95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6009 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6009  copper ABC transporter, periplasmic binding protein NosD  100 
 
 		 462 aa  942    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0148833  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2860  periplasmic copper-binding  61.64 
 
 		 451 aa  567  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.837976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0429  periplasmic copper-binding  59.31 
 
 		 454 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2352  periplasmic copper-binding  61.78 
 
 		 454 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3143  periplasmic copper-binding  57.17 
 
 		 452 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4345  periplasmic copper-binding  52.99 
 
 		 462 aa  498  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0276  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  53.65 
 
 		 464 aa  478  1e-134  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.189297  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0252  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  53.65 
 
 		 464 aa  478  1e-134  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3320  hypothetical protein  49.29 
 
 		 439 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11516  normal  0.143363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3195  nitrous oxide maturation protein  46.14 
 
 		 445 aa  375  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.472641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4218  periplasmic copper-binding  44.29 
 
 		 443 aa  372  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.052601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2565  periplasmic copper-binding  41.3 
 
 		 437 aa  310  4e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.156949  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1075  periplasmic copper-binding  38.08 
 
 		 442 aa  300  4e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3401  periplasmic copper-binding  37.53 
 
 		 457 aa  290  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000011758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1427  transcriptional regulator for copper, periplasmic binding protein, LacI family protein  35.62 
 
 		 441 aa  290  6e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1737  nitrous oxide reductase maturation protein NosD  39.01 
 
 		 428 aa  289  9e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20190  copper ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  38.77 
 
 		 428 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00197549  normal  0.794755 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2218  periplasmic copper-binding  35.68 
 
 		 483 aa  279  9e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3077  periplasmic copper-binding  35.82 
 
 		 439 aa  271  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4733  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  32.82 
 
 		 467 aa  271  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0489  periplasmic copper-binding  35.92 
 
 		 410 aa  251  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0486  periplasmic copper-binding  35.7 
 
 		 446 aa  249  9e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0486  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  35.03 
 
 		 424 aa  248  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0510  periplasmic copper-binding  34.78 
 
 		 439 aa  248  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0500  periplasmic copper-binding  35.29 
 
 		 429 aa  247  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0496  periplasmic copper-binding  34.38 
 
 		 424 aa  247  3e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3870  periplasmic copper-binding  34.3 
 
 		 428 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1058  periplasmic copper-binding  34.6 
 
 		 423 aa  242  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1137  periplasmic copper-binding  34.6 
 
 		 423 aa  242  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0889147  normal  0.932026 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3535  periplasmic copper-binding protein  33.7 
 
 		 429 aa  242  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4915  putative periplasmic copper-binding precursor  33.11 
 
 		 425 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142909 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4061  periplasmic copper-binding  32.52 
 
 		 431 aa  239  9e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0898621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4173  periplasmic copper-binding  32.52 
 
 		 431 aa  239  9e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3359  periplasmic copper-binding  33.73 
 
 		 431 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.988471  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0495  periplasmic copper-binding  33.18 
 
 		 429 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1370  copper-binding periplasmic NOSD signal peptide protein  31.97 
 
 		 423 aa  237  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3995  periplasmic copper-binding  33.96 
 
 		 431 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4470  periplasmic copper-binding  33.03 
 
 		 446 aa  230  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1481  periplasmic copper-binding  33.9 
 
 		 400 aa  230  5e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.194727 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4449  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  34.1 
 
 		 447 aa  227  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3200  periplasmic copper-binding  30.57 
 
 		 432 aa  225  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2324  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33.88 
 
 		 400 aa  223  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.361352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2256  NosD  34.35 
 
 		 400 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0994  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein, putative  33.99 
 
 		 416 aa  217  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.213533  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2061  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33.74 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.465358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2116  copper ABC transporter, periplasmic copper-binding protein  33.74 
 
 		 416 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0661  periplasmic copper-binding  29.93 
 
 		 428 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0355  periplasmic copper-binding  32.43 
 
 		 452 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1391  nitrous oxidase accessory protein  32.35 
 
 		 422 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1163  periplasmic copper-binding  28.67 
 
