More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_3238 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
368 aa  744    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.55 
 
 
371 aa  282  8.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 
383 aa  273  3e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  39.24 
 
 
381 aa  264  2e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.24 
 
 
378 aa  260  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.24 
 
 
360 aa  247  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  36.57 
 
 
360 aa  234  3e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  33.14 
 
 
362 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.41 
 
 
360 aa  223  4e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  33.87 
 
 
384 aa  220  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  33.42 
 
 
363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  33.43 
 
 
368 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 
363 aa  212  7e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  31.92 
 
 
360 aa  209  7e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.48 
 
 
361 aa  208  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.68 
 
 
389 aa  199  5e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.7 
 
 
389 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.75 
 
 
363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.17 
 
 
393 aa  193  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.52 
 
 
376 aa  191  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  30.98 
 
 
373 aa  191  2e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.32 
 
 
379 aa  189  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  33.06 
 
 
395 aa  189  8e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.53 
 
 
390 aa  187  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.87 
 
 
375 aa  186  8e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 
405 aa  181  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.85 
 
 
398 aa  182  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.28 
 
 
393 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.96 
 
 
373 aa  178  1e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.11 
 
 
378 aa  177  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  31.28 
 
 
369 aa  176  7e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.68 
 
 
366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  34.98 
 
 
378 aa  171  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.51 
 
 
397 aa  169  8e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  31.87 
 
 
367 aa  167  2e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 
391 aa  167  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.48 
 
 
378 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 
394 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.87 
 
 
520 aa  163  4.0000000000000004e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 
399 aa  153  4e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  32.38 
 
 
371 aa  153  5e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  28.02 
 
 
441 aa  152  8.999999999999999e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 
391 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  26.35 
 
 
414 aa  150  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 
380 aa  149  8e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.29 
 
 
373 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1968  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.23 
 
 
379 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000223491  normal  0.235934 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 
373 aa  145  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  28.69 
 
 
412 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 
371 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1921  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 
394 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  30.08 
 
 
400 aa  143  5e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 
422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4070  secretion protein HlyD  26.58 
 
 
405 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.409958  normal  0.154431 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  27.91 
 
 
374 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  30.87 
 
 
411 aa  139  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.87 
 
 
396 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.95 
 
 
383 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 
385 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 
405 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.56 
 
 
396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  28.57 
 
 
387 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44050  multidrug efflux pump membrane fusion protein  27.81 
 
 
427 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  30.6 
 
 
411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.1 
 
 
408 aa  137  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 
425 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 
445 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1229  RND efflux system membrane fusion protein  29.43 
 
 
428 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0847833 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 
384 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 
392 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 
377 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1622  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 
415 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.1162  normal  0.0945961 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 
413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 
413 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  27.63 
 
 
383 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  26.36 
 
 
417 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.54 
 
 
377 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  23.55 
 
 
371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  25.79 
 
 
382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1083  RND family efflux transporter MFP subunit  26.58 
 
 
359 aa  133  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0380532  normal  0.959663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 
413 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3063  secretion protein HlyD  27.01 
 
 
412 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000572272  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.7 
 
 
372 aa  132  6.999999999999999e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.320362 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.45 
 
 
388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 
413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  27.09 
 
 
476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  28.83 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0692  secretion protein HlyD  28.49 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000417324  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  28.17 
 
 
396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 
400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.91 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815107  normal  0.264656 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.83 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  26.67 
 
 
396 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.49 
 
 
404 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
416 aa  130  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  27.57 
 
 
411 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 
387 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  27.48 
 
 
407 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 
396 aa  129  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1074  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 
405 aa  129  8.000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.151684  normal  0.62301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>