More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1175 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 797 aa  1535    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  79.82 
 
 		 794 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  33.75 
 
 		 780 aa  332  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  33.14 
 
 		 681 aa  331  3e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  31.93 
 
 		 819 aa  319  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  32.91 
 
 		 773 aa  306  7e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  31.49 
 
 		 751 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  33.81 
 
 		 720 aa  304  5.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  30.97 
 
 		 801 aa  286  7e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  29.53 
 
 		 775 aa  270  5.9999999999999995e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  28.92 
 
 		 775 aa  270  7e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  31.69 
 
 		 772 aa  270  8e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  41.8 
 
 		 686 aa  256  1.0000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  42.16 
 
 		 779 aa  225  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 		 829 aa  202  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  37.09 
 
 		 803 aa  199  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  35.4 
 
 		 756 aa  199  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  34.05 
 
 		 740 aa  184  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  27.57 
 
 		 789 aa  179  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  35.08 
 
 		 776 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  36.09 
 
 		 751 aa  171  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  32.87 
 
 		 745 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  34.47 
 
 		 641 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  33.96 
 
 		 783 aa  166  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  33.44 
 
 		 787 aa  165  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  34.27 
 
 		 793 aa  165  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  33.42 
 
 		 705 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  35.71 
 
 		 807 aa  164  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  25.46 
 
 		 750 aa  162  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  33.24 
 
 		 705 aa  160  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  35.33 
 
 		 803 aa  160  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  34.71 
 
 		 738 aa  160  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  33.94 
 
 		 635 aa  160  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  33.52 
 
 		 705 aa  160  8e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  34.38 
 
 		 805 aa  159  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  32.96 
 
 		 724 aa  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  33.96 
 
 		 804 aa  158  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  31.71 
 
 		 703 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  27.46 
 
 		 728 aa  158  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  31.03 
 
 		 711 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  32.63 
 
 		 706 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  33.24 
 
 		 747 aa  157  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  33.81 
 
 		 700 aa  157  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  33.81 
 
 		 700 aa  157  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  31.48 
 
 		 696 aa  157  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  33.23 
 
 		 704 aa  157  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  33.05 
 
 		 702 aa  157  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  31.8 
 
 		 781 aa  156  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  32.77 
 
 		 704 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 710 aa  156  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  30.74 
 
 		 733 aa  156  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  32.29 
 
 		 662 aa  155  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  33.95 
 
 		 702 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  33.14 
 
 		 714 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  34.71 
 
 		 753 aa  155  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  29.84 
 
 		 799 aa  154  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  31.25 
 
 		 710 aa  154  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  31.99 
 
 		 703 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  33.67 
 
 		 833 aa  152  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  31.3 
 
 		 707 aa  151  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  34.84 
 
 		 654 aa  150  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  34.84 
 
 		 650 aa  150  9e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  34.84 
 
 		 654 aa  150  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 630 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  32.38 
 
 		 766 aa  150  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 		 757 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  33.91 
 
 		 774 aa  149  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  24.61 
 
 		 752 aa  149  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  31.56 
 
 		 717 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 		 750 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 		 757 aa  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 		 757 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  28.27 
 
 		 697 aa  146  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 		 757 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 		 757 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 		 757 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  32.9 
 
 		 636 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  34.35 
 
 		 784 aa  145  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  32.56 
 
 		 783 aa  145  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  27.82 
 
 		 686 aa  140  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  27.82 
 
 		 686 aa  140  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  27.82 
 
 		 686 aa  140  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  27.82 
 
 		 686 aa  140  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  36.47 
 
 		 767 aa  140  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  28.29 
 
 		 681 aa  140  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  27.82 
 
 		 686 aa  139  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  31.1 
 
 		 763 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  29.13 
 
 		 689 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  32.53 
 
 		 660 aa  138  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  30.55 
 
 		 658 aa  137  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  24.49 
 
 		 748 aa  137  7.000000000000001e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  31.43 
 
 		 675 aa  136  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  29.63 
 
 		 655 aa  137  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  31.11 
 
 		 640 aa  137  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  31.52 
 
 		 814 aa  137  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  32.13 
 
 		 632 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  29.57 
 
 		 672 aa  136  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  30.09 
 
 		 640 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  31.09 
 
 		 716 aa  134  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  31.45 
 
 		 776 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>