 		 503 aa  196  5.000000000000001e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.309435 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0211  periplasmic copper-binding  28.02 
 
 		 501 aa  194  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.889155  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1805  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  29.36 
 
 		 467 aa  176  7e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.22274 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2014  periplasmic copper-binding protein  31 
 
 		 454 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1558  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.7 
 
 		 458 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141608  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0246  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.14 
 
 		 459 aa  151  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1463  Carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  30.68 
 
 		 458 aa  151  3e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2400  periplasmic copper-binding, NosD  29.51 
 
 		 459 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.2203  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0695  periplasmic copper-binding  25.46 
 
 		 417 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1567  periplasmic copper-binding  28.44 
 
 		 452 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0198454  normal  0.645907 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2908  periplasmic copper-binding  27.71 
 
 		 422 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109404  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1300  periplasmic copper-binding  24.88 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.057669  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1727  nitrous oxidase accessory protein  26.6 
 
 		 418 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.174629  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0007  nitrous oxidase accessory protein  26.9 
 
 		 410 aa  110  5e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000189089  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1026  periplasmic copper-binding  24.3 
 
 		 406 aa  108  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0442  nitrous oxidase accessory protein  27.02 
 
 		 404 aa  107  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.497509  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5553  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.78 
 
 		 425 aa  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00143143 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1213  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  23.37 
 
 		 425 aa  97.4  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0704016  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2966  copper-binding protein  24.45 
 
 		 633 aa  93.6  6e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.58958  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1722  copper-binding protein  24.32 
 
 		 711 aa  90.1  7e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0791  NosL family protein  25.06 
 
 		 672 aa  77  0.0000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0351  copper-binding protein  24.49 
 
 		 638 aa  76.3  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.278001 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1931  nitrous oxidase accessory protein-like protein  26.67 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2677  NosL family protein  23.42 
 
 		 651 aa  63.9  0.000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0669  cell surfacr protein  21.96 
 
 		 570 aa  57  0.0000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00389799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3372  cell surface protein  21.32 
 
 		 352 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00468301  hitchhiker  0.00958354 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1802  hypothetical protein  33.62 
 
 		 2036 aa  53.1  0.000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.993129 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2929  surface layer protein B  21.76 
 
 		 471 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0075773  hitchhiker  0.00586153 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1993  cell surface protein  33.62 
 
 		 1969 aa  52.8  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.147717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0046  carbohydrate-binding and sugar hydrolysis  22.81 
 
 		 685 aa  52.8  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357051  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1643  cell surface protein  20.92 
 
 		 1200 aa  52.4  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1626  periplasmic copper-binding  28.74 
 
 		 899 aa  51.6  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0959099  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0787  nitrous oxidase accessory protein-like  22.15 
 
 		 647 aa  51.6  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2670  hypothetical protein  23.43 
 
 		 635 aa  50.4  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.734137  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2766  cell surface protein  24.83 
 
 		 409 aa  48.5  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0847  cell surface protein  28.76 
 
 		 172 aa  48.1  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0322  periplasmic copper-binding  25.62 
 
 		 648 aa  47.8  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2143  cell surface protein  22.15 
 
 		 638 aa  47  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0254077  normal  0.694951 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1434  cell surface protein  23.77 
 
 		 375 aa  46.6  0.0009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.195558 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0239  cell surface protein  27.2 
 
 		 153 aa  46.2  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00514923  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2930  cell surface protein  24.5 
 
 		 641 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0160224  hitchhiker  0.00346339 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1833  periplasmic copper-binding  21.65 
 
 		 595 aa  44.7  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.107364 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0279  parallel beta-helix repeat-containing protein  23.73 
 
 		 458 aa  45.1  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2569  surface layer protein B  30 
 
 		 505 aa  44.3  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.390258  normal  0.0285129 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0578  parallel beta-helix repeat-containing protein  28.57 
 
 		 364 aa  43.5  0.007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.56022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3947  hypothetical protein  34.48 
 
 		 467 aa  43.9  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.917121  normal  0.453465 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>