More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5875 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  100 
 
 		 379 aa  745    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5088  homocitrate synthase  80.05 
 
 		 397 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  78.63 
 
 		 402 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0982  pyruvate carboxyltransferase  78.19 
 
 		 389 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.952279  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1086  Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase  77.93 
 
 		 394 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  63.93 
 
 		 400 aa  441  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0150  homocitrate synthase  60 
 
 		 415 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  57.91 
 
 		 392 aa  386  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  55.26 
 
 		 390 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  50 
 
 		 386 aa  361  1e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  50 
 
 		 386 aa  361  1e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  56.13 
 
 		 384 aa  355  7.999999999999999e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  50.84 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0279  homocitrate synthase  52.68 
 
 		 381 aa  347  2e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  52.09 
 
 		 384 aa  344  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3580  homocitrate synthase  60.85 
 
 		 403 aa  339  4e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.483441  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  48.91 
 
 		 394 aa  337  9.999999999999999e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1438  putative homocitrate synthase  50.99 
 
 		 378 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0435894  normal  0.0132652 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  48.48 
 
 		 377 aa  330  2e-89  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  46.52 
 
 		 384 aa  327  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  48.4 
 
 		 377 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  49.86 
 
 		 378 aa  327  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  46.07 
 
 		 377 aa  322  5e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  46.69 
 
 		 378 aa  322  6e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2310  homocitrate synthase  48.01 
 
 		 395 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1557  homocitrate synthase  55.89 
 
 		 379 aa  317  3e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.319892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  47.9 
 
 		 382 aa  315  7e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  44.11 
 
 		 380 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  43.92 
 
 		 382 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  46.03 
 
 		 389 aa  312  6.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  47.61 
 
 		 382 aa  310  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  46.58 
 
 		 380 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  44.54 
 
 		 381 aa  308  1.0000000000000001e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  46.63 
 
 		 383 aa  306  3e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  46.26 
 
 		 372 aa  306  3e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1258  homocitrate synthase  53.87 
 
 		 390 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  46.91 
 
 		 383 aa  305  6e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  45.45 
 
 		 382 aa  305  8.000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  42.23 
 
 		 377 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1059  pyruvate carboxyltransferase  43.05 
 
 		 377 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  43.78 
 
 		 400 aa  302  7.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  44.79 
 
 		 377 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  44.44 
 
 		 387 aa  299  4e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  44.79 
 
 		 377 aa  299  6e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  42.28 
 
 		 383 aa  299  7e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  43.99 
 
 		 383 aa  298  8e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  48.79 
 
 		 381 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  45.18 
 
 		 381 aa  296  4e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  45.03 
 
 		 383 aa  296  4e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  46.87 
 
 		 413 aa  296  5e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  45.43 
 
 		 386 aa  294  1e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  42.39 
 
 		 385 aa  293  3e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2181  homocitrate synthase  50.89 
 
 		 391 aa  288  8e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.703624  normal  0.187711 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  47.16 
 
 		 398 aa  286  4e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  44.44 
 
 		 485 aa  277  2e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  41.73 
 
 		 390 aa  273  3e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  46.04 
 
 		 500 aa  271  1e-71  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0260  (R)-citramalate synthase  39.59 
 
 		 492 aa  270  2e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0093381 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1641  (R)-citramalate synthase  39 
 
 		 492 aa  267  2e-70  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.345484  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  41.03 
 
 		 381 aa  268  2e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0347  (R)-citramalate synthase  39.59 
 
 		 492 aa  266  5e-70  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0529  homocitrate synthase  51.67 
 
 		 358 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2489  pyruvate carboxyltransferase  45.38 
 
 		 508 aa  263  4e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  43.47 
 
 		 406 aa  260  3e-68  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  42.11 
 
 		 504 aa  259  4e-68  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0576  (R)-citramalate synthase  38.12 
 
 		 492 aa  259  7e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0476  pyruvate carboxyltransferase  45.38 
 
 		 511 aa  259  8e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  45.61 
 
 		 503 aa  258  1e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  39.84 
 
 		 375 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  41.91 
 
 		 389 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  41.4 
 
 		 389 aa  251  1e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  40.41 
 
 		 394 aa  251  1e-65  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1526  homocitrate synthase  42.09 
 
 		 385 aa  251  1e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  42.74 
 
 		 516 aa  251  2e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0675  (R)-citramalate synthase  37.24 
 
 		 492 aa  250  2e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1624  pyruvate carboxyltransferase  39.52 
 
 		 390 aa  246  3e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.273751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  42.48 
 
 		 483 aa  246  4e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  38.12 
 
 		 514 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1624  pyruvate carboxyltransferase  37.43 
 
 		 388 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  38.4 
 
 		 393 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  37.89 
 
 		 514 aa  242  7.999999999999999e-63  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1070  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  39.03 
 
 		 505 aa  241  1e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  39.89 
 
 		 376 aa  242  1e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1243  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  43.99 
 
 		 504 aa  239  5e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  37.63 
 
 		 514 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  38 
 
 		 514 aa  239  8e-62  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  39.61 
 
 		 517 aa  238  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  37.37 
 
 		 514 aa  237  3e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3218  2-isopropylmalate synthase  40.1 
 
 		 507 aa  237  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  38.42 
 
 		 377 aa  236  3e-61  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  41.81 
 
 		 515 aa  236  4e-61  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  42.57 
 
 		 509 aa  236  4e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2593  2-isopropylmalate synthase  37.05 
 
 		 515 aa  235  9e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  40.44 
 
 		 525 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1171  2-isopropylmalate synthase  40.22 
 
 		 520 aa  235  1.0000000000000001e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0051552  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1442  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  43.4 
 
 		 496 aa  234  3e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.323978  hitchhiker  0.00218573 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  38.51 
 
 		 500 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1747  pyruvate carboxyltransferase  37.17 
 
 		 383 aa  231  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.73975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  42.29 
 
 		 378 aa  230  3e-59  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  37.43 
 
 		 387 aa  230  4e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>