More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_0294 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  46.39 
 
 		 816 aa  636    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  48.51 
 
 		 858 aa  713    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  47.62 
 
 		 878 aa  680    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  49.83 
 
 		 847 aa  775    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  69.58 
 
 		 828 aa  1112    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  44.86 
 
 		 831 aa  638    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 845 aa  1711    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  50.86 
 
 		 852 aa  766    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  42.96 
 
 		 759 aa  601  1e-170  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.01 
 
 		 797 aa  594  1e-168  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  42.62 
 
 		 758 aa  593  1e-168  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  42.62 
 
 		 758 aa  593  1e-168  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  42.38 
 
 		 758 aa  590  1e-167  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  42.69 
 
 		 763 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.81 
 
 		 778 aa  580  1e-164  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  41.35 
 
 		 766 aa  563  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  43.23 
 
 		 495 aa  353  5e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  41.11 
 
 		 477 aa  306  8.000000000000001e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  39.31 
 
 		 815 aa  295  2e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.71 
 
 		 847 aa  295  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  38.21 
 
 		 863 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  38.41 
 
 		 867 aa  283  7.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  37.29 
 
 		 901 aa  283  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  35.88 
 
 		 853 aa  281  3e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  35.07 
 
 		 877 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  38.09 
 
 		 837 aa  276  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.84 
 
 		 902 aa  275  3e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  36.44 
 
 		 864 aa  275  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.79 
 
 		 871 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  37.16 
 
 		 851 aa  267  5e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 896 aa  266  2e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  35.79 
 
 		 815 aa  265  2e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  36.16 
 
 		 840 aa  265  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  36.3 
 
 		 927 aa  265  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.66 
 
 		 855 aa  265  3e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.83 
 
 		 872 aa  264  6.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  35.88 
 
 		 871 aa  262  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  34.78 
 
 		 848 aa  260  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  37.11 
 
 		 833 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  34.96 
 
 		 845 aa  258  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  37.14 
 
 		 932 aa  258  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  35.06 
 
 		 833 aa  258  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  34.31 
 
 		 895 aa  258  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  34.97 
 
 		 881 aa  257  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  35.79 
 
 		 833 aa  257  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.8 
 
 		 534 aa  256  9e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36.82 
 
 		 825 aa  256  9e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  34.22 
 
 		 861 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  35.95 
 
 		 847 aa  252  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  35.91 
 
 		 832 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 837 aa  251  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  33.74 
 
 		 886 aa  251  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.99 
 
 		 436 aa  250  8e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  45.79 
 
 		 304 aa  249  1e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  44.01 
 
 		 302 aa  247  6.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  34.74 
 
 		 927 aa  247  8e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  33.05 
 
 		 911 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  35.36 
 
 		 856 aa  246  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  32.83 
 
 		 813 aa  245  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.3 
 
 		 303 aa  244  6e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  35.95 
 
 		 949 aa  244  7e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 825 aa  243  7.999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  45.28 
 
 		 302 aa  243  7.999999999999999e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  32.46 
 
 		 818 aa  243  1e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  42.81 
 
 		 303 aa  242  2e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  35.87 
 
 		 834 aa  240  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  33.74 
 
 		 883 aa  239  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  43.85 
 
 		 305 aa  239  2e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  35.98 
 
 		 868 aa  238  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.63 
 
 		 865 aa  237  9e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  43.62 
 
 		 352 aa  236  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  35.02 
 
 		 847 aa  236  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  35.81 
 
 		 868 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  31.34 
 
 		 843 aa  234  4.0000000000000004e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  33.77 
 
 		 822 aa  233  1e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.19 
 
 		 846 aa  232  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  44.22 
 
 		 293 aa  229  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  33.69 
 
 		 845 aa  225  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  46.13 
 
 		 292 aa  224  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  42.45 
 
 		 321 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.26 
 
 		 302 aa  219  1e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  40.86 
 
 		 306 aa  213  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  32.29 
 
 		 837 aa  213  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  40.95 
 
 		 882 aa  205  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.35 
 
 		 603 aa  201  3.9999999999999996e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.54 
 
 		 313 aa  198  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  43.2 
 
 		 313 aa  198  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  31.9 
 
 		 817 aa  197  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  43.2 
 
 		 313 aa  196  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  39.8 
 
 		 301 aa  196  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  41.21 
 
 		 846 aa  191  5.999999999999999e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  40.74 
 
 		 305 aa  190  8e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  40.25 
 
 		 684 aa  189  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.85 
 
 		 343 aa  188  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  40.25 
 
 		 658 aa  187  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2121  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.15 
 
 		 306 aa  188  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.368093  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  41.58 
 
 		 316 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  37.11 
 
 		 646 aa  183  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  39.17 
 
 		 351 aa  183  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  40.25 
 
 		 343 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>