More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4458 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4458  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 309 aa  636    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0695577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4303  histone deacetylase superfamily protein  96.12 
 
 		 309 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1024  histone deacetylase superfamily  89 
 
 		 309 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.448612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1151  histone deacetylase superfamily protein  79.61 
 
 		 309 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2481  putative deacetylase  73.79 
 
 		 309 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0635  histone deacetylase superfamily protein  71.52 
 
 		 309 aa  474  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.745651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0780  histone deacetylase superfamily protein  72.82 
 
 		 309 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0388  histone deacetylase superfamily protein  62.66 
 
 		 309 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.621071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1875  histone deacetylase superfamily  61.04 
 
 		 309 aa  397  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.184151  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3179  histone deacetylase superfamily  59.09 
 
 		 325 aa  376  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1155  histone deacetylase superfamily protein  59.61 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.60064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2993  histone deacetylase superfamily protein  59.09 
 
 		 328 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3218  histone deacetylase superfamily  59.42 
 
 		 309 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.410643 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0496  histone deacetylase superfamily protein  57.33 
 
 		 309 aa  368  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2753  histone deacetylase superfamily protein  60.06 
 
 		 309 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.277237  normal  0.113351 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0732  histone deacetylase superfamily protein  57.33 
 
 		 308 aa  353  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0611  histone deacetylase superfamily  54.05 
 
 		 311 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0946  histone deacetylase superfamily protein  55.66 
 
 		 348 aa  350  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0999  deacetylase  54.37 
 
 		 311 aa  348  8e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0570  histone deacetylase superfamily  52.75 
 
 		 311 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22937  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0430  histone deacetylase family protein  54.29 
 
 		 337 aa  334  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0091  histone deacetylase superfamily protein  52.94 
 
 		 307 aa  333  3e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.827237 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0541  histone deacetylase superfamily protein  53.02 
 
 		 316 aa  332  4e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0437  histone deacetylase family protein  53.97 
 
 		 316 aa  330  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0844  histone deacetylase superfamily  52.92 
 
 		 309 aa  330  2e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.548936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3297  histone deacetylase family protein  51.78 
 
 		 313 aa  324  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2616  histone deacetylase superfamily protein  53.75 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0989  histone deacetylase superfamily protein  52.23 
 
 		 326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2789  histone deacetylase superfamily protein  53.75 
 
 		 307 aa  318  5e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.403843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2923  histone deacetylase superfamily protein  50.16 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.498273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1137  histone deacetylase family protein  52.44 
 
 		 307 aa  315  5e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2798  histone deacetylase superfamily protein  52.44 
 
 		 324 aa  315  7e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0778  histone deacetylase superfamily protein  54.72 
 
 		 309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4605  histone deacetylase superfamily protein  53.27 
 
 		 314 aa  308  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1308  histone deacetylase superfamily  52.73 
 
 		 347 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5804  histone deacetylase superfamily protein  52.12 
 
 		 315 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.365459  normal  0.341823 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1200  histone deacetylase superfamily protein  52.27 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0335  histone deacetylase superfamily protein  49.84 
 
 		 307 aa  291  8e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0510  histone deacetylase superfamily protein  47.88 
 
 		 306 aa  288  6e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2486  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  50.49 
 
 		 310 aa  281  9e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0952  histone deacetylase superfamily protein  49.19 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0823921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2516  histone deacetylase superfamily protein  44.77 
 
 		 321 aa  278  6e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0900829  normal  0.296848 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0640  histone deacetylase superfamily protein  44.81 
 
 		 307 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425739 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3008  Histone deacetylase  47.39 
 
 		 308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0354167  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0397  histone deacetylase superfamily protein  47.37 
 
 		 319 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1558  histone deacetylase superfamily protein  47.57 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.643913  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1220  histone deacetylase superfamily protein  43.81 
 
 		 317 aa  262  6.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.354736  normal  0.0941624 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0057  histone deacetylase superfamily protein  43.87 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.620754  normal  0.137866 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1476  histone deacetylase superfamily protein  44.98 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.436214  normal  0.364448 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2934  histone deacetylase family protein  46.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0416  histone deacetylase family protein  46.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2982  histone deacetylase family protein  46.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2560  histone deacetylase family protein  46.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2872  histone deacetylase family protein  46.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.190592  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1648  histone deacetylase family protein  46.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.406778  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0213  histone deacetylase family protein  46.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0936  histone deacetylase family protein  46.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0756  histone deacetylase superfamily protein  45.93 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1360  Histone deacetylase  47.71 
 
 		 307 aa  258  6e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230539 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0855  histone deacetylase superfamily protein  42.86 
 
 		 306 aa  258  8e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1905  histone deacetylase superfamily protein  43.04 
 
 		 312 aa  256  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2503  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 		 308 aa  255  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2991  histone deacetylase superfamily  44.98 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.69876  hitchhiker  0.00123553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0992  putative histone deacetylase-family protein  45.31 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1749  histone deacetylase superfamily protein  42.86 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0937  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0933  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1016  histone deacetylase superfamily protein  46.93 
 
 		 307 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3064  histone deacetylase superfamily  43.87 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4170  histone deacetylase superfamily protein  46.28 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0578  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522993  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1057  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0789  histone deacetylase superfamily  45.28 
 
 		 307 aa  248  9e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.384272 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0860  histone deacetylase superfamily  44.95 
 
 		 307 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2247  histone deacetylase superfamily protein  45.95 
 
 		 307 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3145  histone deacetylase superfamily protein  45.71 
 
 		 317 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0919  hypothetical protein  44.63 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.457278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2697  histone deacetylase superfamily protein  44.05 
 
 		 307 aa  243  3e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.350304 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3319  histone deacetylase superfamily protein  47.56 
 
 		 306 aa  241  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2025  histone deacetylase family protein  46.91 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0733  histone deacetylase superfamily protein  45.16 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.780439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1246  putative histone deacetylase-family protein  45.05 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0489566  normal  0.18397 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1514  putative histone deacetylase-family protein  43.37 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.14124  normal  0.292905 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2302  histone deacetylase superfamily  44.27 
 
 		 319 aa  236  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2813  histone deacetylase superfamily protein  44.27 
 
 		 319 aa  235  7e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.573371  normal  0.411949 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1655  histone deacetylase family protein  43.79 
 
 		 317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4443  histone deacetylase superfamily protein  41.72 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.823717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2911  histone deacetylase superfamily protein  42.49 
 
 		 311 aa  232  6e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.363105 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0534  histone deacetylase  42.91 
 
 		 304 aa  231  1e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1947  histone deacetylase superfamily  40.76 
 
 		 343 aa  231  1e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1863  Histone deacetylase  40.51 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2164  histone deacetylase superfamily protein  42.68 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  43.15 
 
 		 344 aa  230  2e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2387  histone deacetylase superfamily protein  42.68 
 
 		 317 aa  230  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2528  histone deacetylase superfamily protein  42.68 
 
 		 315 aa  229  6e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00186  Histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.87 
 
 		 326 aa  228  8e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  41.99 
 
 		 316 aa  228  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0672  histone deacetylase superfamily  47.71 
 
 		 312 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0541472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3536  histone deacetylase superfamily  41.2 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00589437 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04641  acetoin utilization family protein  49.17 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.103807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>