More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0213 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  603  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  38.23 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 300 aa  211  7.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 307 aa  209  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 297 aa  193  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 321 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 308 aa  188  8e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  38.61 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  39.75 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 290 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  37.28 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  33.78 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 290 aa  159  8e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.54 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 294 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.03 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  32.76 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 325 aa  83.2  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.76 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.32 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.76 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.76 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.76 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.47 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.47 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.76 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.82 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.59 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  29.03 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 293 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 293 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2258  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3941  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 337 aa  76.3  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140438  decreased coverage  0.00710998 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  29.73 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  29.89 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  27.17 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  28.88 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>