More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2229 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2229  phosphoglycolate phosphatase  100 
 
 
227 aa  462  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.40738  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2370  phosphoglycolate phosphatase  59.82 
 
 
227 aa  283  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2878  phosphoglycolate phosphatase  49.29 
 
 
226 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2363  phosphoglycolate phosphatase  47.39 
 
 
227 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.496506  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0265  phosphoglycolate phosphatase  48.33 
 
 
227 aa  210  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2493  phosphoglycolate phosphatase  43.78 
 
 
225 aa  202  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2110  phosphoglycolate phosphatase  45.5 
 
 
225 aa  201  7e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.782136  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3482  phosphoglycolate phosphatase  48.11 
 
 
226 aa  198  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824519  normal  0.190106 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2847  phosphoglycolate phosphatase  48.34 
 
 
227 aa  196  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.212796  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3246  phosphoglycolate phosphatase  48.34 
 
 
227 aa  196  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181824  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0743  phosphoglycolate phosphatase  45.62 
 
 
225 aa  194  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3022  phosphoglycolate phosphatase  45.13 
 
 
241 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116956  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3516  phosphoglycolate phosphatase  46.7 
 
 
229 aa  186  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0440  phosphoglycolate phosphatase  45.54 
 
 
235 aa  185  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.433387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2757  phosphoglycolate phosphatase  45.74 
 
 
243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.411374  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2111  phosphoglycolate phosphatase  42.79 
 
 
228 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0464  phosphoglycolate phosphatase  41.74 
 
 
251 aa  181  6e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.992467  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0925  phosphoglycolate phosphatase  45.97 
 
 
224 aa  181  6e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2880  phosphoglycolate phosphatase  46.12 
 
 
246 aa  181  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.587243  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0440  phosphoglycolate phosphatase  42.2 
 
 
251 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122838  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3361  phosphoglycolate phosphatase  41.98 
 
 
227 aa  180  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2859  phosphoglycolate phosphatase  42.4 
 
 
256 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.430899  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2697  phosphoglycolate phosphatase  42.86 
 
 
240 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2570  phosphoglycolate phosphatase  41.74 
 
 
254 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0535  phosphoglycolate phosphatase  41.74 
 
 
254 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0507  phosphoglycolate phosphatase  41.74 
 
 
254 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.263743  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0571  phosphoglycolate phosphatase  43.81 
 
 
242 aa  178  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3122  phosphoglycolate phosphatase  44.84 
 
 
248 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.270174 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3898  phosphoglycolate phosphatase  42.44 
 
 
221 aa  178  5.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.67393 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3622  2-phosphoglycolate phosphatase  41.7 
 
 
254 aa  177  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2583  phosphoglycolate phosphatase  45.02 
 
 
227 aa  177  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2083  phosphoglycolate phosphatase  41.1 
 
 
226 aa  176  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.609164  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2251  phosphoglycolate phosphatase  41.96 
 
 
229 aa  177  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3177  phosphoglycolate phosphatase  44.44 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0450  phosphoglycolate phosphatase  42.29 
 
 
272 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3656  phosphoglycolate phosphatase  45.29 
 
 
234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.755729 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3495  phosphoglycolate phosphatase  40.62 
 
 
238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0294223  hitchhiker  0.0000911523 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0462  2-phosphoglycolate phosphatase  41.07 
 
 
238 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0416  phosphoglycolate phosphatase  42.29 
 
 
272 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2908  phosphoglycolate phosphatase  40.37 
 
 
242 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4462  phosphoglycolate phosphatase  41.48 
 
 
250 aa  170  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0352  phosphoglycolate phosphatase  41.59 
 
 
241 aa  170  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0570615  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3611  phosphoglycolate phosphatase  41.63 
 
 
262 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0447  phosphoglycolate phosphatase  41.85 
 
 
272 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.558752 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0363  phosphoglycolate phosphatase  41.59 
 
 
261 aa  169  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3998  phosphoglycolate phosphatase  44.34 
 
 
226 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.739792  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0567  phosphoglycolate phosphatase  38.68 
 
 
266 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1909  phosphoglycolate phosphatase  40.67 
 
 
242 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0534  phosphoglycolate phosphatase  40.67 
 
