More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2430 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2430  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  593  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2297  LysR family transcriptional regulator  94.44 
 
 		 288 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2221  LysR family transcriptional regulator  93.75 
 
 		 288 aa  533  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0572523  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2653  LysR family transcriptional regulator  82.99 
 
 		 288 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.66408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1813  transcriptional regulator, LysR family  82.99 
 
 		 288 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0139203  normal  0.0296636 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2538  LysR family transcriptional regulator  82.99 
 
 		 288 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2531  LysR family transcriptional regulator  82.99 
 
 		 288 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.389044  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2292  LysR family transcriptional regulator  83.68 
 
 		 288 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000123532  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37930  LysR family transcriptional regulator protein  61.46 
 
 		 308 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3655  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 290 aa  224  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.781642 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 289 aa  206  5e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2875  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00412762 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0531  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 290 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.468222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2656  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 293 aa  191  9e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3293  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06732  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 300 aa  175  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0997  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0677  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1810  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2560  transcriptional regulator, LysR family protein  32.54 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0697  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.191439  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000824  transcriptional regulator LysR family  35.27 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00283098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3476  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239218 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0213  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2364  regulatory protein, LysR  33.11 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00774  transcriptional regulator, LysR family protein  32.47 
 
 		 330 aa  142  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1630  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 311 aa  86.3  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.85 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1552  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.122604 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1603  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1625  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0991587  normal  0.570552 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2970  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 106 aa  73.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0152756  decreased coverage  0.00683869 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1667  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.1728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1695  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1216  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.607873  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4856  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0305285 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  24.19 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.41 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  28.4 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  24.65 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  22.95 
 
 		 313 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  22.56 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  19.8 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  29.19 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  25.67 
 
 		 294 aa  67  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  26.95 
 
 		 295 aa  67.4  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  24.49 
 
 		 293 aa  67  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 301 aa  67  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2434  chromosome replication initiation inhibitor protein  24.7 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.609977  hitchhiker  0.000411507 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  22.38 
 
 		 297 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.94 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  22 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 300 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  26.09 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  21.96 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  30.18 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  26.64 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 286 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1682  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 318 aa  65.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  21.62 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  21.62 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  21.62 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>