More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2993 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2993  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 
328 aa  668    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3179  histone deacetylase superfamily  96.18 
 
 
325 aa  625  1e-178  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3218  histone deacetylase superfamily  99.03 
 
 
309 aa  627  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.410643 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0388  histone deacetylase superfamily protein  71.2 
 
 
309 aa  461  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.621071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1875  histone deacetylase superfamily  69.16 
 
 
309 aa  456  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.184151  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2753  histone deacetylase superfamily protein  70.23 
 
 
309 aa  436  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.277237  normal  0.113351 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0780  histone deacetylase superfamily protein  60.39 
 
 
309 aa  394  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1155  histone deacetylase superfamily protein  59.61 
 
 
323 aa  383  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.60064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2481  putative deacetylase  58.77 
 
 
309 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4303  histone deacetylase superfamily protein  59.42 
 
 
309 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0946  histone deacetylase superfamily protein  58.77 
 
 
348 aa  375  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4458  histone deacetylase superfamily protein  59.09 
 
 
309 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0695577  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1151  histone deacetylase superfamily protein  58.12 
 
 
309 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1024  histone deacetylase superfamily  59.09 
 
 
309 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.448612  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0635  histone deacetylase superfamily protein  58.12 
 
 
309 aa  371  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.745651  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0844  histone deacetylase superfamily  57.14 
 
 
309 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.548936 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0732  histone deacetylase superfamily protein  58.44 
 
 
308 aa  347  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0611  histone deacetylase superfamily  55.66 
 
 
311 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0570  histone deacetylase superfamily  55.66 
 
 
311 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22937  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0496  histone deacetylase superfamily protein  53.75 
 
 
309 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0999  deacetylase  54.69 
 
 
311 aa  332  5e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0989  histone deacetylase superfamily protein  54.64 
 
 
326 aa  326  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0541  histone deacetylase superfamily protein  53.02 
 
 
316 aa  323  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0430  histone deacetylase family protein  52.85 
 
 
337 aa  320  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0437  histone deacetylase family protein  52.7 
 
 
316 aa  317  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2616  histone deacetylase superfamily protein  53.72 
 
 
309 aa  316  4e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1308  histone deacetylase superfamily  55.45 
 
 
347 aa  315  5e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0778  histone deacetylase superfamily protein  52.77 
 
 
309 aa  303  2.0000000000000002e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132224  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0952  histone deacetylase superfamily protein  50.49 
 
 
307 aa  298  1e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0823921  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3297  histone deacetylase family protein  50.16 
 
 
313 aa  297  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0335  histone deacetylase superfamily protein  50.81 
 
 
307 aa  295  6e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2798  histone deacetylase superfamily protein  49.69 
 
 
324 aa  294  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1200  histone deacetylase superfamily protein  53.8 
 
 
309 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0091  histone deacetylase superfamily protein  47.59 
 
 
307 aa  293  3e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.827237 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0640  histone deacetylase superfamily protein  47.74 
 
 
307 aa  292  6e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0425739 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2486  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  50.81 
 
 
310 aa  291  1e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1137  histone deacetylase family protein  50.16 
 
 
307 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2789  histone deacetylase superfamily protein  50.49 
 
 
307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.403843  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4605  histone deacetylase superfamily protein  49.67 
 
 
314 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5804  histone deacetylase superfamily protein  46.75 
 
 
315 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.365459  normal  0.341823 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0397  histone deacetylase superfamily protein  48.68 
 
 
319 aa  275  6e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2923  histone deacetylase superfamily protein  45.6 
 
 
308 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.498273 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0510  histone deacetylase superfamily protein  45.45 
 
 
306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0057  histone deacetylase superfamily protein  45.9 
 
 
308 aa  267  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.620754  normal  0.137866 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1476  histone deacetylase superfamily protein  46.93 
 
 
307 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.436214  normal  0.364448 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0860  histone deacetylase superfamily  46.58 
 
 
307 aa  258  7e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2025  histone deacetylase family protein  49.19 
 
 
307 aa  256  4e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0919  hypothetical protein  46.91 
 
 
307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.457278  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0789  histone deacetylase superfamily  46.58 
 
