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  29.63 
 
 		 412 aa  143  6e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  29.84 
 
 		 422 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  28.66 
 
 		 485 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.85 
 
 		 424 aa  139  7.999999999999999e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  29.64 
 
 		 415 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  31.59 
 
 		 549 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  30.21 
 
 		 438 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0287  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.82 
 
 		 471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  29.57 
 
 		 451 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.65 
 
 		 378 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  27.18 
 
 		 483 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  27.23 
 
 		 440 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.36 
 
 		 428 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  31.72 
 
 		 430 aa  119  7e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  34.2 
 
 		 447 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  26.41 
 
 		 453 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.86 
 
 		 419 aa  114  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  25.99 
 
 		 436 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  29 
 
 		 429 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  34.19 
 
 		 416 aa  110  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  26.67 
 
 		 398 aa  106  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.18 
 
 		 432 aa  106  7e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  26.9 
 
 		 425 aa  105  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23.59 
 
 		 414 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  27.46 
 
 		 418 aa  102  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  27.46 
 
 		 418 aa  102  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  27.38 
 
 		 416 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.89 
 
 		 412 aa  93.6  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  26.61 
 
 		 402 aa  89  1e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  32.74 
 
 		 428 aa  86.3  8e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.7 
 
 		 373 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.66 
 
 		 620 aa  84.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  24.71 
 
 		 416 aa  85.1  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.89 
 
 		 477 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  26.62 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  23.38 
 
 		 420 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.76 
 
 		 422 aa  78.2  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  31.18 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  26.94 
 
 		 397 aa  74.7  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.24 
 
 		 427 aa  72.8  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  23.71 
 
 		 446 aa  71.2  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  26.04 
 
 		 456 aa  71.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  21.06 
 
 		 413 aa  70.5  0.00000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  24.04 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  25.38 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 387 aa  68.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  22.76 
 
 		 562 aa  68.2  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.99 
 
 		 520 aa  68.2  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.33 
 
 		 415 aa  67.4  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  22.51 
 
 		 412 aa  67  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 351 aa  67  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  24.51 
 
 		 385 aa  67  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.73 
 
 		 457 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.79 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  30.64 
 
 		 834 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  21.67 
 
 		 428 aa  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.22 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  32.52 
 
 		 380 aa  65.5  0.000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.85 
 
 		 438 aa  64.7  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  22.75 
 
 		 420 aa  64.3  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.24 
 
 		 400 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.46 
 
 		 401 aa  63.2  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  26.46 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  21.76 
 
 		 409 aa  62  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  21.76 
 
 		 426 aa  62  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  22.84 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  20.51 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  23.22 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.51 
 
 		 384 aa  60.5  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  24.23 
 
 		 412 aa  59.7  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.4 
 
 		 417 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.56 
 
 		 435 aa  59.3  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  28.38 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  32.1 
 
 		 375 aa  58.9  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  23.81 
 
 		 417 aa  58.5  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  23.87 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  23.87 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.08 
 
 		 400 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  22 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  27.71 
 
 		 391 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.93 
 
 		 427 aa  56.2  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 400 aa  55.8  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.44 
 
 		 456 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  22.38 
 
 		 404 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.14 
 
 		 511 aa  55.1  0.000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.53 
 
 		 432 aa  54.7  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  25.64 
 
 		 395 aa  54.3  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  27.03 
 
 		 500 aa  54.3  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  25.79 
 
 		 405 aa  54.3  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  22.49 
 
 		 846 aa  53.5  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.29 
 
 		 413 aa  53.5  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 		 394 aa  53.1  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  24.29 
 
 		 476 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.9 
 
 		 433 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  22.07 
 
 		 433 aa  52.4  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  25.4 
 
 		 364 aa  52.8  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  22.5 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>