More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003452 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003452  putative maturation protein  100 
 
 		 353 aa  712    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.171199  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  35.34 
 
 		 682 aa  146  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  30.15 
 
 		 650 aa  133  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  30.15 
 
 		 654 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  30.15 
 
 		 654 aa  133  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  31.21 
 
 		 636 aa  132  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  29.07 
 
 		 641 aa  130  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  35.04 
 
 		 634 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  32.03 
 
 		 660 aa  130  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  34.98 
 
 		 584 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  34.63 
 
 		 584 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  29.57 
 
 		 635 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  30.98 
 
 		 632 aa  126  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  26.97 
 
 		 697 aa  126  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  29.39 
 
 		 689 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 662 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  29.81 
 
 		 807 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  30.74 
 
 		 673 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  27.33 
 
 		 655 aa  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  31.92 
 
 		 675 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  31.51 
 
 		 747 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  32.06 
 
 		 640 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  30.77 
 
 		 670 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  26.79 
 
 		 696 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  31.42 
 
 		 783 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  30.19 
 
 		 803 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  32.5 
 
 		 645 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  29.55 
 
 		 750 aa  119  7.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  31.63 
 
 		 704 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  29.38 
 
 		 681 aa  119  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 		 640 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  30.79 
 
 		 805 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  30.82 
 
 		 803 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  30.11 
 
 		 803 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  31.07 
 
 		 640 aa  117  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  28.21 
 
 		 630 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  31.07 
 
 		 640 aa  116  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  31.07 
 
 		 640 aa  116  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  31.02 
 
 		 776 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  30.95 
 
 		 703 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.3 
 
 		 804 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  28.53 
 
 		 672 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  30.27 
 
 		 704 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  29.02 
 
 		 716 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  30.61 
 
 		 702 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  39.41 
 
 		 658 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 		 650 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  32.57 
 
 		 591 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  30.14 
 
 		 738 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  32.09 
 
 		 674 aa  113  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  30.98 
 
 		 703 aa  113  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  31.16 
 
 		 700 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  31.16 
 
 		 700 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  31.02 
 
 		 758 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  31.08 
 
 		 706 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  30.85 
 
 		 705 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  34.63 
 
 		 584 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  30.98 
 
 		 705 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.75 
 
 		 649 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  31.88 
 
 		 658 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  33.09 
 
 		 748 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  30.85 
 
 		 705 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  31.43 
 
 		 714 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  32.18 
 
 		 567 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  34.04 
 
 		 650 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  30.77 
 
 		 710 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  30.93 
 
 		 703 aa  110  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  28.42 
 
 		 686 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  28.42 
 
 		 686 aa  109  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  31.51 
 
 		 728 aa  109  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  28.42 
 
 		 686 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  28.42 
 
 		 686 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  30.41 
 
 		 714 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  31.8 
 
 		 793 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  29.43 
 
 		 783 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  28.77 
 
 		 686 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  30.8 
 
 		 658 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  27.33 
 
 		 736 aa  108  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  28.3 
 
 		 648 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.29 
 
 		 781 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  29.92 
 
 		 1421 aa  108  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  27.7 
 
 		 655 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.29 
 
 		 781 aa  106  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  31.72 
 
 		 666 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  35.88 
 
 		 732 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  31.23 
 
 		 707 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  30.17 
 
 		 724 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 		 829 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  28.02 
 
 		 660 aa  103  4e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  28.92 
 
 		 902 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  28.42 
 
 		 892 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  27.3 
 
 		 753 aa  103  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  25.84 
 
 		 462 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  28.07 
 
 		 904 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  25.84 
 
 		 465 aa  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  25.84 
 
 		 462 aa  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  25.84 
 
 		 462 aa  103  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0686  type II and III secretion system protein  27.87 
 
 		 897 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.433191  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  26.1 
 
 		 576 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  27.27 
 
 		 740 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>