More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0677 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  603  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  59.52 
 
 		 302 aa  371  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  58.5 
 
 		 300 aa  371  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 298 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 321 aa  328  9e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 307 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 312 aa  288  8e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 308 aa  263  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  40.94 
 
 		 330 aa  252  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  45.13 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 310 aa  248  9e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  44.03 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 300 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 289 aa  187  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 288 aa  149  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  34.59 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 288 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 294 aa  89.4  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 319 aa  86.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 322 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 322 aa  82.4  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.24 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  26.72 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  26.72 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  26.72 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  26.72 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  26.72 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  26.72 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4076  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 308 aa  79.3  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4460  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.220159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3996  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 307 aa  79  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.17 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  28.31 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  26.32 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  26.42 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  24.5 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2778  putative transcriptional regulator  30.59 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  26.72 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2818  putative transcriptional regulator  30.59 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238125  normal  0.998647 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0055  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000650557  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  24.25 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  27.98 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  25.3 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  25.42 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5738  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0329452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3801  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  30.56 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4567  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.17477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2841  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.619943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>