290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1538 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 374 aa  770    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  46.87 
 
 		 374 aa  355  5.999999999999999e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  44.96 
 
 		 374 aa  350  3e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  44.96 
 
 		 374 aa  348  7e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  44.69 
 
 		 374 aa  346  3e-94  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  44.69 
 
 		 374 aa  346  3e-94  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  44.41 
 
 		 374 aa  344  2e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  44.41 
 
 		 374 aa  344  2e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  44.11 
 
 		 368 aa  331  1e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  43.6 
 
 		 374 aa  331  1e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  37.36 
 
 		 369 aa  256  4e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 380 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 242 aa  243  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1172  transcriptional regulator, XRE family  26.86 
 
 		 372 aa  145  8.000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.38155 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 359 aa  133  6e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 358 aa  124  3e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  25.34 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  24.93 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  53.23 
 
 		 277 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  29.63 
 
 		 348 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 370 aa  72  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 163 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 142 aa  64.3  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  26.26 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  26.26 
 
 		 114 aa  63.2  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  38.67 
 
 		 186 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 135 aa  62.8  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  42.5 
 
 		 149 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  33.33 
 
 		 436 aa  61.6  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 235 aa  62  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  41.25 
 
 		 149 aa  60.8  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  40 
 
 		 145 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 143 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  43.28 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 149 aa  60.5  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 92 aa  60.5  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  43.33 
 
 		 459 aa  60.5  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 142 aa  60.5  0.00000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  41.25 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 115 aa  60.1  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  37.1 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  46.3 
 
 		 146 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  41.27 
 
 		 149 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  41.94 
 
 		 194 aa  58.9  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 395 aa  58.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  26.53 
 
 		 137 aa  57.4  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 118 aa  57.4  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  29.25 
 
 		 108 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 262 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  42.59 
 
 		 200 aa  57  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 139 aa  57  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  31.08 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 328 aa  56.2  0.0000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1627  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0696983 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  31.03 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 247 aa  55.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 197 aa  55.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 231 aa  55.8  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 327 aa  55.1  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  28.3 
 
 		 108 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 134 aa  54.7  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  44.23 
 
 		 210 aa  53.9  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  38.46 
 
 		 293 aa  53.5  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 176 aa  53.9  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 322 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 192 aa  53.5  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  40.32 
 
 		 196 aa  53.9  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 128 aa  53.5  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 123 aa  53.1  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  33.77 
 
 		 338 aa  53.1  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 321 aa  53.1  0.000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 		 117 aa  52.8  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 189 aa  52  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  34.85 
 
 		 206 aa  52.4  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  36.92 
 
 		 144 aa  52.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 185 aa  52.4  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 504 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 170 aa  52.4  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0064  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 266 aa  52.4  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  40.35 
 
 		 67 aa  52  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 95 aa  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  25.71 
 
 		 114 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  25.71 
 
 		 114 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 137 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 364 aa  51.6  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2054  hypothetical protein  35 
 
 		 255 aa  51.6  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000229491  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 128 aa  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 197 aa  51.6  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 85 aa  51.2  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>