110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5409 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  83.65 
 
 		 210 aa  345  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  83.65 
 
 		 224 aa  344  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  78.37 
 
 		 210 aa  325  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  77.88 
 
 		 211 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  77.88 
 
 		 210 aa  323  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  72.6 
 
 		 211 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  72.12 
 
 		 221 aa  307  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  78.85 
 
 		 208 aa  304  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  75.48 
 
 		 213 aa  301  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 214 aa  105  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 238 aa  102  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 210 aa  97.1  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 234 aa  85.5  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 219 aa  77.8  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  26.26 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0024  TetR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2028  TetR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.578288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1981  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.992174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1425  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 208 aa  50.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0604  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229279 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1637  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 227 aa  49.3  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0178246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4406  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 223 aa  48.5  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.732992  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2548  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000000944763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5773  transcriptional regulator TetR family  35.82 
 
 		 208 aa  47.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1348  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 218 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.593778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 258 aa  46.2  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2647  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 74 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3200  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 232 aa  45.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0143  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 264 aa  45.8  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 241 aa  45.8  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1093  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 217 aa  45.4  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0694796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2270  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 189 aa  45.4  0.0006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  34.67 
 
 		 200 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7950  putative transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 218 aa  45.1  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1515  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 219 aa  45.1  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0829  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 218 aa  45.1  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0857  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 218 aa  45.1  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.999415 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2597  putative transcriptional regulator, TetR family  32.71 
 
 		 195 aa  45.1  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.607466 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  42.5 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 238 aa  44.3  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 218 aa  44.7  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0897  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 265 aa  44.7  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2751  putative transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 229 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0359606 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1673  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.947806  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0498  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 208 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0525706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 190 aa  43.5  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1844  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000808903 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0438  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.275927  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1711  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.418522  normal  0.678609 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0239  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 229 aa  43.5  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  21.05 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00530  transcriptional regulator  25.24 
 
 		 212 aa  43.9  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 199 aa  43.1  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3865  transcriptional regulator, TetR family protein  36.23 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2540  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 220 aa  42.7  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.34282 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  25.25 
 
 		 199 aa  42.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0521  putative transcriptional regulator, TetR family  39.39 
 
 		 215 aa  43.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46290  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128988  normal  0.0344421 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 198 aa  42.7  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2032  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 213 aa  42.7  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.44645  normal  0.684987 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 185 aa  42.7  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  40.62 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0445  TetR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 213 aa  42.4  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0566  transcriptional regulator, TetR family  23.74 
 
 		 193 aa  42.4  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3353  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 190 aa  42.4  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.5987 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3630  transcriptional regulator, TetR family  30.84 
 
 		 203 aa  42.4  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0401  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 245 aa  42.4  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0464223  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7862  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 240 aa  42.4  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0504045  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0142  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 288 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1036  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 288 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 233 aa  42  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4758  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 210 aa  42  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.939945 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0153  TetR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 205 aa  42  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10564  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10308  TetR/AcrR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 210 aa  42.4  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000336223  normal  0.125099 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  32.94 
 
 		 227 aa  42  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2181  transcriptional regulator, TetR family  45 
 
 		 189 aa  42  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000940073  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6386  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 510 aa  42  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4061  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 195 aa  42  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4307  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 214 aa  42  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0292  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 203 aa  42  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000945067 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1313  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 321 aa  42  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2773  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 321 aa  42  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2630  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 321 aa  42  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0169  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 321 aa  42  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.964419  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5303  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 210 aa  42  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.444335 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1074  transcriptional regulator, TetR family  23.57 
 
 		 184 aa  42  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>