More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1432 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1432  type IV pilus biogenesis protein PilF  100 
 
 
252 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1246  TPR repeat-containing protein  92.86 
 
 
252 aa  455  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.619631  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4603  Type IV pilus biogenesis protein PilF  76.37 
 
 
252 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40310  type IV pilus biogenesis protein PilF  67.46 
 
 
252 aa  335  5e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1309  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  63.49 
 
 
252 aa  334  9e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14850  type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  63.1 
 
 
252 aa  332  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0881  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  63.89 
 
 
253 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904873  normal  0.500681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0851  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  63.49 
 
 
255 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3502  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  63.89 
 
 
253 aa  307  9e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0894  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  64.29 
 
 
253 aa  294  8e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000416211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4327  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  64.68 
 
 
253 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.813272  hitchhiker  0.000000000191123 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1125  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  38 
 
 
267 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.377413  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1432  hypothetical protein  35.34 
 
 
259 aa  146  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.2 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.2 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  33.2 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  32.4 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1250  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.98 
 
 
252 aa  122  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.901782  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.96 
 
 
266 aa  122  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1114  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.2 
 
 
261 aa  122  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.22274  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.85 
 
 
262 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.49 
 
 
262 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  32.47 
 
 
246 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.22 
 
 
262 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.17 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.8 
 
 
262 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.65 
 
 
262 aa  116  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  30.65 
 
 
262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  32.26 
 
 
262 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0592  TPR repeat-containing pilus assembly protein PilF  33.18 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83159  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2852  tetratricopeptide TPR_2  33.47 
 
 
269 aa  108  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0733  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.22 
 
 
256 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2309  TPR repeat-containing protein  29.57 
 
 
278 aa  105  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.15 
 
 
268 aa  105  8e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2185  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.3 
 
 
285 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2050  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.34 
 
 
258 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.024552  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  30.8 
 
 
247 aa  102  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  29.08 
 
 
260 aa  101  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1184  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.85 
 
 
249 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  30.4 
 
 
262 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1213  putative type 4 fimbrial biogenesis protein  30.66 
 
 
263 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1291  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.45 
 
 
249 aa  99.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0420  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  31.45 
 
 
249 aa  99.8  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209508 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2192  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.46 
 
 
276 aa  99  6e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1503  hypothetical protein  35.14 
 
 
260 aa  97.8  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1480  hypothetical protein  35.68 
 
 
260 aa  97.8  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2987  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1149  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.3 
 
 
265 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588418  normal  0.518826 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3611  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.78 
 
 
263 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.253083 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02493  hypothetical protein  28.1 
 
 
253 aa  96.7  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2610  tetratricopeptide TPR_2  28.4 
 
 
269 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104861  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1057  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.05 
 
 
265 aa  96.3  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0988004  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2888  type IV pilus biogenesis protein PilF, putative  30.88 
 
 
255 aa  95.9  5e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0727  putative type 4 fimbrial biogenesis protein PilF  29.08 
 
 
253 aa  95.9  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4254  lysM domain-containing protein  31.2 
 
 
524 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.305557  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1217  putative fimbrial biogenesis and twitching motility protein  29.95 
 
 
237 aa  90.9  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.544829  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3392  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.8 
 
 
266 aa  89.4  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2088  TPR repeat-containing protein  30.49 
 
 
259 aa  89  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.883758  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3128  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.51 
 
 
332 aa  87.8  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003634  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilF  27.6 
 
 
241 aa  86.3  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2870  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.44 
 
 
306 aa  85.1  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0680  type 4 fimbrial biogenesis protein  29.3 
 
 
315 aa  84.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000581719  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2108  TPR repeat-containing protein  29.44 
 
 
258 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.199706 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0650  TPR repeat-containing protein  30.27 
 
 
317 aa  82.8  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1904  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.87 
 
 
272 aa  82.4  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1256  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.24 
 
 
261 aa  80.5  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.812098  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1422  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.59 
 
 
280 aa  79.7  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1998  uncharacterized protein involved in fimbrial biogenesis  29.15 
 
 
267 aa  78.6  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.151418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0082  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.63 
 
 
285 aa  77  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2739  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.29 
 
 
248 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3016  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.69 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1779  type IV pilus assembly protein PilF  26.77 
 
 
269 aa  73.9  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.821646  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1715  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  25.69 
 
 
269 aa  72.4  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.360118  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1116  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.67 
 
 
251 aa  72.4  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.772956  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1168  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.94 
 
 
275 aa  72  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1088  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.94 
 
 
275 aa  72  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1603  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.12 
 
 
255 aa  72  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0684116 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1931  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.12 
 
 
249 aa  72  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0417979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  24.51 
 
 
295 aa  71.2  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06112  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.2 
 
 
262 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.21949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01054  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.2 
 
 
262 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.5978  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1166  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  36.22 
 
 
261 aa  70.5  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  30.34 
 
 
827 aa  63.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1987  TPR repeat-containing protein  27.85 
 
 
934 aa  64.3  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0465352  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
3145 aa  63.5  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1197  fimbrial biogenesis and twitching motility protein  28.06 
 
 
179 aa  63.2  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.27638  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  27.95 
 
 
1297 aa  62.8  0.000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1550  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.82 
 
 
297 aa  59.7  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000389536  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2476  TPR domain-containing protein  32.43 
 
 
566 aa  58.9  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.834275  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  27.15 
 
 
405 aa  58.2  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.68 
 
 
810 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  28.22 
 
 
875 aa  57.4  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0662  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.62 
 
 
330 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0114263  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  31.11 
 
 
878 aa  57  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1653  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.65 
 
 
758 aa  55.8  0.0000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3605  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.41 
 
 
248 aa  55.8  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0433  TPR repeat-containing protein  23.76 
 
 
254 aa  55.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.017119  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2659  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.88 
 
 
565 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.144865 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0163  TPR repeat-containing protein  28.92 
 
 
356 aa  55.1  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00233758  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2937  TPR repeat-containing protein  24.22 
 
 
248 aa  53.9  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000196888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>