More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4172 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  606  9.999999999999999e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  76.19 
 
 		 294 aa  468  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 299 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  33.48 
 
 		 291 aa  99  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  35.68 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  30.99 
 
 		 297 aa  95.9  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 287 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 204 aa  94.7  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  25.94 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 293 aa  92.4  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 291 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  35.97 
 
 		 322 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 202 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 288 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 307 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 223 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 291 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  42.86 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  35.94 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  37.69 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 278 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  38.74 
 
 		 368 aa  86.3  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  39.05 
 
 		 291 aa  85.9  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  23.33 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 304 aa  85.5  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 188 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  36.57 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  27.36 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  27.46 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  32.92 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5487  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  36.08 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  38.78 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 285 aa  82.4  0.000000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  39.33 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  42.27 
 
 		 180 aa  81.6  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  40.82 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  31.47 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  32.41 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6896  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 275 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 		 300 aa  79  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 513 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  35.05 
 
 		 307 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 290 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  30.66 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2332  transcriptional regulator, AraC family  32.09 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000141159  normal  0.457995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>