More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1361 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1361  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  621  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1117  LysR family transcriptional regulator  67.65 
 
 		 310 aa  417  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.25236  hitchhiker  0.000000223001 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4623  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5149  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5011  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0387  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5262  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 325 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3105  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 325 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1682  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 318 aa  152  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2521  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.42 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  30.77 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.11 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  31.01 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.11 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.78 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  28.98 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.6 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 300 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 315 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.78 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  28.47 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  29.6 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.78 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.78 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.78 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.78 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 330 aa  116  6e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  28.88 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  27.45 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>