 
242 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0250125  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3574  phosphoglycolate phosphatase  40.67 
 
 
242 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.952116  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0643  phosphoglycolate phosphatase  40.67 
 
 
242 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3582  phosphoglycolate phosphatase  40.67 
 
 
245 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0939  phosphoglycolate phosphatase  40.67 
 
 
242 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3555  phosphoglycolate phosphatase  40.67 
 
 
245 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.221388  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0220  phosphoglycolate phosphatase  39.55 
 
 
231 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0486776 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0347  phosphoglycolate phosphatase  39.09 
 
 
235 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4610  phosphoglycolate phosphatase  37.86 
 
 
272 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4786  phosphoglycolate phosphatase  42.5 
 
 
272 aa  162  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.602175 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0268  phosphoglycolate phosphatase  41.51 
 
 
228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0557534  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4076  phosphoglycolate phosphatase  39.62 
 
 
225 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0752  phosphoglycolate phosphatase  43.78 
 
 
272 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3699  phosphoglycolate phosphatase  39.15 
 
 
226 aa  159  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07930  phosphoglycolate phosphatase  43.28 
 
 
272 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282972 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0293  phosphoglycolate phosphatase  39.15 
 
 
227 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3996  phosphoglycolate phosphatase  39.15 
 
 
225 aa  158  6e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4106  phosphoglycolate phosphatase  39.15 
 
 
225 aa  158  6e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5953  phosphoglycolate phosphatase  41.47 
 
 
257 aa  158  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0174691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3887  phosphoglycolate phosphatase  39.15 
 
 
227 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.379252 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4194  phosphoglycolate phosphatase  39.62 
 
 
225 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0581  putative phosphoglycolate phosphatase protein  38.97 
 
 
233 aa  155  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0254  phosphoglycolate phosphatase  38.68 
 
 
227 aa  155  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3691  phosphoglycolate phosphatase  37.74 
 
 
227 aa  155  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1410  phosphoglycolate phosphatase  37.09 
 
 
225 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4258  phosphoglycolate phosphatase  34.55 
 
 
235 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0125483 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5119  phosphoglycolate phosphatase  36.89 
 
 
272 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2324  phosphoglycolate phosphatase  41.04 
 
 
223 aa  148  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289687  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0261  phosphoglycolate phosphatase  38.31 
 
 
226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0382  phosphoglycolate phosphatase  40.39 
 
 
229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0265  phosphoglycolate phosphatase  40.09 
 
 
232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.210779  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2479  phosphoglycolate phosphatase  39.52 
 
 
228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0669626  normal  0.547058 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2124  phosphoglycolate phosphatase  36.14 
 
 
230 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.305125  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0245  phosphoglycolate phosphatase  36.53 
 
 
232 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46650  phosphoglycolate phosphatase  41.5 
 
 
233 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002270  phosphoglycolate phosphatase  38.79 
 
 
228 aa  142  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1058  phosphoglycolate phosphatase  38.28 
 
 
227 aa  141  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.234796  normal  0.363243 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00083  phosphoglycolate phosphatase  37.85 
 
 
228 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02162  phosphoglycolate phosphatase  35.68 
 
 
225 aa  139  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2727  phosphoglycolate phosphatase  38.94 
 
 
227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0343  phosphoglycolate phosphatase  37.74 
 
 
233 aa  138  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3193  phosphoglycolate phosphatase  36.97 
 
 
250 aa  137  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4600  phosphoglycolate phosphatase  40.38 
 
 
232 aa  137  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.383007  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0057  phosphoglycolate phosphatase  34.31 
 
 
232 aa  136  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.049028  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0328  phosphoglycolate phosphatase  34.2 
 
 
252 aa  137  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.372389  normal  0.201922 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3581  phosphoglycolate phosphatase  34.2 
 
 
252 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.284383  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4689  phosphoglycolate phosphatase  34.2 
 
 
252 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.663349  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3661  phosphoglycolate phosphatase  34.2 
 
 
252 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29844  normal  0.025681 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03237  phosphoglycolate phosphatase  35.96 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0328  phosphoglycolate phosphatase  35.96 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03189  hypothetical protein  35.96 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3722  phosphoglycolate phosphatase  38.68 
 
 
232 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0244843  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>