More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1682 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1682  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 318 aa  622  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2521  LysR family transcriptional regulator  86.03 
 
 		 323 aa  520  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1117  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.25236  hitchhiker  0.000000223001 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1361  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 309 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5011  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0387  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4623  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3105  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 325 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5262  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 325 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5149  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  110  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.45 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1422  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.76 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.76 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.76 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.76 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.76 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.15 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.15 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 297 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  31.25 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  30.66 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.34 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  27.76 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.37 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.72 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.37 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 307 aa  103  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  30.92 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.15 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.12 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  27.72 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  99.8  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.55 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  26.55 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 308 aa  99.4  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 301 aa  99.4  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  27.15 
 
 		 308 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 308 aa  99.4  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  27.15 
 
 		 308 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  27.15 
 
 		 308 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  27.15 
 
 		 308 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 317 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 331 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  27.99 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  29.68 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 312 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.63 
 
 		 302 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 320 aa  96.7  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 311 aa  96.3  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  32.15 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  95.9  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.52 
 
 		 305 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>