More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3102 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 580 aa  1188    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  32.4 
 
 		 544 aa  302  1e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  31.52 
 
 		 581 aa  273  5.000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1509  diguanylate cyclase  28.11 
 
 		 835 aa  233  8.000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0192657  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1622  putative PAS/PAC sensor protein  31.47 
 
 		 775 aa  200  6e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0914545  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3357  sensory box histidine kinase  30.48 
 
 		 794 aa  199  9e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 620 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.79 
 
 		 1019 aa  195  2e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1041  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.56 
 
 		 1121 aa  194  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.700011  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.17 
 
 		 1140 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.5 
 
 		 856 aa  188  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2075  signal transduction protein  30.24 
 
 		 988 aa  187  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0198  pentapeptide repeat-containing protein  34.73 
 
 		 862 aa  187  4e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.726788  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1831  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 		 793 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.836817  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1858  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.86 
 
 		 1191 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0273  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 		 917 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.161492 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2358  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.38 
 
 		 916 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3233  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 		 1151 aa  178  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.885558  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 		 833 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 962 aa  172  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.89 
 
 		 1054 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3101  hypothetical protein  31.8 
 
 		 757 aa  162  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0179  histidine kinase  27.37 
 
 		 758 aa  158  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.67 
 
 		 981 aa  152  1e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.762814  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1870  histidine kinase  29.28 
 
 		 779 aa  152  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.53 
 
 		 1309 aa  150  7e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1251  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.75 
 
 		 1101 aa  150  9e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000252838 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3419  sensor histidine kinase  29.62 
 
 		 774 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 753 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 492 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 735 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0591  putative membrane associated signaling protein  27.47 
 
 		 596 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1273  PAS sensor protein  27.5 
 
 		 728 aa  146  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3113  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.05 
 
 		 898 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.265974  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  29.45 
 
 		 882 aa  144  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2638  signal transduction histidine kinase  28.19 
 
 		 1246 aa  144  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.72 
 
 		 1078 aa  143  8e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.21 
 
 		 736 aa  143  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 464 aa  143  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  37.32 
 
 		 340 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 580 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1088  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.25 
 
 		 822 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.436726 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  29.26 
 
 		 1063 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 482 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 714 aa  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 482 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 487 aa  140  7e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 559 aa  140  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2138  metal dependent phosphohydrolase  26.55 
 
 		 606 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.258694  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1570  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.79 
 
 		 1039 aa  140  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.184468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.7 
 
 		 1050 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  43.31 
 
 		 368 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  48.39 
 
 		 227 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  44.71 
 
 		 489 aa  139  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 490 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 612 aa  137  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 570 aa  137  7.000000000000001e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 490 aa  136  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 362 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 632 aa  136  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.37 
 
 		 842 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  43.02 
 
 		 689 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 438 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 591 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.68 
 
 		 658 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 533 aa  135  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 351 aa  135  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 659 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 738 aa  134  5e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 336 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 307 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 548 aa  134  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 354 aa  133  6.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 459 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.61 
 
 		 868 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.371238 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1847  histidine kinase  28.97 
 
 		 785 aa  133  9e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 373 aa  133  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  44.24 
 
 		 477 aa  133  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 485 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.6 
 
 		 901 aa  133  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 476 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 382 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.59 
 
 		 418 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 796 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 483 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 249 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 237 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  39.79 
 
 		 443 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 369 aa  131  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.82 
 
 		 466 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.82 
 
 		 466 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.82 
 
 		 466 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.82 
 
 		 466 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.82 
 
 		 454 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.82 
 
 		 454 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 378 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.82 
 
 		 466 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 539 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>