 
307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.384272 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0733  histone deacetylase superfamily protein  48.38 
 
 
307 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.780439  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3064  histone deacetylase superfamily  45.16 
 
 
308 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1558  histone deacetylase superfamily protein  45.31 
 
 
314 aa  249  3e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.643913  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3008  Histone deacetylase  44.77 
 
 
308 aa  249  4e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0354167  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0933  histone deacetylase superfamily protein  46.3 
 
 
307 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2982  histone deacetylase family protein  45.02 
 
 
307 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1220  histone deacetylase superfamily protein  45.14 
 
 
317 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.354736  normal  0.0941624 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1648  histone deacetylase family protein  45.02 
 
 
307 aa  248  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.406778  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0992  putative histone deacetylase-family protein  44.44 
 
 
334 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1016  histone deacetylase superfamily protein  45.98 
 
 
307 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0937  histone deacetylase superfamily protein  45.98 
 
 
307 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4170  histone deacetylase superfamily protein  45.98 
 
 
307 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0756  histone deacetylase superfamily protein  44.63 
 
 
307 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0416  histone deacetylase family protein  44.69 
 
 
307 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0936  histone deacetylase family protein  44.69 
 
 
307 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2560  histone deacetylase family protein  44.69 
 
 
307 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2247  histone deacetylase superfamily protein  45.98 
 
 
307 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0213  histone deacetylase family protein  44.69 
 
 
307 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2872  histone deacetylase family protein  44.69 
 
 
307 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.190592  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2934  histone deacetylase family protein  44.69 
 
 
307 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0578  histone deacetylase superfamily protein  45.98 
 
 
307 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522993  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1057  histone deacetylase superfamily protein  45.98 
 
 
307 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2516  histone deacetylase superfamily protein  43.23 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0900829  normal  0.296848 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1905  histone deacetylase superfamily protein  41.1 
 
 
312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1749  histone deacetylase superfamily protein  41.56 
 
 
305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1360  Histone deacetylase  46.73 
 
 
307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.230539 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3319  histone deacetylase superfamily protein  47.7 
 
 
306 aa  243  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2991  histone deacetylase superfamily  44.66 
 
 
307 aa  242  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.69876  hitchhiker  0.00123553 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1514  putative histone deacetylase-family protein  43.04 
 
 
334 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.14124  normal  0.292905 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1246  putative histone deacetylase-family protein  44.51 
 
 
313 aa  239  5e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0489566  normal  0.18397 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2911  histone deacetylase superfamily protein  44.41 
 
 
311 aa  237  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.363105 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0855  histone deacetylase superfamily protein  43.32 
 
 
306 aa  237  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1863  Histone deacetylase  43.09 
 
 
310 aa  236  4e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3145  histone deacetylase superfamily protein  45.57 
 
 
317 aa  236  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2697  histone deacetylase superfamily protein  41.12 
 
 
307 aa  229  5e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.350304 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2555  histone deacetylase superfamily protein  46.15 
 
 
307 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2528  histone deacetylase superfamily protein  43.35 
 
 
315 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1947  histone deacetylase superfamily  41.48 
 
 
343 aa  227  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2503  histone deacetylase superfamily protein  40.26 
 
 
308 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3376  Histone deacetylase  43.99 
 
 
317 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104662  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2164  histone deacetylase superfamily protein  42.09 
 
 
318 aa  223  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1655  histone deacetylase family protein  39.37 
 
 
317 aa  221  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2387  histone deacetylase superfamily protein  43.22 
 
 
317 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2302  histone deacetylase superfamily  40.94 
 
 
319 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2813  histone deacetylase superfamily protein  40.94 
 
 
319 aa  220  3e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.573371  normal  0.411949 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  44.18 
 
 
344 aa  219  6e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1860  Histone deacetylase  43.33 
 
 
341 aa  218  7.999999999999999e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0555119  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2095  histone deacetylase superfamily protein  41.96 
 
 
317 aa  217  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  40.13 
 
 
344 aa  211  1e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0672  histone deacetylase superfamily  47.04 
 
 
312 aa  209  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0541472  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00186  Histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.62 
 
 
326 aa  209  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>