More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1276 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1276  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 370 aa  761    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0555  histone deacetylase superfamily protein  46.2 
 
 		 379 aa  317  1e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0616  histone deacetylase superfamily protein  45.01 
 
 		 370 aa  299  5e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1919  histone deacetylase superfamily protein  48.15 
 
 		 369 aa  298  9e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1341  putative acetylpolyamine aminohydrolase  45.48 
 
 		 380 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5232  histone deacetylase superfamily protein  46.77 
 
 		 369 aa  293  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6148  histone deacetylase superfamily protein  50.68 
 
 		 369 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7122  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15260  putative acetylpolyamine aminohydrolase  44.78 
 
 		 380 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0390858  hitchhiker  0.0000000000262427 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1931  histone deacetylase superfamily protein  50.68 
 
 		 369 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1954  histone deacetylase superfamily protein  50 
 
 		 369 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00466177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1341  histone deacetylase superfamily protein  47.38 
 
 		 373 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0145717 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4349  histone deacetylase superfamily protein  43.41 
 
 		 373 aa  273  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.360906 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3248  histone deacetylase superfamily protein  43.94 
 
 		 369 aa  268  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000895974 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0378  histone deacetylase superfamily protein  44.07 
 
 		 365 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2656  putative acetylpolyamine aminohydrolase  44.41 
 
 		 371 aa  265  7e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2459  histone deacetylase superfamily protein  42.42 
 
 		 379 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.08307 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0801  deacetylase / acetylpolyamine aminohydrolase  42.73 
 
 		 379 aa  262  8e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1010  histone deacetylase superfamily protein  42.11 
 
 		 366 aa  258  8e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.942652  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2491  histone deacetylase family protein  43.49 
 
 		 340 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625994  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2375  histone deacetylase family protein putative  44 
 
 		 369 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2111  histone deacetylase family protein  42.6 
 
 		 340 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  43.89 
 
 		 344 aa  247  2e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3337  histone deacetylase family protein  43.38 
 
 		 367 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.937629  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1475  histone deacetylase family protein  43.2 
 
 		 340 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.157085  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1968  histone deacetylase family protein  43.69 
 
 		 369 aa  243  6e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.520667  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2334  histone deacetylase family protein putative  43.69 
 
 		 369 aa  242  7e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0141  histone deacetylase family protein  45.34 
 
 		 370 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0332  histone deacetylase family protein  45.34 
 
 		 350 aa  228  9e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.195031  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0124  histone deacetylase family protein  45.34 
 
 		 350 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2827  histone deacetylase family protein  45.34 
 
 		 370 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2332  histone deacetylase family protein  45.34 
 
 		 370 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2309  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  45.34 
 
 		 370 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2258  histone deacetylase family protein  45.34 
 
 		 370 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0125  histone deacetylase family protein putative  45.34 
 
 		 370 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2918  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 		 345 aa  221  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0388  histone deacetylase superfamily protein  45.57 
 
 		 309 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.621071 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  41.88 
 
 		 344 aa  211  1e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0262  histone deacetylase superfamily protein  42.23 
 
 		 331 aa  206  4e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0929  histone deacetylase superfamily protein  40.15 
 
 		 364 aa  206  6e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00399276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1875  histone deacetylase superfamily  43.88 
 
 		 309 aa  206  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.184151  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1785  histone deacetylase superfamily protein  35.95 
 
 		 379 aa  204  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374535  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3860  Histone deacetylase  38.85 
 
 		 372 aa  201  9.999999999999999e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.175047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2616  histone deacetylase superfamily protein  40.68 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0989  histone deacetylase superfamily protein  40.3 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3589  histone deacetylase superfamily  37.99 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000112978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1947  histone deacetylase superfamily  38.89 
 
 		 343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2481  putative deacetylase  41.2 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0154  histone deacetylase superfamily protein  40.5 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000391208  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_272  acetoin utilization protein/histone deacetylase  36.48 
 
