More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1024 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1024  histone deacetylase superfamily  100 
 
 		 309 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.448612  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4303  histone deacetylase superfamily protein  91.26 
 
 		 309 aa  590  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4458  histone deacetylase superfamily protein  89 
 
 		 309 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0695577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1151  histone deacetylase superfamily protein  77.67 
 
 		 309 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2481  putative deacetylase  72.82 
 
 		 309 aa  491  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0780  histone deacetylase superfamily protein  72.82 
 
 		 309 aa  471  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0635  histone deacetylase superfamily protein  70.23 
 
 		 309 aa  462  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.745651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0388  histone deacetylase superfamily protein  61.36 
 
 		 309 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.621071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1875  histone deacetylase superfamily  59.74 
 
 		 309 aa  388  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.184151  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3218  histone deacetylase superfamily  59.42 
 
 		 309 aa  378  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.410643 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2993  histone deacetylase superfamily protein  59.09 
 
 		 328 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3179  histone deacetylase superfamily  59.09 
 
 		 325 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1155  histone deacetylase superfamily protein  58.96 
 
 		 323 aa  371  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.60064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2753  histone deacetylase superfamily protein  61.04 
 
 		 309 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.277237  normal  0.113351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0496  histone deacetylase superfamily protein  56.68 
 
 		 309 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0732  histone deacetylase superfamily protein  57.33 
 
 		 308 aa  355  5.999999999999999e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0946  histone deacetylase superfamily protein  55.34 
 
 		 348 aa  343  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0611  histone deacetylase superfamily  52.43 
 
 		 311 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0999  deacetylase  52.75 
 
 		 311 aa  336  2.9999999999999997e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0570  histone deacetylase superfamily  51.46 
 
 		 311 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3297  histone deacetylase family protein  52.75 
 
 		 313 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0091  histone deacetylase superfamily protein  52.15 
 
 		 307 aa  328  1.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.827237 
 
 
-
 
NC_004310  BR0430  histone deacetylase family protein  53.02 
 
 		 337 aa  323  2e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0541  histone deacetylase superfamily protein  52.38 
 
 		 316 aa  322  4e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0989  histone deacetylase superfamily protein  52.58 
 
 		 326 aa  322  5e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1137  histone deacetylase family protein  52.77 
 
 		 307 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0437  histone deacetylase family protein  52.7 
 
 		 316 aa  320  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0844  histone deacetylase superfamily  52.6 
 
 		 309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.548936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2789  histone deacetylase superfamily protein  53.42 
 
 		 307 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.403843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2798  histone deacetylase superfamily protein  52.77 
 
 		 324 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2923  histone deacetylase superfamily protein  49.19 
 
 		 308 aa  315  4e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.498273 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2616  histone deacetylase superfamily protein  51.79 
 
 		 309 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0778  histone deacetylase superfamily protein  54.07 
 
 		 309 aa  306  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1308  histone deacetylase superfamily  51.45 
 
 		 347 aa  297  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5804  histone deacetylase superfamily protein  52.12 
 
 		 315 aa  297  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.365459  normal  0.341823 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4605  histone deacetylase superfamily protein  50.98 
 
 		 314 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1200  histone deacetylase superfamily protein  50.97 
 
 		 309 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0510  histone deacetylase superfamily protein  48.22 
 
 		 306 aa  287  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0335  histone deacetylase superfamily protein  49.19 
 
 		 307 aa  285  5e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2516  histone deacetylase superfamily protein  46.73 
 
 		 321 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0900829  normal  0.296848 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0952  histone deacetylase superfamily protein  49.19 
 
 		 307 aa  276  3e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0823921  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2486  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  49.51 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0397  histone deacetylase superfamily protein  48.36 
 
 		 319 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0640  histone deacetylase superfamily protein  44.16 
 
 		 307 aa  268  1e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425739 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1558  histone deacetylase superfamily protein  46.93 
 
 		 314 aa  264  1e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.643913  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3008  Histone deacetylase  46.75 
 
 		 308 aa  265  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0354167  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1220  histone deacetylase superfamily protein  45.11 
 
 		 317 aa  262  4e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.354736  normal  0.0941624 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1476  histone deacetylase superfamily protein  44.34 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.436214  normal  0.364448 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2503  histone deacetylase superfamily protein  43.65 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2991  histone deacetylase superfamily  46.6 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.69876  hitchhiker  0.00123553 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1648  histone deacetylase family protein  46.28 
 
 		 307 aa  255  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.406778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2982  histone deacetylase family protein  46.28 
 
 		 307 aa  255  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2872  histone deacetylase family protein  46.28 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.190592  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0416  histone deacetylase family protein  46.28 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2560  histone deacetylase family protein  46.28 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2934  histone deacetylase family protein  46.28 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0936  histone deacetylase family protein  46.28 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0213  histone deacetylase family protein  46.28 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0057  histone deacetylase superfamily protein  44.19 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.620754  normal  0.137866 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1905  histone deacetylase superfamily protein  43.04 
 
 		 312 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0756  histone deacetylase superfamily protein  46.25 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0992  putative histone deacetylase-family protein  46.28 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1360  Histone deacetylase  46.41 
 
 		 307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230539 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0855  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 		 306 aa  252  7e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1016  histone deacetylase superfamily protein  46.93 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0937  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0933  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4170  histone deacetylase superfamily protein  46.28 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0578  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522993  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1749  histone deacetylase superfamily protein  42.53 
 
 		 305 aa  246  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1057  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2247  histone deacetylase superfamily protein  46.28 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2025  histone deacetylase family protein  47.88 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0860  histone deacetylase superfamily  44.3 
 
 		 307 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2302  histone deacetylase superfamily  46.18 
 
 		 319 aa  240  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2813  histone deacetylase superfamily protein  46.18 
 
 		 319 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.573371  normal  0.411949 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0789  histone deacetylase superfamily  44.3 
 
 		 307 aa  239  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.384272 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3064  histone deacetylase superfamily  44.37 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3145  histone deacetylase superfamily protein  44.94 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3319  histone deacetylase superfamily protein  46.73 
 
 		 306 aa  236  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2697  histone deacetylase superfamily protein  43.41 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.350304 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1514  putative histone deacetylase-family protein  43.37 
 
 		 334 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.14124  normal  0.292905 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0919  hypothetical protein  43.97 
 
 		 307 aa  235  7e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.457278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1246  putative histone deacetylase-family protein  45.05 
 
 		 313 aa  235  8e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0489566  normal  0.18397 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2387  histone deacetylase superfamily protein  44.59 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2164  histone deacetylase superfamily protein  43.63 
 
 		 318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  42.81 
 
 		 344 aa  231  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0733  histone deacetylase superfamily protein  44.81 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.780439  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0534  histone deacetylase  43.58 
 
 		 304 aa  231  2e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4443  histone deacetylase superfamily protein  41.58 
 
 		 306 aa  229  3e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.823717 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1655  histone deacetylase family protein  42.19 
 
 		 317 aa  225  7e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0154  histone deacetylase superfamily protein  41.75 
 
 		 345 aa  225  9e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000391208  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1947  histone deacetylase superfamily  40.76 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2528  histone deacetylase superfamily protein  43.31 
 
 		 315 aa  223  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00186  Histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  41.16 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2911  histone deacetylase superfamily protein  42.22 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.363105 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1863  Histone deacetylase  39.87 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3589  histone deacetylase superfamily  39.93 
 
 		 352 aa  222  6e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000112978 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0772  histone deacetylase superfamily  43.43 
 
 		 306 aa  222  8e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  40.26 
 
 		 316 aa  220  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>