More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0697 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  662    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 294 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  55.48 
 
 		 300 aa  325  5e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  51.83 
 
 		 302 aa  318  7.999999999999999e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 297 aa  298  7e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 312 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 298 aa  279  6e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  40.18 
 
 		 330 aa  240  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 308 aa  229  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 290 aa  226  4e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  39.54 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 289 aa  203  4e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  40.66 
 
 		 299 aa  202  8e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 290 aa  195  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 293 aa  195  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  36.52 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 288 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 293 aa  92.8  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 293 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 307 aa  90.9  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 293 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 293 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 303 aa  86.7  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  29.44 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 293 aa  85.9  9e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  24.73 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.02 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0910  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.235336  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1114  putative transcriptional regulator  31.69 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  28.92 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 297 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  32.32 
 
 		 297 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0800  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  24.37 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 328 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0221  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0055  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000650557  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.97 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  29.65 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0996  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.257819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>