 		 341 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.616312  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  38.95 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2753  histone deacetylase superfamily protein  46.05 
 
 		 309 aa  196  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.277237  normal  0.113351 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0635  histone deacetylase superfamily protein  40.54 
 
 		 309 aa  196  6e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.745651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0330  histone deacetylase family protein  36.79 
 
 		 341 aa  195  9e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0541  histone deacetylase superfamily protein  40.64 
 
 		 316 aa  195  9e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0640  histone deacetylase superfamily protein  38.27 
 
 		 307 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425739 
 
 
-
 
NC_004310  BR0430  histone deacetylase family protein  38.33 
 
 		 337 aa  194  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0310  histone deacetylase superfamily protein  35.65 
 
 		 341 aa  192  1e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0611  histone deacetylase superfamily  41.7 
 
 		 311 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3179  histone deacetylase superfamily  42.11 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2993  histone deacetylase superfamily protein  41.25 
 
 		 328 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4458  histone deacetylase superfamily protein  41.08 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0695577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1151  histone deacetylase superfamily protein  40.73 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0496  histone deacetylase superfamily protein  42.86 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3218  histone deacetylase superfamily  41.25 
 
 		 309 aa  190  4e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.410643 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0437  histone deacetylase family protein  35.69 
 
 		 316 aa  190  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0570  histone deacetylase superfamily  41.3 
 
 		 311 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4303  histone deacetylase superfamily protein  40.66 
 
 		 309 aa  189  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1137  histone deacetylase family protein  42.63 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1155  histone deacetylase superfamily protein  39.22 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.60064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1024  histone deacetylase superfamily  40.25 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.448612  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1200  histone deacetylase superfamily protein  42.35 
 
 		 309 aa  186  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2798  histone deacetylase superfamily protein  42.23 
 
 		 324 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1360  Histone deacetylase  42.68 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230539 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2789  histone deacetylase superfamily protein  42.11 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.403843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0732  histone deacetylase superfamily protein  40.39 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4049  Histone deacetylase  40.43 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.248474  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0091  histone deacetylase superfamily protein  38.64 
 
 		 307 aa  184  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.827237 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0780  histone deacetylase superfamily protein  40.59 
 
 		 309 aa  184  3e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2048  histone deacetylase superfamily protein  42.55 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.309662  normal  0.408539 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3297  histone deacetylase family protein  39.34 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0999  deacetylase  37.6 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71431  predicted protein  38.85 
 
 		 807 aa  180  2.9999999999999997e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.71958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1308  histone deacetylase superfamily  38.67 
 
 		 347 aa  180  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0946  histone deacetylase superfamily protein  36.31 
 
 		 348 aa  180  4e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2923  histone deacetylase superfamily protein  38.41 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.498273 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0397  histone deacetylase superfamily protein  42.28 
 
 		 319 aa  179  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2777  Histone deacetylase  40.34 
 
 		 368 aa  179  8e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0178296  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3536  histone deacetylase superfamily  35.74 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00589437 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0594  histone deacetylase superfamily protein  41.13 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0778  histone deacetylase superfamily protein  40.08 
 
 		 309 aa  175  9e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  39.75 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0085  Histone deacetylase  37.13 
 
 		 378 aa  172  1e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.127732  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  39.84 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.39401 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08042  Putative histone deacetylase [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q7Z8L7]  37.54 
 
 		 766 aa  171  3e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.714475 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2249  histone deacetylase superfamily  42.8 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.775284  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0844  histone deacetylase superfamily  37.97 
 
 		 309 aa  171  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.548936 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0510  histone deacetylase superfamily protein  32.83 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3064  histone deacetylase superfamily  39.77 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3008  Histone deacetylase  36.79 
 
 		 308 aa  169  8e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0354167  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1558  histone deacetylase superfamily protein  37.08 
 
 		 314 aa  169  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.643913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>