More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0468 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  100 
 
 		 219 aa  457  9.999999999999999e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
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NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 220 aa  125  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 234 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 213 aa  118  6e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
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NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 244 aa  106  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  28.7 
 
 		 372 aa  103  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 263 aa  95.5  6e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 233 aa  94.7  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  27.8 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  27.67 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1731  TetR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.206322 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3899  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0449568  normal  0.0930409 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
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NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 245 aa  71.6  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 218 aa  70.5  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  25 
 
 		 227 aa  68.2  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 203 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  25.12 
 
 		 208 aa  67  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_3249  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007958  RPD_1989  hypothetical protein  27.12 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00163154  normal  0.392807 
 
 
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NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 239 aa  64.7  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
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NC_012880  Dd703_1814  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 216 aa  64.7  0.0000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
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NC_012791  Vapar_2413  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0128  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.91 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.91 
 
 		 236 aa  62.4  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1790  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 220 aa  62.4  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.536923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1816  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 228 aa  62  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0241637  normal  0.594701 
 
 
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NC_011138  MADE_01897  transcriptional regulator, TetR family protein  22.87 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111118  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 258 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal  1 
 
 
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NC_007963  Csal_2069  TetR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.118237  n/a   
 
 
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NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_33190  transcriptional regulator  31 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.284512  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_3711  transcriptional regulator, TetR family  51.79 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_3469  TetR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009831  Ssed_2066  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.612632  hitchhiker  0.000107098 
 
 
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NC_009901  Spea_1561  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 214 aa  58.5  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010506  Swoo_2543  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.214617 
 
 
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NC_009438  Sputcn32_1862  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 250 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
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NC_004347  SO_2493  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.16 
 
 		 232 aa  57  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2245  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4531  hypothetical protein  42.86 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2126  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00345057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2171  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.068169  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2050  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00274298  normal  0.196014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1925  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00396712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  42.86 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_2258  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.968255  hitchhiker  0.0010637 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2155  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 212 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.116273  normal  0.663988 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2116  regulatory protein, TetR  42.86 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000093152  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0794  transcriptional regulator, TetR family  26.53 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  28.4 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3681  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0538  putative transcription regulator protein  42.11 
 
 		 340 aa  55.5  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0548249  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 244 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2339  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.519522  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0560  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3323  TetR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.481358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0418  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 352 aa  55.1  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  hitchhiker  0.000146207 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 277 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 280 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3981  transcriptional regulator, TetR family  25.69 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000890193 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1938  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 225 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0433  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 354 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.425009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3896  transcriptional regulator, TetR family  25.69 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.971829  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1699  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0964215  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1703  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 106 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  44.83 
 
 		 249 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1588  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.472704 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5380  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.768843  normal  0.61228 
 
 
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NC_011663  Sbal223_2834  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 233 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.170846  normal  0.770206 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 242 aa  53.1  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
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NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 193 aa  53.1  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal  1 
 
 
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NC_008340  Mlg_2129  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 229 aa  53.1  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.101154  normal  0.382383 
 
 
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NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 242 aa  52.8  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 226 aa  53.1  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
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NC_009997  Sbal195_1548  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 233 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_1512  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 233 aa  52.8  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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