More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4417 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  73.98 
 
 		 560 aa  800    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.76 
 
 		 558 aa  787    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.81 
 
 		 559 aa  800    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  74.56 
 
 		 561 aa  816    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  100 
 
 		 562 aa  1131    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  80.95 
 
 		 567 aa  881    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  68.09 
 
 		 561 aa  746    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  69.71 
 
 		 549 aa  759    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.81 
 
 		 559 aa  805    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.99 
 
 		 556 aa  827    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  74.73 
 
 		 561 aa  817    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.45 
 
 		 559 aa  802    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  78.51 
 
 		 563 aa  859    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  74.73 
 
 		 561 aa  816    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  71.94 
 
 		 556 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  75.81 
 
 		 559 aa  800    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  52.56 
 
 		 609 aa  529  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  51.42 
 
 		 546 aa  523  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  48.74 
 
 		 544 aa  511  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  49.06 
 
 		 530 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  50.18 
 
 		 559 aa  503  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  51.44 
 
 		 550 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  43.43 
 
 		 569 aa  456  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  45.75 
 
 		 537 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  42.75 
 
 		 572 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  42.57 
 
 		 543 aa  387  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  37.18 
 
 		 554 aa  341  2.9999999999999998e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.2 
 
 		 538 aa  328  2.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  35.55 
 
 		 614 aa  325  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.88 
 
 		 577 aa  314  2.9999999999999996e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  33.5 
 
 		 585 aa  298  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  28.63 
 
 		 625 aa  188  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  26.56 
 
 		 506 aa  161  2e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  28.88 
 
 		 512 aa  156  8e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  28.21 
 
 		 546 aa  154  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  27.59 
 
 		 508 aa  150  7e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  30.29 
 
 		 547 aa  150  8e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  25.92 
 
 		 470 aa  149  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  25.87 
 
 		 506 aa  148  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  24.91 
 
 		 594 aa  147  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  26.2 
 
 		 581 aa  146  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  25.23 
 
 		 470 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  25.46 
 
 		 470 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  28.14 
 
 		 563 aa  143  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  27.54 
 
 		 541 aa  143  9e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  24.86 
 
 		 539 aa  138  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  26.56 
 
 		 463 aa  137  4e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  28.18 
 
 		 569 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.9 
 
 		 830 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  24.58 
 
 		 574 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  30.67 
 
 		 686 aa  120  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.7 
 
 		 781 aa  118  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.37 
 
 		 781 aa  117  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  29.06 
 
 		 819 aa  113  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  28.66 
 
 		 810 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  28.24 
 
 		 716 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  30.6 
 
 		 662 aa  110  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.63 
 
 		 738 aa  109  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  28.08 
 
 		 527 aa  108  2e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.29 
 
 		 641 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  26.99 
 
 		 751 aa  104  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  27.39 
 
 		 805 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  27.99 
 
 		 740 aa  103  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  30.07 
 
 		 829 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  26.97 
 
 		 763 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  28.52 
 
 		 794 aa  103  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  31.14 
 
 		 789 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  28.12 
 
 		 797 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  25.13 
 
 		 500 aa  101  4e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  27.91 
 
 		 702 aa  100  7e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18620  type II and III secretion system protein  33.5 
 
 		 602 aa  99.8  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  27.21 
 
 		 696 aa  100  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  27.48 
 
 		 892 aa  99  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  30.18 
 
 		 423 aa  98.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  26.75 
 
 		 736 aa  99  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  23.08 
 
 		 726 aa  99  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  27.27 
 
 		 787 aa  99.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  28.14 
 
 		 714 aa  98.6  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  27.54 
 
 		 747 aa  98.2  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  30.11 
 
 		 915 aa  98.6  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  26.32 
 
 		 776 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  26.87 
 
 		 675 aa  97.8  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  26.22 
 
 		 697 aa  96.7  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  30.14 
 
 		 673 aa  96.7  9e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  25.93 
 
 		 783 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  27.92 
 
 		 793 aa  95.9  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  27.85 
 
 		 904 aa  95.9  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  29.76 
 
 		 650 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  29.66 
 
 		 654 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  27.91 
 
 		 771 aa  95.1  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  27.91 
 
 		 777 aa  95.1  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  28.91 
 
 		 635 aa  95.1  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  26.88 
 
 		 640 aa  94.7  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  25.42 
 
 		 705 aa  94.7  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  29.76 
 
 		 654 aa  94.7  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  26.19 
 
 		 714 aa  94.4  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  26.79 
 
 		 704 aa  94.4  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  28.68 
 
 		 789 aa  94.4  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  26.33 
 
 		 672 aa  94.4  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  27.91 
 
 		 660 aa  94  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>