More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1507 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1507  diguanylate cyclase  100 
 
 		 369 aa  749    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.122558  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1445  putative diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 381 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0717377  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2165  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000162389  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.29 
 
 		 666 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02626  GGDEF/EAL domain protein  37.71 
 
 		 684 aa  106  7e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0230406  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.75 
 
 		 1073 aa  102  8e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 431 aa  102  9e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 396 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.27 
 
 		 962 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.85 
 
 		 696 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.22 
 
 		 947 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 385 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.85 
 
 		 696 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 359 aa  100  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 385 aa  99.8  8e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 		 689 aa  99.4  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4119  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.92 
 
 		 543 aa  99.4  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.158695 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.15 
 
 		 665 aa  99  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  40 
 
 		 363 aa  99  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 385 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.78 
 
 		 536 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 357 aa  97.8  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 385 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 385 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 517 aa  97.1  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0430  GGDEF domain-containing protein  33.96 
 
 		 532 aa  96.7  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0014  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 397 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000317011 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 622 aa  96.7  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0014  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 397 aa  96.3  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0629316 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 495 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.87 
 
 		 526 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.48 
 
 		 415 aa  95.5  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.16 
 
 		 686 aa  95.5  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 540 aa  95.5  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 275 aa  95.9  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 357 aa  95.5  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 382 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.37 
 
 		 652 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.26 
 
 		 733 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.24261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.89 
 
 		 675 aa  95.1  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6793  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 		 935 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.49 
 
 		 620 aa  95.1  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.51 
 
 		 708 aa  95.1  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0985963  normal  0.64703 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2984  GGDEF domain-containing protein  34.07 
 
 		 483 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.301535 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.37 
 
 		 652 aa  95.1  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 758 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.02 
 
 		 770 aa  94.4  3e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000215856  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 237 aa  94.4  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.42 
 
 		 1276 aa  94.4  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.6 
 
 		 1109 aa  94  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.14 
 
 		 1466 aa  94  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0664  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 307 aa  94  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416303 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.96 
 
 		 715 aa  94  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 510 aa  93.6  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 390 aa  93.6  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4265  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.16 
 
 		 539 aa  93.2  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  39.87 
 
 		 719 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.37 
 
 		 889 aa  93.2  6e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.3 
 
 		 689 aa  93.2  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  35.9 
 
 		 411 aa  93.2  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.94 
 
 		 751 aa  93.2  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.256566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  34.15 
 
 		 722 aa  92.8  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 357 aa  92.8  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  40 
 
 		 565 aa  92.8  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 283 aa  92.8  8e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  37.72 
 
 		 525 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1151  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.76 
 
 		 772 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1160  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.76 
 
 		 772 aa  92.8  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  32.49 
 
 		 688 aa  92  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  35.15 
 
 		 533 aa  92  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  42 
 
 		 578 aa  92  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0706  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 		 786 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.91 
 
 		 425 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2221  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 		 786 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2074  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 		 786 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257022  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 283 aa  92.4  1e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1311  hypothetical protein  34.76 
 
 		 786 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.432908  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 532 aa  92.4  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 556 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000343  C-di-GMP phosphodiesterase A-related protein  35.14 
 
 		 788 aa  92  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 		 724 aa  92.4  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.402676  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2540  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 		 786 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.477872  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 506 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 370 aa  92.4  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11600  intracellular signalling protein with diguanylate cyclase and phosphodiesterase activities  38.55 
 
 		 586 aa  92.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.631303  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  30.7 
 
 		 415 aa  92.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  33.7 
 
 		 420 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  37.13 
 
 		 525 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 578 aa  92  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  40.4 
 
 		 570 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.06 
 
 		 800 aa  91.3  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.84 
 
 		 722 aa  91.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0948  EAL/GGDEF domain-containing protein  34.22 
 
 		 786 aa  91.3  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.239012  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 362 aa  91.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  40.4 
 
 		 570 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 383 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 350 aa  91.3  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  40.4 
 
 		 570 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  42.76 
 
 		 646 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>