More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4201 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  100 
 
 		 201 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  39.7 
 
 		 251 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 219 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 200 aa  108  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 216 aa  103  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 208 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
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NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 208 aa  102  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
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NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  30.05 
 
 		 250 aa  97.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  28.64 
 
 		 214 aa  94.4  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  28.36 
 
 		 226 aa  94  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 208 aa  89.4  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 210 aa  89  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  26 
 
 		 217 aa  88.6  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 210 aa  88.2  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 		 213 aa  88.2  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 225 aa  86.7  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 198 aa  87  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 234 aa  87  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  28.43 
 
 		 224 aa  86.3  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 257 aa  86.3  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
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NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 207 aa  84.3  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
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NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 216 aa  82.4  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  27.46 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
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NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
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NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
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NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  26.63 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  23.23 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  23.98 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 218 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
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NC_007802  Jann_2416  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.363583 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  25.13 
 
 		 224 aa  76.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
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NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
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NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  24.38 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  24.49 
 
 		 220 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
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NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  23.2 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  24.88 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
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NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 212 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
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NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  23.98 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  23.59 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  23.98 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  28.93 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 207 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
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NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 228 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  27.54 
 
 		 204 aa  71.2  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 208 aa  71.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
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NC_013512  Sdel_1167  regulatory protein TetR  30 
 
 		 220 aa  70.9  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000201787  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  25.24 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  23.08 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1187  TetR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 221 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.49367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
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NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 207 aa  68.9  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 		 204 aa  69.3  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  26.77 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  23.08 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  28.22 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  31.05 
 
 		 200 aa  68.6  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  25.96 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  31.05 
 
 		 200 aa  68.6  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06672  hypothetical protein  26.56 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 208 aa  68.2  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
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NC_011892  Mnod_8304  transcriptional regulator, TetR family  27.84 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.505381  n/a   
 
 
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NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  23.92 
 
 		 223 aa  67.4  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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