More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5149 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5149  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4623  LysR family transcriptional regulator  99.01 
 
 		 303 aa  599  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0387  LysR family transcriptional regulator  95.05 
 
 		 303 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5011  LysR family transcriptional regulator  95.68 
 
 		 302 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5262  LysR family transcriptional regulator  95.35 
 
 		 325 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3105  LysR family transcriptional regulator  95.35 
 
 		 325 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1117  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 310 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.25236  hitchhiker  0.000000223001 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1361  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1682  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  33.22 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2521  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.9 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.73 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 301 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.72 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 322 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  28.2 
 
 		 287 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 297 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.46 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.47 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  27.43 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 322 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1242  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 309 aa  102  8e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00379242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 297 aa  102  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 313 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.05 
 
 		 306 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  27.46 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  27.46 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  27.46 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  27.46 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  27.46 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.29 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  27.95 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>