More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3347 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  66.91 
 
 		 561 aa  734    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  73.31 
 
 		 560 aa  784    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  73.21 
 
 		 559 aa  783    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.82 
 
 		 561 aa  797    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  73.39 
 
 		 559 aa  786    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.53 
 
 		 556 aa  785    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.86 
 
 		 559 aa  784    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  68.51 
 
 		 563 aa  754    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  73.21 
 
 		 559 aa  783    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 549 aa  1107    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  69.53 
 
 		 562 aa  773    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.65 
 
 		 561 aa  795    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.63 
 
 		 558 aa  783    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  72.65 
 
 		 561 aa  795    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  73.83 
 
 		 556 aa  813    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  71.12 
 
 		 567 aa  779    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  50.27 
 
 		 546 aa  513  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  50.73 
 
 		 544 aa  514  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  50.65 
 
 		 530 aa  504  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  49.82 
 
 		 609 aa  488  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  52.6 
 
 		 550 aa  486  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  49.64 
 
 		 559 aa  479  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  43.84 
 
 		 569 aa  443  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  44.89 
 
 		 543 aa  396  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  43.77 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  40.54 
 
 		 572 aa  366  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  39.89 
 
 		 554 aa  342  8e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  36.61 
 
 		 538 aa  330  3e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  36.18 
 
 		 614 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  38.34 
 
 		 577 aa  313  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  36.11 
 
 		 585 aa  312  1e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  29.6 
 
 		 625 aa  176  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  26.97 
 
 		 506 aa  166  1.0000000000000001e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  26.78 
 
 		 539 aa  160  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  29.37 
 
 		 546 aa  156  8e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  35.29 
 
 		 594 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  29.5 
 
 		 547 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  26.54 
 
 		 512 aa  154  5e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  27.78 
 
 		 508 aa  153  1e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  25.37 
 
 		 470 aa  152  2e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  26.15 
 
 		 581 aa  150  8e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  24.95 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  24.95 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  27.37 
 
 		 569 aa  145  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  26.57 
 
 		 506 aa  144  6e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  27.97 
 
 		 563 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.04 
 
 		 830 aa  140  7e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  30.57 
 
 		 574 aa  134  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  26.68 
 
 		 541 aa  131  4.0000000000000003e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  24.17 
 
 		 463 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  30.43 
 
 		 716 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 686 aa  113  9e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  28.32 
 
 		 819 aa  111  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  30.31 
 
 		 781 aa  110  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.97 
 
 		 781 aa  110  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  28.62 
 
 		 740 aa  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  29.73 
 
 		 641 aa  107  7e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  28.48 
 
 		 810 aa  107  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  28.52 
 
 		 763 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  29.39 
 
 		 805 aa  104  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  28.79 
 
 		 697 aa  104  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  29.24 
 
 		 662 aa  104  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  27.85 
 
 		 776 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0707  putative type II and III secretion system outermembrane protein, secretin  29.9 
 
 		 423 aa  103  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.848525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.12 
 
 		 787 aa  102  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  28.88 
 
 		 675 aa  102  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  28.25 
 
 		 793 aa  101  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  26.92 
 
 		 527 aa  101  3e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  23.39 
 
 		 500 aa  100  5e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  24.04 
 
 		 710 aa  100  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  24.49 
 
 		 726 aa  100  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  27.6 
 
 		 738 aa  100  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18620  type II and III secretion system protein  34.26 
 
 		 602 aa  99.4  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.91 
 
 		 696 aa  99.4  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  28.22 
 
 		 686 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  28.77 
 
 		 745 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  27.74 
 
 		 640 aa  98.2  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  30.63 
 
 		 767 aa  98.6  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0136  putative type II secretion system protein  26.63 
 
 		 779 aa  98.2  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  26.81 
 
 		 714 aa  97.8  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  27.91 
 
 		 686 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 		 640 aa  97.4  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  31.15 
 
 		 829 aa  97.8  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  27.91 
 
 		 686 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  28.33 
 
 		 635 aa  97.4  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  27.61 
 
 		 686 aa  97.1  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  27.61 
 
 		 686 aa  97.4  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  29.66 
 
 		 672 aa  97.1  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  28.52 
 
 		 660 aa  97.1  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  27.34 
 
 		 797 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1622  type II and III secretion system protein  28.73 
 
 		 673 aa  95.9  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  29.22 
 
 		 704 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  27.25 
 
 		 752 aa  95.5  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  29.66 
 
 		 736 aa  94.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2303  GSPD-like protein  26.19 
 
 		 789 aa  94.7  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.109724  normal  0.194773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  31.85 
 
 		 649 aa  94.7  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  28.39 
 
 		 703 aa  94.7  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  28.94 
 
 		 681 aa  94.4  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  29.41 
 
 		 700 aa  94.4  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  29.41 
 
 		 700 aa  94.4  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>