More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2364 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 304 aa  621  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  55.12 
 
 		 299 aa  305  6e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 310 aa  269  4e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 298 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  42.81 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  41.83 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  36.79 
 
 		 330 aa  192  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 288 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  31.76 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 288 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 288 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 325 aa  92.4  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 329 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.91 
 
 		 290 aa  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  86.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 296 aa  86.3  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.64 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  26 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.08 
 
 		 328 aa  82.8  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.54 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.54 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.54 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.54 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 292 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.54 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.54 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  28.74 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 307 aa  82.4  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  25.7 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  26.45 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  34.29 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  26.45 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  24.5 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  26.09 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  29.03 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.81 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.29 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  26.09 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 283 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  25.51 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  23.57 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0548  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  28.63 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  33.57 
 
 		 324 aa  79  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>