More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_1984 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
172 aa  347  4e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  84.3 
 
 
172 aa  298  3e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  69.59 
 
 
171 aa  259  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  69.01 
 
 
171 aa  256  7e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  67.84 
 
 
171 aa  253  7e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  67.84 
 
 
171 aa  253  7e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  67.84 
 
 
171 aa  253  7e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  67.84 
 
 
171 aa  253  7e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  68.42 
 
 
171 aa  253  7e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  67.25 
 
 
171 aa  251  3e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  67.25 
 
 
171 aa  251  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  66.67 
 
 
171 aa  249  1e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  53.29 
 
 
172 aa  180  9.000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  53.29 
 
 
172 aa  177  9e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  51.5 
 
 
168 aa  175  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  47.65 
 
 
171 aa  159  2e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  66.04 
 
 
106 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  43.27 
 
 
177 aa  152  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  50.9 
 
 
167 aa  150  8e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  47.9 
 
 
167 aa  145  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  47.9 
 
 
167 aa  145  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  47.37 
 
 
173 aa  144  5e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  40.96 
 
 
166 aa  134  5e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  43.27 
 
 
173 aa  132  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  37.79 
 
 
169 aa  122  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  40.48 
 
 
179 aa  118  3.9999999999999996e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  42.35 
 
 
176 aa  118  4.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  38.15 
 
 
169 aa  118  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  38.73 
 
 
170 aa  111  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  37.06 
 
 
167 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  37.87 
 
 
169 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  37.65 
 
 
176 aa  107  6e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  37.65 
 
 
176 aa  107  6e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  33.92 
 
 
170 aa  106  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  37.57 
 
 
176 aa  106  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
174 aa  102  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 
171 aa  102  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
172 aa  101  5e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3856  16S rRNA processing protein RimM  66.67 
 
 
68 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.26975e-63 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  32.28 
 
 
178 aa  99  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  34.27 
 
 
172 aa  98.2  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 
187 aa  96.7  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
182 aa  97.1  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  37.06 
 
 
179 aa  95.9  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.82 
 
 
170 aa  96.7  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  96.3  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  34.13 
 
 
174 aa  96.7  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  35.67 
 
 
166 aa  95.9  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
176 aa  96.3  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
176 aa  96.3  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  35.39 
 
 
176 aa  95.1  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
167 aa  94.4  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
172 aa  94.4  8e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  34.68 
 
 
173 aa  93.6  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  37.35 
 
 
172 aa  92.8  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
176 aa  92.8  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
166 aa  92.8  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
173 aa  92.8  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.33 
 
 
172 aa  92.8  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.47 
 
 
170 aa  92.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
173 aa  92  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 
182 aa  91.7  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
173 aa  91.7  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  36.36 
 
 
175 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 
181 aa  91.3  6e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
175 aa  90.5  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  29.71 
 
 
180 aa  90.5  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  34.84 
 
 
177 aa  90.5  1e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
210 aa  90.1  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
197 aa  90.1  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  32.16 
 
 
167 aa  89.4  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
178 aa  89  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
181 aa  89  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
173 aa  89  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
165 aa  89  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
176 aa  88.2  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 
181 aa  88.2  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
165 aa  87.8  6e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1301  16S rRNA processing protein RimM  33.12 
 
 
162 aa  87.8  7e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0244939  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 
182 aa  87.8  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  31.4 
 
 
180 aa  87.8  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0505  16S rRNA processing protein RimM  30.99 
 
 
177 aa  87.4  9e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  30.46 
 
 
176 aa  86.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
233 aa  87  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 
179 aa  86.7  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  34.15 
 
 
166 aa  87  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
177 aa  87.4  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
169 aa  87  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  31.4 
 
 
186 aa  86.7  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 
172 aa  86.3  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
180 aa  86.3  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 
179 aa  85.9  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
180 aa  84.7  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  32.35 
 
 
171 aa  84.7  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  33.14 
 
 
174 aa  84.3  7e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
176 aa  84.3  8e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  32.28 
 
 
179 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  32.52 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 
184 aa  82.8  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>