160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0995 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  100 
 
 		 324 aa  666    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3110  putative phage integrase  40.11 
 
 		 350 aa  222  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000337156  decreased coverage  0.0000174724 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1927  integrase family protein  39.37 
 
 		 350 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6332  integrase family protein  35.97 
 
 		 423 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  33.84 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  33.02 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  34.23 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  34.21 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2355  phage integrase family site specific recombinase  31.08 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  32.62 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  34.73 
 
 		 359 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  32.25 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  31.92 
 
 		 338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  33.11 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3920  phage integrase, putative  31.82 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3987  phage integrase family site specific recombinase  33.22 
 
 		 319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00618755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  27.78 
 
 		 338 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  27.57 
 
 		 339 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.43 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2832  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  30.43 
 
 		 344 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206304  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4708  integrase family protein  26.82 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.014031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1275  integrase family protein  29.32 
 
 		 339 aa  97.1  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0376  integrase family protein  29.32 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1212  integrase family protein  29.63 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.225164  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0429  phage-related integrase  29.32 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4875  integrase family protein  26.54 
 
 		 368 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446933  hitchhiker  0.00171454 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1185  phage-related integrase  29.32 
 
 		 339 aa  94  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0894  phage-related integrase  29.01 
 
 		 339 aa  92.8  7e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1340  phage-related integrase  28.95 
 
 		 339 aa  92.8  7e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0808  integrase family protein  29.41 
 
 		 339 aa  90.5  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1083  integrase family protein  28.12 
 
 		 339 aa  89.7  6e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000439188  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  27.52 
 
 		 335 aa  84.3  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2096  phage integrase family protein  33.54 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635069  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  31.54 
 
 		 402 aa  82.8  0.000000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1655  phage integrase family protein  24.38 
 
 		 366 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000880499  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  27.27 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  27.27 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1734  phage integrase family protein  26.21 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155047 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  24.37 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  26.47 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  27.52 
 
 		 373 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  26.29 
 
 		 482 aa  67.8  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  28.43 
 
 		 360 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  27.04 
 
 		 396 aa  66.2  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  28.95 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1139  phage-related integrase  25.56 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  26.67 
 
 		 340 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0631  phage-related integrase  25.56 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000108359  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  27.43 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0995  integrase protein  38.24 
 
 		 147 aa  62  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000161367  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  27.41 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  24.73 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  26.29 
 
 		 349 aa  60.8  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  23.81 
 
 		 351 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  27.46 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  27.12 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  29.88 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  26.3 
 
 		 384 aa  59.3  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2023  phage integrase  29.64 
 
 		 359 aa  59.3  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.280518  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  26.37 
 
 		 346 aa  59.3  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  25.99 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  28.34 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  24.14 
 
 		 412 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2029  phage integrase  29.09 
 
 		 359 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188872  normal  0.0993134 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  28.48 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  26.03 
 
 		 360 aa  57.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  22.42 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  23.33 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2084  integrase  28.46 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.266989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  36.11 
 
 		 388 aa  57.4  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1379  phage integrase  28.73 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000565692 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  24.56 
 
 		 367 aa  57  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  25.97 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  22.85 
 
 		 376 aa  55.8  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1432  integrase  28.99 
 
 		 359 aa  55.8  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.301971 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  24.2 
 
 		 353 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  22.96 
 
 		 376 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0555  hypothetical protein  26.07 
 
 		 371 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.178247  normal  0.46728 
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  30.5 
 
 		 341 aa  54.7  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  26.34 
 
 		 396 aa  55.1  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2415  phage integrase family site specific recombinase  25.93 
 
 		 270 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  23.81 
 
 		 397 aa  53.9  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  25.29 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2649  phage integrase family protein  29.14 
 
 		 160 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  25.29 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  25.83 
 
 		 334 aa  53.5  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  23.56 
 
 		 365 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1490  phage integrase family site specific recombinase  25.93 
 
 		 270 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1686  phage integrase family site specific recombinase  25.93 
 
 		 270 aa  52.4  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  24.9 
 
 		 356 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  28.25 
 
 		 373 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  25.98 
 
 		 344 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  25.33 
 
 		 346 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  24.8 
 
 		 374 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01326  site-specific recombinase, phage integrase family  24.15 
 
 		 342 aa  50.8  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0890687  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  25.53 
 
 		 374 aa  50.8  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  24.02 
 
 		 444 aa  50.4  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  25.45 
 
 		 344 aa  50.4  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4388  integrase family protein  24.88 
 
 		 399 aa  50.1  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.754595  normal  0.599822 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>